More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0841 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 302 aa  624  1e-178  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  72.19 
 
 		 302 aa  478  1e-134  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  62.42 
 
 		 306 aa  401  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  62.42 
 
 		 304 aa  388  1e-107  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  61.56 
 
 		 306 aa  379  1e-104  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  60.14 
 
 		 301 aa  369  1e-101  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  59.87 
 
 		 299 aa  367  1e-100  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  59.61 
 
 		 306 aa  360  1e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  56.81 
 
 		 302 aa  355  3.9999999999999996e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  56.54 
 
 		 305 aa  350  1e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  57.28 
 
 		 305 aa  350  2e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  55.63 
 
 		 303 aa  346  3e-94  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  56.72 
 
 		 306 aa  344  1e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  57.05 
 
 		 304 aa  342  5e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  53.8 
 
 		 305 aa  335  5e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  52.75 
 
 		 300 aa  334  1e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  54.67 
 
 		 306 aa  325  4.0000000000000003e-88  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  54.15 
 
 		 308 aa  324  1e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  51.32 
 
 		 311 aa  311  1e-83  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  49.5 
 
 		 304 aa  308  1.0000000000000001e-82  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  50.33 
 
 		 305 aa  299  4e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  50.49 
 
 		 306 aa  298  7e-80  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  50.66 
 
 		 306 aa  296  2e-79  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  51.15 
 
 		 304 aa  295  5e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  48.99 
 
 		 307 aa  293  2e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  46.56 
 
 		 303 aa  290  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  48.53 
 
 		 305 aa  285  8e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  48.22 
 
 		 306 aa  284  1.0000000000000001e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  48.17 
 
 		 312 aa  278  9e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  46.86 
 
 		 304 aa  276  4e-73  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  47.96 
 
 		 307 aa  274  1.0000000000000001e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  47.52 
 
 		 304 aa  271  1e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  47.35 
 
 		 301 aa  266  5e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  46.96 
 
 		 305 aa  264  1e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  44.75 
 
 		 300 aa  261  8e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  44.9 
 
 		 302 aa  258  1e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  45.48 
 
 		 305 aa  256  3e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  43.19 
 
 		 304 aa  252  5.000000000000001e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  44.11 
 
 		 305 aa  251  1e-65  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  41.02 
 
 		 298 aa  241  1e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  41.1 
 
 		 297 aa  236  2e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  42 
 
 		 303 aa  237  2e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  43.73 
 
 		 295 aa  231  2e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  41.02 
 
 		 300 aa  229  4e-59  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  42.52 
 
 		 298 aa  223  3e-57  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  38.93 
 
 		 303 aa  220  3e-56  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  36.86 
 
 		 303 aa  208  7e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 305 aa  206  3e-52  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  36.9 
 
 		 295 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  54.22 
 
 		 87 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  26.35 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.86 
 
 		 259 aa  85.1  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 307 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  26.19 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 286 aa  76.3  0.0000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  26.85 
 
 		 307 aa  75.1  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 312 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  28.07 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 289 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0730  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 115 aa  73.6  0.000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  23.38 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  23.47 
 
 		 297 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  25.79 
 
 		 300 aa  71.6  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  24.43 
 
 		 309 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 292 aa  70.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  25.1 
 
 		 298 aa  70.9  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  44.05 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  22.93 
 
 		 314 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  43.21 
 
 		 280 aa  69.7  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 285 aa  69.7  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 314 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 289 aa  68.6  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  22.92 
 
 		 303 aa  67.8  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 300 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 286 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  23.92 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 305 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  37.36 
 
 		 290 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  23.91 
 
 		 310 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  40.7 
 
 		 309 aa  66.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  24.9 
 
 		 293 aa  66.2  0.0000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  40.26 
 
 		 283 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  29.44 
 
 		 285 aa  66.2  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 301 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  23.85 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 294 aa  64.7  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  33.91 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  37.93 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  24.21 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  39.29 
 
 		 293 aa  63.2  0.000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1536  putative AraC family DNA-binding protein  34.12 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 304 aa  62.8  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2431  AraC protein arabinose-binding/dimerisation  40.22 
 
 		 294 aa  62.8  0.000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.690566  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>