More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_1737 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_1737  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 266 aa  555  1e-157  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 310 aa  127  1.0000000000000001e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5451  transcriptional regulator, AraC family  34.32 
 
 		 270 aa  124  1e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.382765 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  34.06 
 
 		 307 aa  122  5e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  32.26 
 
 		 295 aa  113  3e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  32.44 
 
 		 283 aa  108  9.000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 286 aa  98.2  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  28.78 
 
 		 280 aa  94.4  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  44.55 
 
 		 284 aa  93.2  4e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0263  transcriptional regulator, AraC family  28.51 
 
 		 292 aa  89.4  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.78 
 
 		 316 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  29.27 
 
 		 296 aa  80.5  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  31.79 
 
 		 280 aa  80.1  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 		 295 aa  79.7  0.00000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 311 aa  77.8  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 		 303 aa  75.5  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 298 aa  75.5  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  35.42 
 
 		 274 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.65 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  23.85 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  24.69 
 
 		 287 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2958  transcriptional regulator, AraC family  40.22 
 
 		 297 aa  70.5  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000611309 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  25.57 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 293 aa  70.5  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  28.1 
 
 		 305 aa  68.2  0.0000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 317 aa  67.4  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3773  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 285 aa  67  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.653114  normal  0.0103842 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3804  transcriptional regulator, AraC family  41.03 
 
 		 301 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.476681  normal  0.0667593 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0275  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 314 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  32.35 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  32.35 
 
 		 296 aa  66.2  0.0000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  32.35 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.67 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.67 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.67 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.67 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 297 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  28.67 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  29.85 
 
 		 299 aa  65.1  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  26.13 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  30.06 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 293 aa  64.3  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  27.5 
 
 		 293 aa  63.9  0.000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1694  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 309 aa  63.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  26.37 
 
 		 294 aa  63.9  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1751  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  36.63 
 
 		 271 aa  63.2  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  28.85 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  28.15 
 
 		 300 aa  63.2  0.000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 283 aa  62.8  0.000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  24.19 
 
 		 303 aa  62.4  0.000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  30.26 
 
 		 266 aa  62.4  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  25.25 
 
 		 294 aa  61.6  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  29.61 
 
 		 281 aa  62  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  28.66 
 
 		 304 aa  61.6  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 279 aa  61.6  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 309 aa  61.2  0.00000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0873  transcriptional regulator, AraC family  26.81 
 
 		 286 aa  60.8  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.947068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2093  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 306 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4030  helix-turn-helix domain-containing protein  29.92 
 
 		 282 aa  61.2  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  22.48 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  24.84 
 
 		 292 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  26.62 
 
 		 310 aa  60.8  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 294 aa  60.8  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  22.81 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10093  putative AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  32.68 
 
 		 331 aa  60.5  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1767  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 300 aa  60.1  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  27.78 
 
 		 293 aa  60.1  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  30.66 
 
 		 294 aa  60.1  0.00000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1732  transcriptional regulator, AraC family  24.73 
 
 		 308 aa  60.1  0.00000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.606216 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  23.66 
 
 		 290 aa  60.1  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 299 aa  59.7  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  38.75 
 
 		 306 aa  59.3  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  21.88 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 290 aa  59.3  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  27.21 
 
 		 293 aa  58.9  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  25.15 
 
 		 303 aa  58.9  0.00000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  31.58 
 
 		 290 aa  58.9  0.00000008  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 300 aa  58.9  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  23.3 
 
 		 297 aa  58.9  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 282 aa  58.9  0.00000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 305 aa  58.5  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  28.47 
 
 		 298 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5352  transcriptional regulator, AraC family  33.55 
 
 		 282 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.20713  normal  0.334528 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  25.56 
 
 		 305 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  22.73 
 
 		 291 aa  58.2  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  26.35 
 
 		 300 aa  57.8  0.0000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1839  helix-turn-helix domain-containing protein  24.65 
 
 		 302 aa  57.4  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.357373  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2468  transcriptional regulator, AraC family  24.46 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.409061 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  32.77 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  21.98 
 
 		 292 aa  57.8  0.0000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>