More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5475 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 305 aa  620  1e-177  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  38.3 
 
 		 301 aa  204  2e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  38.23 
 
 		 301 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  38.52 
 
 		 318 aa  190  2.9999999999999997e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 336 aa  183  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 299 aa  182  4.0000000000000006e-45  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  39.11 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  37.6 
 
 		 272 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  38 
 
 		 297 aa  163  3e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 304 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 304 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 306 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  43.88 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 308 aa  154  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 306 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 306 aa  152  5e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  38.21 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3977  helix-turn-helix domain-containing protein  32.73 
 
 		 301 aa  148  9e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  33.88 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 300 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 384 aa  136  4e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 		 312 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 292 aa  104  2e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  31.2 
 
 		 295 aa  102  8e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  34.64 
 
 		 296 aa  100  4e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 304 aa  99.8  6e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 322 aa  99.4  7e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  46.15 
 
 		 294 aa  99.4  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  38.75 
 
 		 180 aa  99  8e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  30.81 
 
 		 303 aa  99  9e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  37.04 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  35.19 
 
 		 282 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 296 aa  98.6  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 300 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  32.54 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  41.51 
 
 		 270 aa  96.7  5e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  96.3  6e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 319 aa  95.9  7e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 287 aa  95.9  7e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 353 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  45.19 
 
 		 291 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 143 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  36.6 
 
 		 299 aa  93.2  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  26.06 
 
 		 296 aa  92.4  9e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  44.23 
 
 		 291 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  44.23 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 293 aa  91.7  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 188 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  47.57 
 
 		 273 aa  92  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  39.32 
 
 		 202 aa  92  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  35.06 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 312 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 127 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  42.86 
 
 		 288 aa  90.5  4e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  29.78 
 
 		 316 aa  89  9e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 311 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  36.23 
 
 		 322 aa  88.6  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  44.64 
 
 		 134 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  38.61 
 
 		 298 aa  87.8  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  44.64 
 
 		 120 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 311 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  35.44 
 
 		 296 aa  87.8  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 311 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  40.38 
 
 		 126 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  27.76 
 
 		 289 aa  87.4  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 		 311 aa  87.4  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 306 aa  87.4  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  37.82 
 
 		 293 aa  86.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  32.57 
 
 		 291 aa  86.3  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  27.95 
 
 		 293 aa  86.3  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 315 aa  86.3  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 315 aa  86.3  7e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 315 aa  86.3  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 332 aa  85.9  7e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 291 aa  85.9  8e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 315 aa  85.9  8e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  41.82 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 361 aa  85.1  0.000000000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  42.45 
 
 		 306 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 251 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  35.06 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5466  helix-turn-helix-domain containing protein AraC type  33.78 
 
 		 199 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  45.45 
 
 		 268 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  40.38 
 
 		 274 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  37.8 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  29.29 
 
 		 331 aa  83.2  0.000000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>