More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3583 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  100 
 
 
293 aa  591  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  52.05 
 
 
296 aa  315  4e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  53.29 
 
 
294 aa  309  2.9999999999999997e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  42.27 
 
 
292 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  34.6 
 
 
295 aa  148  9e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  32.09 
 
 
322 aa  144  1e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  29.67 
 
 
291 aa  143  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  28.47 
 
 
298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  30.38 
 
 
306 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 
316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  35.33 
 
 
297 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  37.8 
 
 
272 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  35.18 
 
 
306 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  45.05 
 
 
180 aa  100  4e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  40.46 
 
 
299 aa  99.4  7e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  34.73 
 
 
299 aa  96.7  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 
299 aa  95.9  6e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  42.2 
 
 
301 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  42.2 
 
 
301 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  42.2 
 
 
301 aa  94.7  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  42.34 
 
 
322 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  32.92 
 
 
318 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 
316 aa  93.6  3e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  30.49 
 
 
274 aa  93.2  5e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  28.07 
 
 
299 aa  93.2  5e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  32.91 
 
 
301 aa  92.8  5e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2577  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
298 aa  90.1  3e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.996426  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  28.64 
 
 
308 aa  90.1  4e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  32.94 
 
 
314 aa  89  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  31.92 
 
 
291 aa  89  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  43.52 
 
 
291 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  32.75 
 
 
301 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 
295 aa  88.6  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 
282 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  36.69 
 
 
312 aa  87.4  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 
290 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  28.89 
 
 
287 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 
296 aa  87.8  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 
305 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 
304 aa  87  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  30.36 
 
 
309 aa  86.3  5e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  29.23 
 
 
304 aa  86.3  5e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  36.65 
 
 
292 aa  86.3  6e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  36.97 
 
 
202 aa  86.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  36.27 
 
 
530 aa  85.9  7e-16  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  29.72 
 
 
315 aa  85.9  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 
291 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  43.12 
 
 
287 aa  85.5  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 
308 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  36.11 
 
 
308 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 
361 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 
306 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  30.38 
 
 
294 aa  85.1  0.000000000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  33.81 
 
 
280 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 
294 aa  84.3  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  33.49 
 
 
291 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  32.95 
 
 
311 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 
305 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3315  AraC family transcriptional regulator  35.44 
 
 
281 aa  84  0.000000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.024617  hitchhiker  0.00000399067 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 
278 aa  84  0.000000000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  41.75 
 
 
299 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3201  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 
182 aa  83.6  0.000000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0116989 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  40.38 
 
 
327 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 
188 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  41.28 
 
 
291 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  38.52 
 
 
311 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4441  transcriptional regulator, AraC family  37.17 
 
 
300 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.440571  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4074  helix-turn-helix domain-containing protein  37.17 
 
 
300 aa  82.8  0.000000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  39.8 
 
 
346 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  38.52 
 
 
311 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  38.52 
 
 
311 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 
304 aa  82.8  0.000000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 
319 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 
223 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 
249 aa  82.4  0.000000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
271 aa  82.4  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4871  AraC family transcriptional regulator  36.09 
 
 
308 aa  82  0.000000000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412804  normal  0.401729 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  32.35 
 
 
294 aa  82.4  0.000000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  37.7 
 
 
311 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  28.49 
 
 
274 aa  81.6  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  31.74 
 
 
287 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  31.74 
 
 
287 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  31.74 
 
 
287 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  34.32 
 
 
287 aa  81.6  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  34.97 
 
 
316 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  31.74 
 
 
287 aa  81.6  0.00000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 
291 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  31.21 
 
 
296 aa  81.3  0.00000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  43.3 
 
 
306 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 
305 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4183  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 
282 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.806695 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3705  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 
282 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 
305 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 
305 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  31.79 
 
 
255 aa  80.5  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 
318 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  40.38 
 
 
316 aa  80.9  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 
278 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 
278 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 
279 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.606385 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>