More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1491 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1491  transcriptional regulator  100 
 
 		 270 aa  543  1e-153  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.955629 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 268 aa  142  8e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  37.55 
 
 		 263 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1416  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 276 aa  134  9.999999999999999e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.813304  normal  0.204601 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 295 aa  91.3  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  28.74 
 
 		 288 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 309 aa  77  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 310 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 292 aa  76.6  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0640  pobR protein  27.24 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  28.14 
 
 		 288 aa  75.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  31.85 
 
 		 316 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  26.67 
 
 		 292 aa  74.7  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  32.17 
 
 		 283 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  25.09 
 
 		 290 aa  75.1  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  24.91 
 
 		 329 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  28.24 
 
 		 305 aa  74.3  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5055  transcriptional regulator AraC family  30.83 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.702992  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  30.46 
 
 		 307 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10660  putative transcriptional regulator  32.45 
 
 		 303 aa  73.6  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.967663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  37.29 
 
 		 321 aa  72.8  0.000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  25.19 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 295 aa  72.4  0.000000000007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 286 aa  72.4  0.000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 297 aa  71.6  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  23.94 
 
 		 289 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  30.7 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1539  transcriptional regulator, AraC family  23.57 
 
 		 293 aa  71.2  0.00000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0619786  normal  0.154235 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 303 aa  70.1  0.00000000004  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  40.66 
 
 		 274 aa  69.7  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3892  AraC family transcriptional regulator  24.46 
 
 		 293 aa  68.9  0.00000000007  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 319 aa  68.9  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 295 aa  68.2  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  26.74 
 
 		 315 aa  67.4  0.0000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 300 aa  67  0.0000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 289 aa  66.6  0.0000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14410  Transcriptional regulator PobR (AraC family)  24.51 
 
 		 303 aa  66.2  0.0000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  36.47 
 
 		 280 aa  66.2  0.0000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4897  transcriptional regulator, AraC family  25.1 
 
 		 289 aa  65.9  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3180  helix-turn-helix domain-containing protein  26.24 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  26.15 
 
 		 295 aa  65.9  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3845  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.235864  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  27.72 
 
 		 296 aa  65.1  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  28.29 
 
 		 296 aa  65.5  0.000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 317 aa  64.7  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  26.54 
 
 		 305 aa  65.1  0.000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  23.88 
 
 		 295 aa  64.7  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4201  helix-turn-helix domain-containing protein  31.58 
 
 		 293 aa  65.1  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5673  transcriptional regulator, AraC family  32.18 
 
 		 287 aa  63.9  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.48691 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1346  transcriptional regulator, AraC family  25.45 
 
 		 310 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3768  transcriptional regulator, AraC family  29.73 
 
 		 297 aa  63.5  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  22.54 
 
 		 313 aa  62.8  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  23.94 
 
 		 285 aa  62  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4477  AraC family transcriptional regulator  23.11 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.219682 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2992  helix-turn-helix domain-containing protein  29.36 
 
 		 266 aa  62  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0239813  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3242  helix-turn-helix domain-containing protein  25.18 
 
 		 276 aa  62  0.00000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4935  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 319 aa  62  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.645448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7106  transcriptional regulator, AraC family  25.81 
 
 		 304 aa  62  0.00000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.509238  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  32.23 
 
 		 296 aa  62  0.00000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  27.47 
 
 		 290 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4803  transcriptional regulator, AraC family  26.59 
 
 		 299 aa  61.2  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.413232 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2696  AraC family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 297 aa  60.1  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.246426 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  25.59 
 
 		 310 aa  60.1  0.00000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5794  transcriptional regulator, AraC family  30.59 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  27.1 
 
 		 282 aa  60.1  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0633  AraC family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 298 aa  60.1  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.274114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3495  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 316 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.816152 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  35.37 
 
 		 278 aa  59.7  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  23.75 
 
 		 290 aa  59.7  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4892  transcriptional regulator, AraC family  24.1 
 
 		 299 aa  59.3  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.838106  normal  0.621301 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5541  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 298 aa  59.3  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1509  transcriptional regulator, AraC family  33.04 
 
 		 272 aa  59.3  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1116  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 289 aa  59.3  0.00000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00899816  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0938  transcriptional regulator, AraC family  28.34 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.210407  normal  0.519262 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  26.6 
 
 		 293 aa  59.3  0.00000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 296 aa  59.3  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0826  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 282 aa  58.2  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1447  AraC family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 282 aa  58.2  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4620  transcriptional regulator, AraC family  26.75 
 
 		 293 aa  58.2  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.142844 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3797  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 293 aa  58.5  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00910315  normal  0.099485 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  25.75 
 
 		 279 aa  58.2  0.0000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04223  HpaA  39.02 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  27.86 
 
 		 292 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7085  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.425365  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1989  AraC family transcriptional regulator  22.37 
 
 		 301 aa  57.4  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.484982  normal  0.116886 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3709  AraC family transcriptional regulator  39.02 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.680131 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  26.06 
 
 		 289 aa  57.8  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1434  transcriptional regulator, AraC family  24.48 
 
 		 304 aa  58.2  0.0000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.872144  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04189  hypothetical protein  39.02 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2146  transcriptional regulator, AraC family  24.32 
 
 		 286 aa  58.2  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00502673  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  22.76 
 
 		 280 aa  57.8  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4577  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  39.02 
 
 		 296 aa  57.8  0.0000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3758  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 		 289 aa  57  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30972  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  28.67 
 
 		 299 aa  57.4  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1550  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 306 aa  57  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0774112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3726  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 534 aa  57.4  0.0000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>