297 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2154 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2154  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 298 aa  618  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1732  transcriptional regulator, AraC family  59.14 
 
 		 308 aa  329  3e-89  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.606216 
 
 
-
 
NC_002950  PG2125  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 292 aa  89.4  6e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  27.17 
 
 		 294 aa  88.2  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  27.35 
 
 		 289 aa  84  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  28.49 
 
 		 279 aa  80.1  0.00000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  25.91 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 297 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3169  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  26.27 
 
 		 273 aa  76.3  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.926354 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 293 aa  75.9  0.0000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2435  AraC family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 281 aa  75.5  0.000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.996011  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3096  helix-turn-helix domain-containing protein  26.22 
 
 		 273 aa  73.9  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.366625  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  22.62 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  36.29 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  23.53 
 
 		 297 aa  72.8  0.000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  24.42 
 
 		 315 aa  72.4  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  23.58 
 
 		 259 aa  72  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  30.06 
 
 		 290 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3551  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 		 231 aa  70.5  0.00000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.427792  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 310 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  22.92 
 
 		 299 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 290 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  33.04 
 
 		 300 aa  69.7  0.00000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 304 aa  68.6  0.0000000001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07776  putative AraC family transcriptional regulatory protein  29.17 
 
 		 279 aa  68.6  0.0000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.15612  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 271 aa  67.8  0.0000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  35.65 
 
 		 311 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3306  helix-turn-helix domain-containing protein  38.14 
 
 		 281 aa  67.4  0.0000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  31.45 
 
 		 290 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  32.73 
 
 		 290 aa  67.4  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 293 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4362  helix-turn-helix domain-containing protein  25.66 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.272956  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 317 aa  66.2  0.0000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  36.89 
 
 		 282 aa  66.2  0.0000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  33.06 
 
 		 283 aa  65.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  29.81 
 
 		 289 aa  65.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4241  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 331 aa  65.5  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.495489  normal  0.82932 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  65.5  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 310 aa  64.3  0.000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  29.01 
 
 		 291 aa  65.1  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 295 aa  63.9  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0598  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 294 aa  63.5  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  31 
 
 		 301 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 289 aa  63.5  0.000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 291 aa  62.8  0.000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 329 aa  62.8  0.000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  41.24 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  22.58 
 
 		 307 aa  62.4  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  28.78 
 
 		 288 aa  62.4  0.000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 297 aa  62.4  0.000000009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  41.24 
 
 		 296 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 290 aa  62  0.00000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  24.29 
 
 		 292 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  34.38 
 
 		 274 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  28.78 
 
 		 288 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  41.24 
 
 		 296 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  22.09 
 
 		 287 aa  61.6  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 292 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 296 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 284 aa  61.6  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 307 aa  60.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 295 aa  60.5  0.00000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 292 aa  60.1  0.00000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  28.92 
 
 		 289 aa  60.1  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  39.39 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  24.64 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6120  transcriptional regulator, AraC family  33.01 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  31.63 
 
 		 294 aa  60.1  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  39.39 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  39.39 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  39.39 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  39.39 
 
 		 298 aa  59.7  0.00000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 292 aa  59.7  0.00000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 279 aa  59.7  0.00000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2211  transcriptional regulator, AraC family  28.31 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00143892 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  26.54 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 		 299 aa  58.9  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  33.59 
 
 		 315 aa  58.9  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 305 aa  58.9  0.0000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 309 aa  58.5  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  26.42 
 
 		 295 aa  58.9  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 266 aa  58.5  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  36.46 
 
 		 283 aa  58.2  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  28.43 
 
 		 287 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 292 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 280 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  31.25 
 
 		 293 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 300 aa  58.2  0.0000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2210  transcriptional regulator, AraC family  26.7 
 
 		 286 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.423817  normal  0.20032 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 281 aa  57.8  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5271  transcriptional regulator, AraC family  26.78 
 
 		 284 aa  57.4  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0620952  normal  0.0372935 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  25.17 
 
 		 294 aa  57.4  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 282 aa  57.4  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>