More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_3388 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_3388  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 328 aa  683    Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.470852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0485  transcriptional regulator, AraC family  60.78 
 
 		 309 aa  396  1e-109  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.233629 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4278  helix-turn-helix domain-containing protein  59.02 
 
 		 307 aa  385  1e-106  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 300 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  49.16 
 
 		 302 aa  301  8.000000000000001e-81  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5575  transcriptional regulator, AraC family  45.16 
 
 		 320 aa  291  1e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.229982 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  47.1 
 
 		 319 aa  290  3e-77  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3298  transcriptional regulator, AraC family  48.84 
 
 		 300 aa  281  9e-75  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023155 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6379  transcriptional regulator, AraC family  46.13 
 
 		 297 aa  277  2e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6244  transcriptional regulator, AraC family  47.9 
 
 		 304 aa  272  7e-72  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1116  transcriptional regulator, AraC family  48.31 
 
 		 300 aa  268  7e-71  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.49707  normal  0.304596 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4701  transcriptional regulator, AraC family  45.33 
 
 		 297 aa  257  2e-67  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0913781  normal  0.069662 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1158  transcriptional regulator, AraC family  42.95 
 
 		 303 aa  254  2.0000000000000002e-66  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.365252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  46.45 
 
 		 299 aa  251  2e-65  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  44.96 
 
 		 289 aa  240  2e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5517  transcriptional regulator, AraC family  40.74 
 
 		 303 aa  240  2.9999999999999997e-62  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0042541  normal  0.0106671 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  45.05 
 
 		 289 aa  239  2.9999999999999997e-62  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6594  transcriptional regulator, AraC family  46.69 
 
 		 283 aa  238  1e-61  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.981144 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  41.03 
 
 		 292 aa  227  3e-58  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4042  transcriptional regulator, AraC family  39.15 
 
 		 295 aa  225  1e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.600459  normal  0.0950634 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  39.46 
 
 		 301 aa  223  2e-57  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3534  transcriptional regulator, AraC family  40.86 
 
 		 309 aa  214  9.999999999999999e-55  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0611769  normal  0.445851 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  39.29 
 
 		 283 aa  188  9e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  36.09 
 
 		 289 aa  149  6e-35  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  36.02 
 
 		 314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  30.82 
 
 		 305 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  28.77 
 
 		 309 aa  119  9e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6377  regulatory protein  38.61 
 
 		 188 aa  116  6e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  28.77 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2696  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2240  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 307 aa  97.4  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  26.24 
 
 		 313 aa  96.3  7e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  94.4  2e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  25.62 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 310 aa  83.2  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 		 299 aa  82.8  0.000000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 310 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 295 aa  79  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  23.6 
 
 		 308 aa  78.6  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  27.22 
 
 		 299 aa  76.6  0.0000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  28.1 
 
 		 259 aa  75.9  0.0000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  21.15 
 
 		 297 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.64 
 
 		 295 aa  73.9  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 286 aa  73.9  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 		 290 aa  73.2  0.000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  24.52 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 307 aa  72.4  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  38.6 
 
 		 295 aa  71.2  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  25.38 
 
 		 282 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 279 aa  70.5  0.00000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0623  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.378679  normal  0.22981 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  31.31 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6699  transcriptional regulator, AraC family  23.72 
 
 		 303 aa  68.9  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 296 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  25.84 
 
 		 301 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 283 aa  68.6  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  26.89 
 
 		 282 aa  68.6  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  25.98 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 289 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5696  transcriptional regulator, AraC family  22.96 
 
 		 301 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.673835  normal  0.549107 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  25.1 
 
 		 293 aa  67.8  0.0000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 311 aa  68.6  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  26.32 
 
 		 321 aa  67.8  0.0000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  22.78 
 
 		 305 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  26.71 
 
 		 294 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  25.09 
 
 		 298 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  25.73 
 
 		 329 aa  67.4  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 319 aa  67.4  0.0000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  25.64 
 
 		 303 aa  66.6  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 316 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  23.02 
 
 		 280 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  23.69 
 
 		 294 aa  66.2  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  23.11 
 
 		 305 aa  66.2  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1598  helix-turn-helix domain-containing protein  31.54 
 
 		 351 aa  66.2  0.0000000008  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.46562  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  34.19 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  21.57 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 284 aa  65.5  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  23.1 
 
 		 312 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 283 aa  65.9  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1558  AraC family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 320 aa  65.5  0.000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00294158 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4380  transcriptional regulator, AraC family  37.35 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.072515  decreased coverage  0.000817798 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  26.01 
 
 		 279 aa  64.7  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  39 
 
 		 285 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  21.33 
 
 		 292 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  25.29 
 
 		 288 aa  63.9  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  25.53 
 
 		 290 aa  64.3  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 290 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  28.12 
 
 		 266 aa  63.5  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 284 aa  63.9  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  25.38 
 
 		 316 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>