More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4316 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4316  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 284 aa  578  1e-164  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.131308  normal  0.131426 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4619  transcriptional regulator, AraC family  45.78 
 
 		 293 aa  207  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.143342 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2771  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 292 aa  205  6e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.698515  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  29.15 
 
 		 290 aa  89  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  25.3 
 
 		 290 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000003  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 		 311 aa  82.4  0.000000000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 289 aa  80.5  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  36.94 
 
 		 290 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 295 aa  79.3  0.00000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 290 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  28.2 
 
 		 279 aa  76.3  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 292 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  27.13 
 
 		 274 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  26.04 
 
 		 294 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 290 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  28.04 
 
 		 296 aa  74.3  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  26.77 
 
 		 292 aa  73.6  0.000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  41.05 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  24.3 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  27.94 
 
 		 280 aa  73.2  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 		 287 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 281 aa  72.4  0.000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  23.65 
 
 		 282 aa  72.4  0.000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  24.45 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 		 280 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  25.94 
 
 		 285 aa  72  0.000000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  26.84 
 
 		 282 aa  72.4  0.000000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 280 aa  71.2  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  23.67 
 
 		 315 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  39.77 
 
 		 282 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  26.36 
 
 		 286 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  23.81 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 285 aa  70.1  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  25.37 
 
 		 310 aa  69.3  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  25.61 
 
 		 286 aa  68.9  0.00000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  26.56 
 
 		 283 aa  68.9  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  42.11 
 
 		 279 aa  68.9  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 310 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  24.9 
 
 		 294 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 282 aa  67  0.0000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  47.95 
 
 		 296 aa  67.4  0.0000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  34.75 
 
 		 321 aa  67  0.0000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 294 aa  66.6  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 294 aa  67  0.0000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  35.29 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  46.84 
 
 		 293 aa  66.6  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  24.54 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  26.07 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 307 aa  65.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  30.59 
 
 		 303 aa  65.9  0.0000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 		 300 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 286 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 292 aa  65.5  0.000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 296 aa  64.7  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 279 aa  64.3  0.000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 304 aa  64.7  0.000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  27.64 
 
 		 285 aa  63.5  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2362  AraC family transcriptional regulator  26.38 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 305 aa  63.5  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  31.48 
 
 		 300 aa  63.5  0.000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  33.68 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 292 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  34.74 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  29.7 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  30.1 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  29.7 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  30.1 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  30.1 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  30.1 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  30.1 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  29.7 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5352  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 282 aa  62.8  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.20713  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 292 aa  62.4  0.000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  32.48 
 
 		 305 aa  62.4  0.000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 295 aa  62  0.00000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 286 aa  61.6  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  25.31 
 
 		 293 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5730  transcriptional regulator, AraC family  25.63 
 
 		 305 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.861702 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  25.51 
 
 		 315 aa  62  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  29.29 
 
 		 537 aa  61.6  0.00000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 295 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>