More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6183 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 302 aa  631  1e-180  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  62.54 
 
 		 300 aa  399  9.999999999999999e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  49.66 
 
 		 298 aa  301  1e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  51.52 
 
 		 304 aa  292  4e-78  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  47.97 
 
 		 305 aa  288  1e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  47.85 
 
 		 303 aa  282  4.0000000000000003e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  48.15 
 
 		 306 aa  270  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  44.59 
 
 		 298 aa  269  4e-71  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  47.64 
 
 		 306 aa  264  2e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  45.64 
 
 		 300 aa  263  3e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  46.94 
 
 		 306 aa  262  4.999999999999999e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 301 aa  259  3e-68  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  45.73 
 
 		 305 aa  258  9e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  44.9 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  44.93 
 
 		 304 aa  256  4e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  46.28 
 
 		 306 aa  255  5e-67  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  44.52 
 
 		 297 aa  256  5e-67  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  44.97 
 
 		 305 aa  252  5.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  42.14 
 
 		 303 aa  251  8.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  44.71 
 
 		 302 aa  251  8.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  45.39 
 
 		 295 aa  251  8.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  44.93 
 
 		 299 aa  251  9.000000000000001e-66  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  44.26 
 
 		 306 aa  250  2e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  45 
 
 		 304 aa  249  5e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  43.99 
 
 		 306 aa  248  7e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  44.04 
 
 		 311 aa  247  2e-64  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  43.96 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  44.18 
 
 		 307 aa  245  6e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  44.26 
 
 		 305 aa  245  6.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  41.61 
 
 		 305 aa  245  6.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  43.81 
 
 		 308 aa  244  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  42.33 
 
 		 312 aa  243  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  44.11 
 
 		 305 aa  242  5e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  44.78 
 
 		 300 aa  241  9e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  44 
 
 		 304 aa  235  5.0000000000000005e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  42.96 
 
 		 304 aa  235  8e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  41.1 
 
 		 306 aa  233  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  42.37 
 
 		 304 aa  233  3e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  42.32 
 
 		 304 aa  233  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  42.03 
 
 		 302 aa  231  1e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  42.47 
 
 		 301 aa  229  3e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  42.33 
 
 		 303 aa  229  3e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  39.87 
 
 		 307 aa  229  6e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  40.8 
 
 		 306 aa  228  1e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  41.55 
 
 		 303 aa  227  2e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  42.33 
 
 		 305 aa  225  8e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  40.34 
 
 		 295 aa  222  7e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  40.88 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  38.33 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  74.39 
 
 		 87 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0730  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 115 aa  95.1  1e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  28.27 
 
 		 295 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  29.62 
 
 		 301 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  29.48 
 
 		 312 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  27.53 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 286 aa  85.1  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 309 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  28.02 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 307 aa  83.6  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  26.39 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 314 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 296 aa  81.3  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.19 
 
 		 283 aa  79.7  0.00000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  27.63 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.3 
 
 		 259 aa  75.1  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 309 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  30.21 
 
 		 280 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  23.74 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  23.17 
 
 		 289 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 290 aa  73.2  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  47.44 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000004  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  27.03 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  46.15 
 
 		 250 aa  72.4  0.000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  24.2 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 311 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  24.64 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  40.74 
 
 		 280 aa  70.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 279 aa  70.5  0.00000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  27.88 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  25.39 
 
 		 293 aa  70.1  0.00000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  23.27 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  29.57 
 
 		 290 aa  69.3  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  27.12 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  26.79 
 
 		 283 aa  68.9  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 		 292 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  30.23 
 
 		 282 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  32.8 
 
 		 263 aa  68.2  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  24.14 
 
 		 294 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 290 aa  67  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>