More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1158 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 303 aa  638    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  49.65 
 
 		 300 aa  275  8e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  48.22 
 
 		 289 aa  272  4.0000000000000004e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  48.65 
 
 		 289 aa  272  5.000000000000001e-72  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  43.43 
 
 		 297 aa  269  4e-71  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  46.85 
 
 		 292 aa  269  5.9999999999999995e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  43.4 
 
 		 299 aa  268  1e-70  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  47.06 
 
 		 283 aa  262  4e-69  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 309 aa  262  6e-69  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  43.75 
 
 		 300 aa  257  2e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  42.95 
 
 		 320 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  44.37 
 
 		 307 aa  253  2.0000000000000002e-66  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  42.95 
 
 		 328 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 301 aa  246  4e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  40.5 
 
 		 300 aa  246  4.9999999999999997e-64  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  41.12 
 
 		 302 aa  241  2e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  39.15 
 
 		 297 aa  230  2e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  39.19 
 
 		 309 aa  229  6e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  37.29 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  41.27 
 
 		 283 aa  216  4e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  39.36 
 
 		 304 aa  213  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  39.06 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  40.35 
 
 		 319 aa  210  3e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  39.77 
 
 		 289 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  36.23 
 
 		 314 aa  176  3e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  32.57 
 
 		 309 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  30.74 
 
 		 305 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 		 314 aa  131  2.0000000000000002e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  32.75 
 
 		 188 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 303 aa  92.8  7e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 293 aa  92.4  9e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 305 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 289 aa  89  9e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 301 aa  88.2  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 295 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  25.97 
 
 		 305 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 306 aa  86.7  5e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  27.9 
 
 		 295 aa  85.9  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  26.38 
 
 		 302 aa  85.5  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  30.45 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  25.39 
 
 		 307 aa  83.2  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  24.52 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 310 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 313 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0477  helix-turn-helix domain-containing protein  24.9 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  25.69 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 295 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 302 aa  80.1  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 304 aa  79.7  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.7 
 
 		 311 aa  79  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  37.25 
 
 		 321 aa  79  0.0000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  23.83 
 
 		 289 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  23.24 
 
 		 259 aa  77.4  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  24.24 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  41.67 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  25.64 
 
 		 294 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  36.73 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  26.09 
 
 		 304 aa  75.9  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 306 aa  75.5  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  23.75 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  21.98 
 
 		 303 aa  75.5  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  24.81 
 
 		 298 aa  75.1  0.000000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  24.28 
 
 		 308 aa  75.1  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  22.8 
 
 		 312 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  22.73 
 
 		 298 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  23.86 
 
 		 306 aa  73.6  0.000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2347  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  22.69 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.482923  normal  0.205256 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  23.22 
 
 		 290 aa  73.6  0.000000000004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  25.75 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6702  transcriptional regulator, AraC family  42.7 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  24.41 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  30.86 
 
 		 305 aa  72.8  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 304 aa  72.8  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  23.6 
 
 		 298 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 289 aa  72.4  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6134  transcriptional regulator, AraC family  23.37 
 
 		 305 aa  71.6  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 282 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  24.71 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 297 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  36.94 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  22.41 
 
 		 306 aa  70.9  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  41.38 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4603  transcriptional regulator, AraC family  41.98 
 
 		 87 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.463016  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  26.2 
 
 		 284 aa  69.7  0.00000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 293 aa  69.3  0.00000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  24.88 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  27.59 
 
 		 280 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  20.9 
 
 		 279 aa  68.9  0.00000000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  28.46 
 
 		 299 aa  68.6  0.0000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>