More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_1497 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 285 aa  588  1e-167  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  32.85 
 
 		 295 aa  135  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 296 aa  135  8e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  34.7 
 
 		 287 aa  130  3e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  30.89 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  31.5 
 
 		 285 aa  122  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 295 aa  122  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 		 307 aa  115  8.999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 		 290 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  30.65 
 
 		 290 aa  112  6e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  28.86 
 
 		 307 aa  112  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 285 aa  112  7.000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 289 aa  111  1.0000000000000001e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 285 aa  110  4.0000000000000004e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  29.12 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  29.78 
 
 		 294 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 297 aa  106  3e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  27.65 
 
 		 294 aa  106  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 271 aa  105  7e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  32.8 
 
 		 292 aa  105  8e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 282 aa  104  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 305 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.9 
 
 		 299 aa  103  3e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  30.11 
 
 		 290 aa  102  5e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 		 297 aa  102  6e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  30.16 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  29.69 
 
 		 282 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 278 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 		 274 aa  97.4  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  30.13 
 
 		 280 aa  97.4  2e-19  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 		 293 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 292 aa  96.7  4e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.91 
 
 		 259 aa  96.3  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  24.01 
 
 		 299 aa  95.9  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 305 aa  95.9  7e-19  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  27.24 
 
 		 294 aa  95.5  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  29.11 
 
 		 289 aa  95.5  9e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 301 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 319 aa  94.7  1e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  30.5 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 315 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  29.21 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 289 aa  93.2  4e-18  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 280 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  25.67 
 
 		 298 aa  92  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 		 279 aa  90.1  4e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 290 aa  89.7  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  32.02 
 
 		 307 aa  89.4  6e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 310 aa  89  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  27.83 
 
 		 289 aa  89  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 301 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  29.2 
 
 		 279 aa  88.2  1e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 294 aa  88.6  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 282 aa  87.4  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 282 aa  87.4  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 304 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  29.05 
 
 		 283 aa  87  3e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2362  AraC family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 290 aa  86.3  5e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  29.53 
 
 		 284 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 289 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  26.13 
 
 		 293 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  29.92 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  29.92 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  29.55 
 
 		 305 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  28.11 
 
 		 282 aa  84.7  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 298 aa  85.1  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.92 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 292 aa  83.2  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 283 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 290 aa  82  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.12 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 281 aa  81.6  0.00000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.12 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.12 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.12 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.12 
 
 		 298 aa  82  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  27.53 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  44.33 
 
 		 287 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  26.19 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  38.28 
 
 		 281 aa  81.3  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.2 
 
 		 283 aa  80.9  0.00000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  24.11 
 
 		 291 aa  80.5  0.00000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  26.78 
 
 		 286 aa  80.1  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  31.33 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 309 aa  80.1  0.00000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>