More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_1416 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_1416  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 276 aa  566  1e-160  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.813304  normal  0.204601 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2462  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 268 aa  172  5e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.529684  hitchhiker  0.000432103 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2155  helix-turn-helix domain-containing protein  36.95 
 
 		 263 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1491  transcriptional regulator  34.62 
 
 		 270 aa  134  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.955629 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2683  helix-turn-helix domain-containing protein  27.6 
 
 		 321 aa  96.7  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.421098  normal  0.349304 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2572  AraC family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 319 aa  82.4  0.000000000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6122  transcriptional regulator AraC family  26.48 
 
 		 308 aa  82  0.000000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.335204  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6092  AraC family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 310 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.391074  normal  0.394917 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5379  transcriptional regulator, AraC family  30.22 
 
 		 295 aa  78.6  0.0000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2709  AraC family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 305 aa  78.2  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.796012 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6236  transcriptional regulator, AraC family  23.32 
 
 		 307 aa  77.8  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.573894  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1199  AraC family transcriptional regulator  24.72 
 
 		 310 aa  77.8  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4017  AraC family transcriptional regulator  25.2 
 
 		 309 aa  77.4  0.0000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2708  AraC family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 317 aa  77  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0276102  normal  0.900999 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5414  transcriptional regulator, AraC family  29.41 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00395268  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6093  transcriptional regulator, AraC family  21.74 
 
 		 295 aa  75.5  0.000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1416  AraC family transcriptional regulator  24.8 
 
 		 281 aa  74.7  0.000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00434606  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0180  helix-turn-helix domain-containing protein  25.81 
 
 		 259 aa  74.3  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  25.38 
 
 		 297 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0702  AraC family transcriptional regulator  20.73 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.737092  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3722  helix-turn-helix domain-containing protein  26.04 
 
 		 305 aa  72.4  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  24.55 
 
 		 289 aa  72.4  0.000000000008  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2607  helix-turn-helix domain-containing protein  24.91 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.634815 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6000  transcriptional regulator, AraC family  24.4 
 
 		 278 aa  71.2  0.00000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2749  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.981488  normal  0.351056 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1400  transcriptional regulator, AraC family  22.96 
 
 		 329 aa  69.3  0.00000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.301522  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1200  transcriptional regulator, AraC family  26.95 
 
 		 296 aa  69.3  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.552147  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6762  transcriptional regulator, AraC family  20.49 
 
 		 287 aa  68.9  0.00000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  40.51 
 
 		 290 aa  68.9  0.00000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5021  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 295 aa  68.6  0.0000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.579106  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_03070  putative transcriptional regulator  23.2 
 
 		 288 aa  68.6  0.0000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00675677  hitchhiker  0.00000142232 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3181  transcriptional regulator, AraC family  41.25 
 
 		 296 aa  68.2  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.587215 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1945  AraC family transcriptional regulator  22.52 
 
 		 292 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.140047  hitchhiker  0.000477729 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5626  transcriptional regulator, AraC family  22.52 
 
 		 285 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.808973  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1497  transcriptional regulator, AraC family  40.96 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.909298  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0129  transcriptional regulator, AraC family  24.88 
 
 		 313 aa  67.4  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5317  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.803525 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  27.27 
 
 		 250 aa  67  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1732  AraC family transcriptional regulator  21.12 
 
 		 286 aa  66.6  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5912  transcriptional regulator, AraC family  20.39 
 
 		 290 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.264328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2965  transcriptional regulator, AraC family  35.64 
 
 		 274 aa  66.2  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000197043  hitchhiker  0.00000564139 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2728  transcriptional regulator, AraC family  22.91 
 
 		 315 aa  66.6  0.0000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.197653  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0346  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 295 aa  66.6  0.0000000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2789  transcriptional regulator, AraC family  23.79 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.221879 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4132  transcriptional regulator, AraC family  26.63 
 
 		 299 aa  66.2  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0973484 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0334  putative transcriptional regulator  23.11 
 
 		 288 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0236  transcriptional regulator, AraC family  26.63 
 
 		 273 aa  66.2  0.0000000005  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3538  AraC family transcriptional regulator  22.8 
 
