More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_0263 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 292 aa  606  9.999999999999999e-173  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  42.7 
 
 		 307 aa  210  2e-53  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  34.81 
 
 		 295 aa  179  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  37.21 
 
 		 310 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 293 aa  152  5e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  33.45 
 
 		 280 aa  142  6e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  34.8 
 
 		 286 aa  139  7e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  31.5 
 
 		 283 aa  138  7.999999999999999e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  33.6 
 
 		 284 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  30.68 
 
 		 299 aa  122  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 289 aa  122  6e-27  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  26.35 
 
 		 280 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 294 aa  117  3e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  27.6 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 294 aa  112  6e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 290 aa  109  5e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  30 
 
 		 290 aa  108  1e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 293 aa  107  2e-22  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  24.9 
 
 		 288 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 315 aa  106  5e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  24.51 
 
 		 288 aa  105  7e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  25.78 
 
 		 295 aa  103  2e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 294 aa  101  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 307 aa  99.4  7e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 299 aa  96.3  5e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  22.05 
 
 		 292 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  25.21 
 
 		 282 aa  95.5  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 305 aa  95.5  1e-18  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 292 aa  94.7  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 286 aa  94.4  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 304 aa  93.2  5e-18  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 292 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  26.47 
 
 		 271 aa  92.4  9e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 286 aa  92  9e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  28.19 
 
 		 298 aa  92  9e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  22.53 
 
 		 292 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  25.59 
 
 		 290 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  26.69 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 293 aa  90.1  4e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1737  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 		 266 aa  89.4  6e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  23.27 
 
 		 311 aa  89  9e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  23.81 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0890  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  24.38 
 
 		 283 aa  87.8  2e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00312138 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 302 aa  87.4  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1949  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 289 aa  87  3e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.129512 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7190  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 305 aa  87  4e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  29.41 
 
 		 279 aa  86.3  5e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  24.2 
 
 		 280 aa  86.3  6e-16  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  25.7 
 
 		 283 aa  86.3  6e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 293 aa  85.9  6e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 295 aa  85.5  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  23.83 
 
 		 278 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  23.53 
 
 		 303 aa  85.1  0.000000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  27.89 
 
 		 287 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  23.58 
 
 		 295 aa  85.5  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  21.6 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 289 aa  82.8  0.000000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  46.99 
 
 		 274 aa  82  0.000000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5352  transcriptional regulator, AraC family  35 
 
 		 282 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.20713  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  21.91 
 
 		 298 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  23.9 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  21.65 
 
 		 301 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  24.07 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  22.39 
 
 		 282 aa  80.9  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  25.41 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5451  transcriptional regulator, AraC family  26.99 
 
 		 270 aa  80.1  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 279 aa  80.1  0.00000000000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  21.34 
 
 		 309 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  24.51 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2771  transcriptional regulator, AraC family  43.62 
 
 		 292 aa  77.4  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.698515  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  26.69 
 
 		 289 aa  77.8  0.0000000000002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  31.37 
 
 		 305 aa  77.4  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  24.51 
 
 		 282 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 319 aa  77.4  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  24.46 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  24.31 
 
 		 284 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  22.76 
 
 		 285 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 285 aa  76.6  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  24.02 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  21.29 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  23.29 
 
 		 296 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  21.92 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  23.69 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  24.3 
 
 		 303 aa  76.3  0.0000000000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  20.24 
 
 		 289 aa  75.5  0.0000000000009  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4316  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 284 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131308  normal  0.131426 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  21.81 
 
 		 304 aa  75.1  0.000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0470  transcriptional regulator, AraC family  40.96 
 
 		 314 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  19.55 
 
 		 293 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6274  transcriptional regulator, AraC family  24.28 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0452758  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  21.99 
 
 		 285 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>