More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6379 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 297 aa  620  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  68.03 
 
 		 300 aa  414  1e-114  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  67.34 
 
 		 300 aa  403  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  53.58 
 
 		 297 aa  331  1e-89  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  52.53 
 
 		 301 aa  325  4.0000000000000003e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  51.36 
 
 		 320 aa  318  9e-86  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  51.54 
 
 		 300 aa  317  1e-85  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  49.16 
 
 		 302 aa  303  2.0000000000000002e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  48.69 
 
 		 307 aa  292  4e-78  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  47.08 
 
 		 309 aa  286  2e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  46.38 
 
 		 295 aa  283  3.0000000000000004e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  50.56 
 
 		 289 aa  282  6.000000000000001e-75  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  50.56 
 
 		 292 aa  278  1e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  46.13 
 
 		 328 aa  277  2e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  43.43 
 
 		 303 aa  269  4e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  46.67 
 
 		 289 aa  261  1e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  45.56 
 
 		 299 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  42.05 
 
 		 304 aa  242  7e-63  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  44.31 
 
 		 283 aa  234  1.0000000000000001e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  41.97 
 
 		 303 aa  232  6e-60  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  43.55 
 
 		 319 aa  229  6e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  43.02 
 
 		 283 aa  223  2e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  40.94 
 
 		 309 aa  211  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 289 aa  167  2e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  35.02 
 
 		 314 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  46.5 
 
 		 188 aa  145  7.0000000000000006e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  30.94 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 309 aa  123  3e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 312 aa  119  6e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  26.88 
 
 		 305 aa  106  4e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 293 aa  89.4  7e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 301 aa  89  8e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 290 aa  88.6  1e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 289 aa  87.4  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  24.66 
 
 		 313 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 286 aa  85.5  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  25.35 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  24.52 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  44.19 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  23.83 
 
 		 299 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 303 aa  79  0.00000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 290 aa  79  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 302 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.5 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 303 aa  79  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  23.58 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.81 
 
 		 299 aa  77.8  0.0000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  24.23 
 
 		 311 aa  77  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  43.9 
 
 		 321 aa  77  0.0000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  23.81 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 		 305 aa  75.5  0.0000000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 290 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  25.39 
 
 		 306 aa  75.1  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  24.12 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  25.67 
 
 		 302 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 285 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 290 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  23.95 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  23.47 
 
 		 302 aa  73.2  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 		 279 aa  72.8  0.000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  22.71 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 304 aa  72.4  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  23.85 
 
 		 299 aa  72.4  0.000000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  46.15 
 
 		 87 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 303 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  26 
 
 		 285 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  25.26 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  26.27 
 
 		 300 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  25.55 
 
 		 294 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0125  transcriptional regulator, AraC family  24.61 
 
 		 300 aa  71.2  0.00000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  26.79 
 
 		 263 aa  71.2  0.00000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.21 
 
 		 299 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  23.47 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  24.25 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  24.11 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 298 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1558  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 320 aa  69.7  0.00000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.41 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  27.78 
 
 		 300 aa  68.9  0.00000000008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  26.09 
 
 		 280 aa  69.3  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.37 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  21.57 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  21.86 
 
 		 282 aa  68.9  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>