More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4201 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 293 aa  591  1e-168  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  58.7 
 
 		 296 aa  345  5e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  58.7 
 
 		 296 aa  332  5e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  46.39 
 
 		 308 aa  266  2.9999999999999995e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  43.73 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  41.95 
 
 		 305 aa  254  8e-67  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 300 aa  222  6e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 309 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 305 aa  162  7e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  37.1 
 
 		 321 aa  162  8.000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 295 aa  156  4e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  34.88 
 
 		 288 aa  156  4e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0297  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 307 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  35.19 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 292 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 292 aa  155  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 319 aa  154  1e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  33.8 
 
 		 288 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 310 aa  154  1e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 296 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 297 aa  152  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 297 aa  148  1.0000000000000001e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  31.85 
 
 		 289 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 300 aa  146  5e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  35.89 
 
 		 281 aa  145  8.000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 303 aa  144  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  29.76 
 
 		 289 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 290 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 298 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  32.76 
 
 		 290 aa  135  8e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  28.42 
 
 		 329 aa  133  3e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 310 aa  132  5e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  30.85 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  30.17 
 
 		 303 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  34.6 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 295 aa  125  7e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2574  helix-turn-helix domain-containing protein  35.1 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 295 aa  122  6e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  30.17 
 
 		 293 aa  119  7.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  25.54 
 
 		 292 aa  118  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  30.31 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4428  transcriptional regulator, AraC family  31.62 
 
 		 291 aa  112  7.000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 298 aa  111  1.0000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 315 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.87 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.87 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.87 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.87 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.87 
 
 		 298 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  28.79 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  28.79 
 
 		 296 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 296 aa  105  9e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  24.32 
 
 		 300 aa  105  9e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.79 
 
 		 296 aa  105  9e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  24.59 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 293 aa  96.7  4e-19  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 311 aa  94.7  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 307 aa  93.2  5e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 		 290 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  39.71 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  27.24 
 
 		 266 aa  90.1  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  29.48 
 
 		 279 aa  89  8e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 286 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  23.1 
 
 		 286 aa  88.6  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  35.22 
 
 		 284 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 296 aa  86.3  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  38.18 
 
 		 278 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 280 aa  85.9  8e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 299 aa  85.5  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  25.66 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 281 aa  85.1  0.000000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  32.21 
 
 		 282 aa  84.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 294 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  34.35 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  36.27 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  27.81 
 
 		 282 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  22.27 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 309 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  21.6 
 
 		 297 aa  82  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  34.82 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 285 aa  80.9  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  26.69 
 
 		 263 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>