More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0470 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 314 aa  655    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  39.78 
 
 		 299 aa  205  1e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  36.6 
 
 		 312 aa  189  5.999999999999999e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  37.94 
 
 		 289 aa  183  3e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  38.28 
 
 		 292 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  36.23 
 
 		 303 aa  182  9.000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  37.35 
 
 		 289 aa  178  1e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  38.63 
 
 		 309 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  39.06 
 
 		 283 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  35.38 
 
 		 314 aa  173  3.9999999999999995e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  35.97 
 
 		 300 aa  172  6.999999999999999e-42  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  34.32 
 
 		 309 aa  171  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  35.61 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  35.02 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  32.76 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  35.77 
 
 		 300 aa  163  3e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 305 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.28 
 
 		 283 aa  162  8.000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  37.08 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  38.22 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 309 aa  159  4e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 		 320 aa  154  2e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  32.6 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  36.08 
 
 		 307 aa  152  8.999999999999999e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  36.02 
 
 		 328 aa  152  1e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  32.89 
 
 		 302 aa  151  1e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  32.85 
 
 		 295 aa  146  5e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  35.02 
 
 		 319 aa  135  8e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  32.28 
 
 		 304 aa  129  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 290 aa  123  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 		 290 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 307 aa  108  1e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 301 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  28.72 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 289 aa  102  8e-21  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  29.64 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  29.06 
 
 		 306 aa  97.1  3e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25.71 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  24.53 
 
 		 259 aa  94  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 305 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 293 aa  92  1e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 313 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.52 
 
 		 311 aa  92  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  27.18 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  26.92 
 
 		 312 aa  90.5  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 296 aa  89.4  7e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 295 aa  89.4  7e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 279 aa  89.4  8e-17  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 315 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  26.1 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 286 aa  88.2  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 289 aa  87  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  24.6 
 
 		 305 aa  86.7  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 304 aa  86.7  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  26.09 
 
 		 304 aa  86.3  7e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 293 aa  85.9  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 302 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  25.59 
 
 		 308 aa  84.7  0.000000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  27.78 
 
 		 321 aa  84  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  24.03 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 304 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  26.87 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3745  helix-turn-helix domain-containing protein  25.27 
 
 		 303 aa  82.8  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 286 aa  82  0.00000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  21.95 
 
 		 282 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  23.41 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 310 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 301 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 287 aa  79  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  27.56 
 
 		 280 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  24.33 
 
 		 284 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0841  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 302 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.489932  normal  0.458947 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6120  transcriptional regulator, AraC family  23.92 
 
 		 291 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.35 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 285 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  24.16 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  28.79 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  26.86 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  23.26 
 
 		 298 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 304 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  25.58 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>