More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4324 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 302 aa  622  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  72.19 
 
 		 302 aa  478  1e-134  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  64.05 
 
 		 306 aa  401  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  60.4 
 
 		 301 aa  379  1e-104  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  59.61 
 
 		 304 aa  370  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  58.36 
 
 		 306 aa  363  1e-99  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  58.53 
 
 		 299 aa  360  1e-98  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  58.82 
 
 		 306 aa  358  5e-98  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  57.89 
 
 		 305 aa  355  5.999999999999999e-97  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  57.1 
 
 		 300 aa  350  1e-95  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  54.15 
 
 		 302 aa  348  4e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  56.77 
 
 		 306 aa  348  7e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  55.74 
 
 		 305 aa  346  3e-94  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  56.81 
 
 		 303 aa  343  2e-93  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  56.29 
 
 		 306 aa  336  3.9999999999999995e-91  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3525  transcriptional regulator, AraC family  53.77 
 
 		 305 aa  335  3.9999999999999995e-91  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.96413  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  56.19 
 
 		 304 aa  334  1e-90  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  53.72 
 
 		 308 aa  326  3e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  53.04 
 
 		 304 aa  325  6e-88  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  49.67 
 
 		 311 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  50.99 
 
 		 306 aa  300  2e-80  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  50.33 
 
 		 306 aa  298  1e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  50.83 
 
 		 304 aa  296  2e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  46.91 
 
 		 303 aa  295  5e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  51.16 
 
 		 304 aa  293  3e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4108  transcriptional regulator, AraC family  49.33 
 
 		 305 aa  291  6e-78  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00405906 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  48.31 
 
 		 307 aa  291  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  50.33 
 
 		 306 aa  289  4e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  50.17 
 
 		 305 aa  287  2e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  48.01 
 
 		 301 aa  281  7.000000000000001e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  48.84 
 
 		 312 aa  280  3e-74  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  46.18 
 
 		 304 aa  279  4e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  46.46 
 
 		 307 aa  273  3e-72  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  47.99 
 
 		 305 aa  270  2.9999999999999997e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  45.82 
 
 		 305 aa  269  5e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  43.81 
 
 		 304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  43.42 
 
 		 305 aa  251  8.000000000000001e-66  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  44.71 
 
 		 302 aa  251  8.000000000000001e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  43.34 
 
 		 300 aa  251  1e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  45.36 
 
 		 303 aa  244  9.999999999999999e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  42.32 
 
 		 298 aa  234  9e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  42.03 
 
 		 295 aa  227  2e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  42.27 
 
 		 303 aa  225  6e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2759  transcriptional regulator, AraC family  40.5 
 
 		 300 aa  220  3e-56  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.260442 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  39.57 
 
 		 298 aa  218  1e-55  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  39.38 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  39.73 
 
 		 297 aa  214  1.9999999999999998e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  37.41 
 
 		 303 aa  206  4e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  38.06 
 
 		 295 aa  205  9e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  25.42 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 297 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  54.22 
 
 		 87 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  29.33 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 295 aa  79  0.00000000000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  26.26 
 
 		 307 aa  78.2  0.0000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  27.38 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  27.49 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 283 aa  75.5  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  28.3 
 
 		 285 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 271 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  29.82 
 
 		 296 aa  75.1  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 299 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 294 aa  75.1  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  26.16 
 
 		 298 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  27.16 
 
 		 286 aa  73.9  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 301 aa  71.6  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.19 
 
 		 259 aa  71.6  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  24.31 
 
 		 312 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  25.97 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  24.61 
 
 		 300 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 309 aa  70.1  0.00000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0730  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 		 115 aa  70.1  0.00000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  24.22 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 314 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  39.29 
 
 		 303 aa  69.3  0.00000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 286 aa  69.3  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  24.21 
 
 		 301 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 297 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  30.08 
 
 		 288 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 295 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  23.58 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 280 aa  67  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 		 290 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.75 
 
 		 283 aa  67  0.0000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  40.24 
 
 		 280 aa  66.6  0.0000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  32.45 
 
 		 1349 aa  66.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  27.87 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  27.23 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 331 aa  66.2  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  34.52 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  24.24 
 
 		 292 aa  65.9  0.0000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5518  response regulator receiver protein  26.62 
 
 		 284 aa  66.2  0.0000000007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484795  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  23.98 
 
 		 288 aa  65.9  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  25.33 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>