More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3797 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 293 aa  605  9.999999999999999e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  40.85 
 
 		 297 aa  236  4e-61  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 290 aa  158  8e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  36.55 
 
 		 285 aa  158  9e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 297 aa  148  8e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 282 aa  148  1.0000000000000001e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 293 aa  147  2.0000000000000003e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  29.23 
 
 		 305 aa  143  4e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  30.07 
 
 		 279 aa  135  9.999999999999999e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  31.56 
 
 		 274 aa  133  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  30.18 
 
 		 282 aa  125  6e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  29.88 
 
 		 285 aa  121  9.999999999999999e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 		 279 aa  119  7e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  31.92 
 
 		 294 aa  109  6e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 313 aa  108  8.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 295 aa  108  9.000000000000001e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  29.02 
 
 		 307 aa  104  2e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  27.38 
 
 		 293 aa  101  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 286 aa  100  2e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 311 aa  100  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.82 
 
 		 259 aa  99.8  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  29.18 
 
 		 290 aa  99  9e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 293 aa  98.6  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 283 aa  97.8  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 310 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 295 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  27.95 
 
 		 280 aa  97.1  4e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  25.81 
 
 		 308 aa  96.7  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  27.76 
 
 		 288 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 285 aa  95.9  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 290 aa  95.9  7e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  28.02 
 
 		 283 aa  95.9  8e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 296 aa  95.5  8e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  27.97 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 290 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 278 aa  93.6  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 293 aa  93.2  4e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  26.72 
 
 		 303 aa  92.8  6e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 		 298 aa  92.8  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  24.09 
 
 		 295 aa  91.7  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 282 aa  91.7  1e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  27.73 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  28.63 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 292 aa  90.5  3e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  27.69 
 
 		 289 aa  90.9  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 298 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 295 aa  89.7  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 319 aa  89.7  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  26.48 
 
 		 280 aa  87.8  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  23.66 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  25.2 
 
 		 282 aa  86.7  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 292 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 315 aa  85.9  7e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  23.92 
 
 		 292 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 		 315 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 287 aa  84.7  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 284 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  27.74 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 		 297 aa  82.8  0.000000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  26.71 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  25.11 
 
 		 286 aa  82.4  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  25.37 
 
 		 319 aa  82  0.00000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  22.3 
 
 		 299 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  23.22 
 
 		 301 aa  81.6  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 295 aa  81.3  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  23.77 
 
 		 300 aa  80.9  0.00000000000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.64 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.64 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.64 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.64 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.64 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  27.48 
 
 		 289 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  26.56 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  26.56 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 290 aa  79.3  0.00000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 268 aa  79  0.0000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 299 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  27.31 
 
 		 296 aa  78.6  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  26.56 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 293 aa  78.6  0.0000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  27.69 
 
 		 283 aa  78.2  0.0000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 296 aa  79  0.0000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4619  transcriptional regulator, AraC family  29.03 
 
 		 293 aa  77.8  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.143342 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 279 aa  78.2  0.0000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  22.13 
 
 		 298 aa  77.8  0.0000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  24.52 
 
 		 276 aa  77  0.0000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  26.46 
 
 		 310 aa  77.4  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2461  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 277 aa  77  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>