More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6410 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
279 aa  587  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  33.8 
 
 
282 aa  176  4e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  33.99 
 
 
305 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  31.42 
 
 
274 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
285 aa  122  8e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 
293 aa  119  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  26.57 
 
 
285 aa  118  9.999999999999999e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  28.86 
 
 
297 aa  113  3e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  29.89 
 
 
297 aa  112  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  30.42 
 
 
293 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 
290 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 
279 aa  97.4  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 
293 aa  93.6  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 
282 aa  91.3  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  25.58 
 
 
282 aa  91.3  1e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  25.36 
 
 
295 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 
295 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 
285 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  39.45 
 
 
259 aa  82.4  0.000000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 
295 aa  82.4  0.000000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 
278 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 
280 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 
298 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  23.72 
 
 
293 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 
300 aa  77.8  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  24.22 
 
 
289 aa  77.4  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  23.3 
 
 
301 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  25.54 
 
 
287 aa  77  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  23.05 
 
 
286 aa  75.9  0.0000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  26.54 
 
 
305 aa  75.5  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 
315 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 
310 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  26.1 
 
 
308 aa  73.9  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  22.83 
 
 
307 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  26.28 
 
 
292 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 
290 aa  72  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 
290 aa  70.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 
294 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.108721 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  24.51 
 
 
296 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 
296 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  33.61 
 
 
289 aa  70.5  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  24.51 
 
 
296 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  24.51 
 
 
296 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0611  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.92 
 
 
280 aa  70.1  0.00000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.88985  normal  0.0110602 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  28.91 
 
 
309 aa  69.7  0.00000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  22.82 
 
 
286 aa  69.3  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  23.99 
 
 
307 aa  69.3  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 
282 aa  69.3  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  24.83 
 
 
317 aa  68.9  0.00000000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 
296 aa  68.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 
295 aa  68.2  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 
268 aa  68.2  0.0000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0029  DNA-binding transcriptional regulator AraC  35.44 
 
 
242 aa  68.6  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.773429  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  42.31 
 
 
263 aa  68.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4826  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 
296 aa  68.2  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  40.96 
 
 
298 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  40.96 
 
 
298 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  21.88 
 
 
305 aa  67.8  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  40.96 
 
 
298 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0069  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.15 
 
 
309 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 
280 aa  67.8  0.0000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  22.57 
 
 
293 aa  67.8  0.0000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  40.96 
 
 
298 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  40.96 
 
 
298 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 
292 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 
297 aa  67.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.246426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00066  DNA-binding transcriptional dual regulator  23.15 
 
 
292 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3535  transcriptional regulator, AraC family  23.15 
 
 
292 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3593  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.15 
 
 
292 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.50445  hitchhiker  0.000000316606 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  24.21 
 
 
266 aa  67  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2332  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.82 
 
 
310 aa  67  0.0000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0890796  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0056  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.15 
 
 
292 aa  67  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00065  hypothetical protein  23.15 
 
 
292 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  35.23 
 
 
303 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  31.47 
 
 
1201 aa  67  0.0000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0068  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.15 
 
 
292 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.15 
 
 
292 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  22.71 
 
 
311 aa  66.6  0.0000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  28.21 
 
 
290 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0066  DNA-binding transcriptional regulator AraC  23.13 
 
 
281 aa  66.6  0.0000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.269311  normal  0.445846 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2032  DNA-binding transcriptional regulator AraC  24.82 
 
 
310 aa  66.2  0.0000000006  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.527693  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  29.23 
 
 
297 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 
319 aa  65.9  0.0000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  24.44 
 
 
299 aa  65.5  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  24.82 
 
 
289 aa  65.5  0.000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  33.71 
 
 
297 aa  64.7  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 
293 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 
316 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  41.03 
 
 
306 aa  64.7  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  40.51 
 
 
305 aa  63.9  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0108  DNA-binding transcriptional regulator AraC  21.85 
 
 
281 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0115  DNA-binding transcriptional regulator AraC  21.85 
 
 
281 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  0.0929131 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0110  DNA-binding transcriptional regulator AraC  21.85 
 
 
281 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.234129 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 
302 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  25.5 
 
 
288 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0111  DNA-binding transcriptional regulator AraC  21.85 
 
 
281 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.311813 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 
283 aa  63.2  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  27.4 
 
 
279 aa  63.2  0.000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 
296 aa  63.2  0.000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 
289 aa  62.8  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>