More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_3169 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013061  Phep_3169  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  100 
 
 		 273 aa  570  1.0000000000000001e-162  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.926354 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3096  helix-turn-helix domain-containing protein  62.64 
 
 		 273 aa  368  1e-101  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.366625  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1294  transcriptional regulator, AraC family  30.29 
 
 		 269 aa  124  1e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.694568  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  34.65 
 
 		 281 aa  88.2  1e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  23.4 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6120  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  35.07 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2154  helix-turn-helix domain-containing protein  26.27 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  23.65 
 
 		 289 aa  75.9  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 289 aa  73.2  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 293 aa  71.6  0.00000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  34.33 
 
 		 307 aa  70.9  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  22.18 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 278 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 311 aa  69.7  0.00000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  27.03 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  30.84 
 
 		 283 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  32.11 
 
 		 276 aa  66.6  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.04 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  25.91 
 
 		 290 aa  66.2  0.0000000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3787  transcriptional regulator, AraC family  26.97 
 
 		 298 aa  65.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0143656 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  37.11 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3025  helix-turn-helix domain-containing protein  24.73 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  22.63 
 
 		 293 aa  64.7  0.000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 252 aa  63.2  0.000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  36.73 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  24.85 
 
 		 259 aa  62.8  0.000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  31.61 
 
 		 279 aa  62.8  0.000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 282 aa  61.6  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  28.99 
 
 		 310 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4826  helix-turn-helix domain-containing protein  25 
 
 		 296 aa  61.6  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  23.95 
 
 		 294 aa  62  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  24.23 
 
 		 288 aa  60.8  0.00000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1732  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 308 aa  59.3  0.00000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.606216 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 292 aa  58.9  0.00000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  22.11 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 301 aa  58.9  0.00000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 280 aa  58.9  0.00000009  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 282 aa  58.9  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 295 aa  58.5  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  23.42 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  33.98 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  30 
 
 		 1335 aa  57.4  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  25 
 
 		 303 aa  57.8  0.0000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3929  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 		 303 aa  57  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3127  transcriptional regulator, AraC family  39.24 
 
 		 409 aa  57  0.0000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5518  response regulator receiver protein  20.51 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.484795  normal  0.95745 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 306 aa  57.4  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010180  BcerKBAB4_5603  AraC family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 409 aa  57  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4362  helix-turn-helix domain-containing protein  29.85 
 
 		 289 aa  56.6  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.272956  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 305 aa  56.6  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 291 aa  56.6  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 287 aa  56.2  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00465  transcriptional regulator  36.71 
 
 		 303 aa  56.6  0.0000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 281 aa  56.2  0.0000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2110  transcriptional regulator, AraC family  39.24 
 
 		 185 aa  56.6  0.0000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.695339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3148  transcriptional regulator, AraC family  39.24 
 
 		 409 aa  56.2  0.0000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.322003 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2894  AraC family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 409 aa  56.2  0.0000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  35.16 
 
 		 773 aa  55.8  0.0000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  33.75 
 
 		 365 aa  55.8  0.0000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 409 aa  55.8  0.0000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2574  helix-turn-helix domain-containing protein  24.51 
 
 		 343 aa  55.8  0.0000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0101774 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  23.46 
 
 		 288 aa  55.5  0.0000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  27.48 
 
 		 290 aa  55.5  0.0000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  29.25 
 
 		 295 aa  55.1  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 293 aa  55.1  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  36.36 
 
 		 309 aa  55.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  21.64 
 
 		 286 aa  55.5  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  35.37 
 
 		 311 aa  53.9  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 409 aa  53.9  0.000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3550  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 313 aa  54.3  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  34.07 
 
 		 409 aa  53.9  0.000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  19.68 
 
 		 309 aa  54.3  0.000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2180  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 		 295 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.20744 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 319 aa  54.3  0.000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 294 aa  54.3  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  29.56 
 
 		 266 aa  54.3  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  25.62 
 
 		 292 aa  54.7  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  27.22 
 
 		 290 aa  54.3  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  27.27 
 
 		 296 aa  54.7  0.000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 297 aa  53.9  0.000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6183  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 302 aa  53.9  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0614415 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5741  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 295 aa  53.5  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0188023  normal  0.762448 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  28.95 
 
 		 1201 aa  53.9  0.000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1537  AraC family transcriptional regulator  27.73 
 
 		 370 aa  53.5  0.000003  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  32.04 
 
 		 294 aa  53.5  0.000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  32.1 
 
 		 313 aa  53.9  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 271 aa  53.9  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>