 		 292 aa  66.2  0.0000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.847123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 336 aa  65.9  0.0000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1389  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 289 aa  66.2  0.0000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2048  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 300 aa  65.9  0.0000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0841586  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2717  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 290 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3499  helix-turn-helix, AraC type  21.12 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.525441 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0769  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 292 aa  65.1  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0636487  normal  0.216955 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2488  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 287 aa  64.7  0.000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2506  transcriptional regulator, AraC family  23.88 
 
 		 294 aa  65.1  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.108721 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7131  transcriptional regulator, AraC family  32.53 
 
 		 283 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3787  transcriptional regulator, AraC family  24.34 
 
 		 287 aa  64.7  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0471905 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1908  transcriptional regulator PobR  19.76 
 
 		 289 aa  63.9  0.000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.104323  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4019  transcriptional regulator, AraC family  26.53 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.992917  hitchhiker  0.00536454 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4362  helix-turn-helix domain-containing protein  37.18 
 
 		 289 aa  64.3  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.272956  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2236  AraC family transcriptional regulator  22.4 
 
 		 292 aa  64.3  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2106  hypothetical protein  23.21 
 
 		 291 aa  64.7  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.89932  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1649  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 303 aa  63.5  0.000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  25.45 
 
 		 250 aa  63.5  0.000000003  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0385  AraC family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 766 aa  63.9  0.000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2237  AraC family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  21.12 
 
 		 299 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0580  transcriptional regulator, AraC family  21.17 
 
 		 280 aa  63.5  0.000000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3374  helix-turn-helix domain-containing protein  27.95 
 
 		 289 aa  63.2  0.000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2386  AraC family transcriptional regulator  22.4 
 
 		 292 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.939671 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1401  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.0891461  normal  0.79487 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3473  transcriptional regulator, AraC family  38.75 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.368579 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2466  AraC family transcriptional regulator  22.46 
 
 		 315 aa  62.8  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0611  DNA-binding transcriptional regulator AraC  28.03 
 
 		 280 aa  62.8  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.88985  normal  0.0110602 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  31.37 
 
 		 290 aa  62.8  0.000000006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  29.21 
 
 		 546 aa  62.4  0.000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  43.37 
 
 		 312 aa  62  0.000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1426  transcriptional regulator, AraC family  33.75 
 
 		 292 aa  62  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.065785  normal  0.0210351 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4441  helix-turn-helix domain-containing protein  29.13 
 
 		 308 aa  62.4  0.000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4330  transcriptional regulator, AraC family  23.57 
 
 		 305 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0359782 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2298  transcriptional regulator, AraC family  32.91 
 
 		 310 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000152227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6061  transcriptional regulator, AraC family  25.29 
 
 		 290 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1824  two component AraC family transcriptional regulator  25.64 
 
 		 362 aa  61.6  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000196685  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1738  transcriptional regulator, AraC family  22.44 
 
 		 283 aa  61.6  0.00000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6725  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 300 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.342699  normal  0.64784 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0972  4-hydroxyphenylacetate catabolism regulatory protein HpaA  27.27 
 
 		 316 aa  62  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1608  transcriptional regulator, AraC family  22.73 
 
 		 279 aa  60.8  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.322364  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1765  transcriptional regulator, AraC family  28.24 
 
 		 292 aa  60.8  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6221  AraC family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1294  transcriptional regulator, AraC family  35.44 
 
 		 269 aa  60.8  0.00000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.694568  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  30.48 
 
 		 293 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3096  helix-turn-helix domain-containing protein  31.25 
 
 		 273 aa  60.8  0.00000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.366625  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1306  transcriptional regulator, AraC family  23.53 
 
 		 305 aa  61.2  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272206 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6410  transcriptional regulator, AraC family  25.49 
 
 		 279 aa  61.2  0.00000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  34.88 
 
 		 305 aa  60.8  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3376  transcriptional regulator, AraC family  27.4 
 
 		 282 aa  60.5  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.125379 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5452  transcriptional regulator, AraC family  20.33 
 
 		 280 aa  60.5  0.00000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.662844  normal  0.250366 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 299 aa  60.5  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20310  transcriptional regulator, AraC family  35.96 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.944905  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>