More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_2093 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 306 aa  632  1e-180  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  65.9 
 
 		 306 aa  430  1e-119  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  64.71 
 
 		 301 aa  416  9.999999999999999e-116  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  66.33 
 
 		 299 aa  410  1e-113  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  64.38 
 
 		 306 aa  408  1e-113  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  64.05 
 
 		 302 aa  401  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  62.42 
 
 		 302 aa  401  1e-111  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  62.09 
 
 		 304 aa  398  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  63.04 
 
 		 305 aa  397  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  60.4 
 
 		 302 aa  390  1e-107  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  62.13 
 
 		 300 aa  378  1e-104  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  57.86 
 
 		 303 aa  370  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  57.89 
 
 		 305 aa  367  1e-100  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  56.86 
 
 		 305 aa  361  1e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  57.05 
 
 		 308 aa  358  5e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  54.52 
 
 		 304 aa  358  8e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  57.38 
 
 		 304 aa  353  2.9999999999999997e-96  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  55.03 
 
 		 306 aa  339  4e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  55.03 
 
 		 306 aa  321  9.000000000000001e-87  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  51.66 
 
 		 306 aa  311  5.999999999999999e-84  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  51.5 
 
 		 305 aa  310  2e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  49.83 
 
 		 307 aa  309  2.9999999999999997e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  49.67 
 
 		 306 aa  307  2.0000000000000002e-82  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  52.35 
 
 		 304 aa  306  3e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  50.51 
 
 		 306 aa  305  8.000000000000001e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  51.83 
 
 		 312 aa  302  4.0000000000000003e-81  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  48.51 
 
 		 304 aa  299  4e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  50.84 
 
 		 304 aa  296  2e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  50.51 
 
 		 301 aa  294  2e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  50.33 
 
 		 305 aa  292  4e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  48.99 
 
 		 303 aa  291  7e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  48.33 
 
 		 311 aa  290  3e-77  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  46.96 
 
 		 305 aa  285  5.999999999999999e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  47.14 
 
 		 307 aa  277  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  48.15 
 
 		 302 aa  270  2e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  46.31 
 
 		 305 aa  269  4e-71  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  45.42 
 
 		 300 aa  266  2.9999999999999995e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  45.3 
 
 		 305 aa  258  9e-68  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 304 aa  252  5.000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  46.4 
 
 		 303 aa  250  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  42.76 
 
 		 298 aa  250  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  42.03 
 
 		 297 aa  241  1e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  40.07 
 
 		 300 aa  228  9e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  39.74 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  40.48 
 
 		 305 aa  221  9.999999999999999e-57  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 298 aa  215  5.9999999999999996e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 295 aa  213  3.9999999999999995e-54  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 		 295 aa  203  3e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  54.22 
 
 		 87 aa  88.2  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 312 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  29.24 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 283 aa  78.2  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  25.59 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  25.95 
 
 		 294 aa  76.6  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  23 
 
 		 289 aa  75.9  0.0000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 303 aa  75.5  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  25.59 
 
 		 301 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 289 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 297 aa  72.4  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 309 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  42.68 
 
 		 280 aa  71.6  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0730  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 115 aa  72  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 307 aa  72  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 314 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.34 
 
 		 259 aa  71.2  0.00000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 286 aa  71.6  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 295 aa  70.5  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  25.55 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  25.24 
 
 		 315 aa  70.9  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  27.19 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 309 aa  70.5  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  27.27 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 305 aa  69.7  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  22.81 
 
 		 309 aa  69.3  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 306 aa  68.9  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  26.96 
 
 		 271 aa  68.6  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  24.22 
 
 		 289 aa  68.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  27.66 
 
 		 297 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.02 
 
 		 286 aa  67.8  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  26.05 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  29.81 
 
 		 288 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  24.18 
 
 		 301 aa  67  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  38.61 
 
 		 297 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 291 aa  65.5  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  41.77 
 
 		 286 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  37.65 
 
 		 310 aa  65.5  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3661  AraC family transcriptional regulator  28.49 
 
 		 289 aa  65.5  0.000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.768237  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  26.74 
 
 		 288 aa  65.1  0.000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  32.79 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  29.87 
 
 		 285 aa  64.3  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  36.78 
 
 		 302 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>