More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3887 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3887  two component AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 252 aa  518  1e-146  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2467  two component transcriptional regulator, AraC family  35.43 
 
 		 251 aa  165  5.9999999999999996e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3405  two component AraC family transcriptional regulator  37.9 
 
 		 253 aa  160  3e-38  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.100445  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  35.46 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2141  two component AraC family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 260 aa  148  7e-35  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3861  two component AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 259 aa  146  3e-34  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  33.08 
 
 		 265 aa  145  5e-34  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1584  two component AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 259 aa  144  1e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1946  DNA-binding response regulator  33.2 
 
 		 257 aa  144  2e-33  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  31.47 
 
 		 250 aa  137  2e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  29.48 
 
 		 250 aa  131  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0410  two component transcriptional regulator, AraC family  31.08 
 
 		 233 aa  126  4.0000000000000003e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3262  response regulator receiver protein  30.08 
 
 		 257 aa  116  3e-25  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2373  two component transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 252 aa  115  6e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0618  two component AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 258 aa  114  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000605397  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 546 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4396  DNA-binding response regulator  30.2 
 
 		 231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4237  DNA-binding response regulator  30.2 
 
 		 231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4614  DNA-binding response regulator  30.2 
 
 		 231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4736  DNA-binding response regulator  30.2 
 
 		 231 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  39.37 
 
 		 538 aa  111  1.0000000000000001e-23  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  37.69 
 
 		 537 aa  110  2.0000000000000002e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2344  AraC family DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 507 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.627636  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2056  AraC family DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 507 aa  110  2.0000000000000002e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4249  DNA-binding response regulator  30.2 
 
 		 231 aa  108  6e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0213  response regulator receiver  29.13 
 
 		 252 aa  108  6e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0314  two component transcriptional regulator, AraC family  42.06 
 
 		 494 aa  107  1e-22  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0207  response regulator receiver protein  29.13 
 
 		 252 aa  107  2e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  34.69 
 
 		 365 aa  107  3e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  43.97 
 
 		 535 aa  105  5e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2406  AraC family DNA-binding response regulator  29.53 
 
 		 251 aa  105  6e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0496  two component AraC family transcriptional regulator  42.24 
 
 		 543 aa  105  7e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3211  two component AraC family transcriptional regulator  40.17 
 
 		 548 aa  104  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.0042226  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1722  two component AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 508 aa  102  8e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  30.8 
 
 		 1201 aa  100  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0995  two component transcriptional regulator, AraC family  38.76 
 
 		 542 aa  99.4  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0147  two component transcriptional regulator, AraC family  40.16 
 
 		 525 aa  99.8  4e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2253  two component AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 532 aa  98.6  8e-20  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1645  two component transcriptional regulator, AraC family  40.46 
 
 		 526 aa  98.6  9e-20  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.168722  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 533 aa  97.4  2e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  41.23 
 
 		 414 aa  97.4  2e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  39.5 
 
 		 509 aa  96.7  3e-19  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  25.59 
 
 		 1347 aa  97.1  3e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0663  LuxR family DNA-binding response regulator  32.37 
 
 		 224 aa  95.9  5e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0697  LuxR family DNA-binding response regulator  32.37 
 
 		 224 aa  95.9  5e-19  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_601  DNA-binding response regulator, LuxR family  32.37 
 
 		 224 aa  95.9  6e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  27.52 
 
 		 1344 aa  95.9  6e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  38.02 
 
 		 515 aa  95.5  8e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1228  two component transcriptional regulator, AraC family  38.76 
 
 		 532 aa  94.7  1e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  29.72 
 
 		 1316 aa  94.7  1e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  31.97 
 
 		 530 aa  94  2e-18  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19910  response regulator receiver protein  34.85 
 
 		 386 aa  94  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  28.57 
 
 		 1296 aa  93.2  4e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2452  two component transcriptional regulator, AraC family  31.61 
 
 		 509 aa  93.2  4e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0693402  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  36.75 
 
 		 519 aa  92.4  6e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  39.47 
 
 		 502 aa  92.4  6e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0632  two component LuxR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 224 aa  92.4  7e-18  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00385785  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0149  two component transcriptional regulator, AraC family  33.79 
 
 		 525 aa  92  9e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2666  two component transcriptional regulator, AraC family  27.8 
 
 		 251 aa  91.3  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21287  normal  0.224489 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  37.07 
 
 		 513 aa  90.5  2e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  29.2 
 
 		 1327 aa  90.9  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 506 aa  90.5  2e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2024  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.01 
 
 		 517 aa  90.5  2e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2055  two component transcriptional regulator, AraC family  36.18 
 
 		 519 aa  89.7  4e-17  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0864  two component AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 503 aa  89.4  5e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2735  response regulator receiver  36.97 
 
 		 224 aa  88.6  9e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0572845  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2195  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 502 aa  88.6  9e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.067402 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0198  two component transcriptional regulator, AraC family  36.64 
 
 		 534 aa  88.2  1e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0254  LuxR family DNA-binding response regulator  36.89 
 
 		 215 aa  86.7  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2113  two component AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 548 aa  87  3e-16  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2129  response regulator receiver protein  35.83 
 
 		 118 aa  86.7  3e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1179  two component AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 359 aa  86.3  4e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 212 aa  86.3  5e-16  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1317  response regulator  35.59 
 
 		 220 aa  85.5  7e-16  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.500574  normal  0.0503905 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  27.95 
 
 		 266 aa  85.5  7e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4889  two component AraC family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 288 aa  85.5  8e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.298891  hitchhiker  0.00503781 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0555  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.22 
 
 		 457 aa  85.5  8e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  26.85 
 
 		 1370 aa  85.5  8e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4628  two component LuxR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 219 aa  85.1  9e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1694  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.36 
 
 		 472 aa  84.7  0.000000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 1341 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  23.81 
 
 		 1400 aa  85.1  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  29.03 
 
 		 1334 aa  84.7  0.000000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0919  two component LuxR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 214 aa  84  0.000000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2227  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.58 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.632961  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  26.69 
 
 		 1366 aa  84.3  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  24.21 
 
 		 1397 aa  84.3  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  39.32 
 
 		 394 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 532 aa  84.3  0.000000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  26.59 
 
 		 1343 aa  83.6  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.5 
 
 		 415 aa  83.6  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0160  two component LuxR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 212 aa  83.6  0.000000000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  26.17 
 
 		 1349 aa  83.2  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5595  two component transcriptional regulator, LuxR family  35.24 
 
 		 215 aa  82.8  0.000000000000005  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0105  two component LuxR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 215 aa  82.4  0.000000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0303042  normal  0.309888 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  35.94 
 
 		 412 aa  82.4  0.000000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3807  AraC family two component transcriptional regulator  28.52 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.536318  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  26.1 
 
 		 1342 aa  82.4  0.000000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3747  two component LuxR family transcriptional regulator  40.18 
 
 		 206 aa  82.4  0.000000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1886  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  29.75 
 
 		 461 aa  82  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>