More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3534 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 309 aa  647    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  43.39 
 
 		 299 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  39.19 
 
 		 303 aa  236  3e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  37.7 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  40.86 
 
 		 328 aa  221  9.999999999999999e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  40.94 
 
 		 297 aa  218  7.999999999999999e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 		 300 aa  218  1e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  40.31 
 
 		 283 aa  216  5e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  40.67 
 
 		 300 aa  215  8e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  40.26 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  41.11 
 
 		 309 aa  214  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  40.16 
 
 		 292 aa  211  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  36.6 
 
 		 320 aa  211  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  38.41 
 
 		 304 aa  209  5e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 301 aa  206  3e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  37.87 
 
 		 297 aa  206  4e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  39.37 
 
 		 289 aa  203  3e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  39.37 
 
 		 289 aa  202  7e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  38.65 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  35.62 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  34.81 
 
 		 295 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.83 
 
 		 283 aa  179  5.999999999999999e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  38.35 
 
 		 314 aa  176  4e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 319 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 		 289 aa  166  5e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  35.85 
 
 		 314 aa  150  2e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 305 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  33.08 
 
 		 309 aa  142  5e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  33.85 
 
 		 312 aa  140  3e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 286 aa  107  2e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 289 aa  101  1e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  27.34 
 
 		 313 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  24.52 
 
 		 295 aa  100  2e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 299 aa  99  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 290 aa  93.2  5e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  26.51 
 
 		 290 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 289 aa  87.8  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  25.37 
 
 		 308 aa  88.2  2e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  27 
 
 		 259 aa  86.3  6e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  33.57 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  35.29 
 
 		 188 aa  80.9  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  27.45 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.41 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2324  helix-turn-helix domain-containing protein  27.63 
 
 		 306 aa  80.9  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 297 aa  80.1  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 293 aa  79  0.00000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2655  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.5275  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  37.65 
 
 		 293 aa  78.2  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  28.41 
 
 		 290 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2714  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 308 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.47 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  27 
 
 		 302 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 302 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  26.67 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  28.03 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  24.41 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 292 aa  75.9  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  27.15 
 
 		 310 aa  75.9  0.0000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 294 aa  75.9  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.42 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 307 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  30.58 
 
 		 306 aa  75.5  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  39.02 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0169  helix-turn-helix domain-containing protein  24.6 
 
 		 297 aa  75.1  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  24.02 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  26.64 
 
 		 281 aa  74.3  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 		 303 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.85 
 
 		 311 aa  74.7  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  27.7 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5133  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 307 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0705999  normal  0.246476 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  43.53 
 
 		 274 aa  74.3  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  34.51 
 
 		 295 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 287 aa  73.6  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  26.11 
 
 		 319 aa  73.6  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 279 aa  73.6  0.000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  32.74 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  39.25 
 
 		 285 aa  73.2  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  30.66 
 
 		 288 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  29.63 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  23.22 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  24.43 
 
 		 288 aa  73.2  0.000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 304 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 271 aa  71.6  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  24.05 
 
 		 304 aa  72.4  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  24.65 
 
 		 297 aa  72  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  23.83 
 
 		 298 aa  72  0.00000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  25.28 
 
 		 304 aa  72  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>