More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3857 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_3857  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 293 aa  604  9.999999999999999e-173  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.906339 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3260  AraC family transcriptional regulator  66.21 
 
 		 294 aa  412  1e-114  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  60.84 
 
 		 290 aa  369  1e-101  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4655  AraC family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 291 aa  276  3e-73  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70214  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3605  hypothetical protein  47.02 
 
 		 291 aa  274  1.0000000000000001e-72  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2198  AraC family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 292 aa  230  2e-59  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.983823  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2769  AraC family transcriptional regulator  41.24 
 
 		 297 aa  222  4e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  29.5 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2097  hypothetical protein  27.41 
 
 		 298 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.154487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  28.9 
 
 		 294 aa  116  5e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6046  transcriptional regulator, AraC family  25.87 
 
 		 315 aa  109  5e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0485371 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1834  transcriptional regulator, AraC family  28.17 
 
 		 282 aa  102  7e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.73118  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5975  transcriptional regulator, AraC family  27.91 
 
 		 299 aa  102  7e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  30.35 
 
 		 283 aa  99.8  5e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5971  transcriptional regulator, AraC family  26.22 
 
 		 297 aa  99.4  6e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.965071  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 309 aa  97.1  3e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  27.97 
 
 		 291 aa  96.7  4e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  25.4 
 
 		 307 aa  96.7  4e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  28.06 
 
 		 266 aa  96.3  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6108  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 294 aa  95.5  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  28.19 
 
 		 287 aa  94.7  1e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  27.2 
 
 		 285 aa  90.9  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 290 aa  91.3  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1456  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 271 aa  90.1  4e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.724936  normal  0.408228 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 286 aa  90.1  4e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2362  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 290 aa  90.1  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  25.34 
 
 		 299 aa  89.7  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  24.18 
 
 		 289 aa  89.7  5e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5549  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 295 aa  89  9e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  26.29 
 
 		 293 aa  86.7  5e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.28 
 
 		 296 aa  85.9  7e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3383  transcriptional regulator, AraC family  27.06 
 
 		 290 aa  85.5  9e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0398401  normal  0.637416 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 310 aa  85.1  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4762  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0640871  normal  0.0124247 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 319 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1302  transcriptional regulator, AraC family  24.18 
 
 		 289 aa  83.6  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 293 aa  83.6  0.000000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  24.11 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2197  transcriptional regulator, AraC family  25.6 
 
 		 282 aa  81.6  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 292 aa  79.7  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  25.42 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 287 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  30.16 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  22.83 
 
 		 317 aa  78.2  0.0000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3756  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 285 aa  77.4  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.295664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 281 aa  77  0.0000000000003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  26.12 
 
 		 289 aa  77  0.0000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 295 aa  77  0.0000000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  24.36 
 
 		 310 aa  76.3  0.0000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  24.7 
 
 		 285 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 305 aa  74.7  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  24.31 
 
 		 308 aa  74.3  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  23.32 
 
 		 310 aa  74.3  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0805  AraC family transcriptional regulator  23.48 
 
 		 305 aa  73.9  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.998455  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0706  AraC family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6334  AraC family transcriptional regulator  24.62 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.186192  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  31.73 
 
 		 276 aa  72.8  0.000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  22.4 
 
 		 321 aa  72.4  0.000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  24.8 
 
 		 294 aa  72.4  0.000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2448  AraC family transcription regulator  22.88 
 
 		 299 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0683308  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  23.51 
 
 		 295 aa  70.9  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4329  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 319 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.925614  normal  0.0225103 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1351  transcriptional regulator, AraC family  24 
 
 		 284 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2791  transcriptional regulator, AraC family  21.9 
 
 		 307 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.209694 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  31.25 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1218  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.72 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.398586  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 280 aa  70.5  0.00000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1183  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.72 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1067  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.72 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1203  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.72 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.375104 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  31.25 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1172  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.72 
 
 		 298 aa  70.5  0.00000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.856893 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  24.62 
 
 		 290 aa  70.5  0.00000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  31 
 
 		 297 aa  70.1  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.25 
 
 		 296 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 310 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1732  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 308 aa  69.7  0.00000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.606216 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 319 aa  69.7  0.00000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  26.43 
 
 		 292 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  23.79 
 
 		 297 aa  69.3  0.00000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  25.48 
 
 		 293 aa  68.6  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  32.31 
 
 		 303 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  22.89 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  22.8 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  29.13 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  23.69 
 
 		 290 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  28.68 
 
 		 289 aa  67.4  0.0000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2115  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 279 aa  67.8  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.189992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  27.86 
 
 		 303 aa  67.4  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  32.32 
 
 		 316 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  19.84 
 
 		 329 aa  68.2  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  26.14 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>