More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_0769 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 292 aa  608  1e-173  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  76.04 
 
 		 289 aa  476  1e-133  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  63.67 
 
 		 289 aa  411  1e-114  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  52.55 
 
 		 283 aa  289  4e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  52.94 
 
 		 299 aa  288  6e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  48 
 
 		 283 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  50.56 
 
 		 297 aa  278  1e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  51.1 
 
 		 300 aa  275  7e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  46.85 
 
 		 303 aa  269  5e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  48.53 
 
 		 300 aa  261  6.999999999999999e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  44.93 
 
 		 302 aa  249  4e-65  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  44.14 
 
 		 301 aa  247  2e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  41.73 
 
 		 320 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  41.22 
 
 		 300 aa  239  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  44.69 
 
 		 303 aa  239  4e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  44.98 
 
 		 297 aa  239  5e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  42.29 
 
 		 309 aa  234  1.0000000000000001e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  41.03 
 
 		 328 aa  227  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  42.44 
 
 		 295 aa  226  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  41.91 
 
 		 304 aa  218  7e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  40.16 
 
 		 309 aa  200  3e-50  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  37.99 
 
 		 289 aa  188  9e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  38.28 
 
 		 314 aa  175  7e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 319 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  32.3 
 
 		 309 aa  133  3.9999999999999996e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  29.33 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  37.25 
 
 		 188 aa  120  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 314 aa  120  3e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 312 aa  110  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 313 aa  103  4e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  30.28 
 
 		 308 aa  92.4  9e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 289 aa  90.9  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 		 305 aa  89.4  7e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  29.47 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  29.77 
 
 		 299 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 306 aa  88.6  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 307 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  28.22 
 
 		 307 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 300 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  26.85 
 
 		 290 aa  86.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  26.52 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  28.48 
 
 		 302 aa  86.3  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  24.78 
 
 		 295 aa  85.9  8e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 286 aa  85.5  9e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  26.98 
 
 		 305 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 290 aa  84.7  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 293 aa  84.7  0.000000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  24.83 
 
 		 289 aa  84.3  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  27.89 
 
 		 295 aa  83.2  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  27.83 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 308 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  23.9 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  26.19 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  28.35 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 		 295 aa  80.9  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 289 aa  80.9  0.00000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  28.84 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  34.03 
 
 		 305 aa  80.1  0.00000000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.78 
 
 		 259 aa  79.3  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  26.95 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  49.37 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  28.71 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000007  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 297 aa  79  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 303 aa  78.2  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  28.17 
 
 		 300 aa  78.6  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 312 aa  78.2  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  26.34 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  31.61 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  25.9 
 
 		 306 aa  77.8  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  25.59 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  32.89 
 
 		 286 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.9 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  37.4 
 
 		 293 aa  76.6  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 302 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 285 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  24.36 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  26.7 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 306 aa  76.3  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  26.19 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.9 
 
 		 299 aa  75.9  0.0000000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 319 aa  75.9  0.0000000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  25.83 
 
 		 306 aa  75.5  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  29.45 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2362  AraC family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 290 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  25.88 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 293 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  41.12 
 
 		 279 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>