More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Slin_4136 on replicon NC_013730
Organism: Spirosoma linguale DSM 74



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 278 aa  577  1e-164  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  38.21 
 
 		 310 aa  199  5e-50  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  35.69 
 
 		 288 aa  177  2e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 282 aa  171  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4615  helix-turn-helix domain-containing protein  34.64 
 
 		 281 aa  167  2e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.00567057  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2143  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 278 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  30.91 
 
 		 285 aa  152  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3850  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.59 
 
 		 275 aa  150  3e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.427371  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2509  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 277 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4681  transcriptional regulator, AraC family  34.41 
 
 		 277 aa  147  1.0000000000000001e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.399866  hitchhiker  0.000374446 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10188  transcription regulator  36.84 
 
 		 275 aa  141  9.999999999999999e-33  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4858  response regulator receiver protein  32.71 
 
 		 279 aa  138  1e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00250208  normal  0.0726035 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0187  cupin 2 domain-containing protein  32.72 
 
 		 277 aa  129  5.0000000000000004e-29  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.778643  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  24.07 
 
 		 289 aa  89.4  5e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2356  transcriptional regulator, AraC family  25.8 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3256  AraC family transcriptional regulator  28 
 
 		 292 aa  80.9  0.00000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28660  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  22.94 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  22.5 
 
 		 288 aa  73.6  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5406  hypothetical protein  25.52 
 
 		 269 aa  72.8  0.000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.583358 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  23.67 
 
 		 290 aa  71.6  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  29.7 
 
 		 773 aa  70.9  0.00000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03792  DNA-binding transcriptional activator, L-rhamnose-binding  22.22 
 
 		 312 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03741  hypothetical protein  22.22 
 
 		 312 aa  70.1  0.00000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4078  transcriptional regulator, AraC family  21.07 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3110  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 		 189 aa  69.3  0.00000000007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4136  transcriptional activator RhaR  21.07 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4111  transcriptional activator RhaR  21.07 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4439  transcriptional activator RhaR  22.52 
 
 		 312 aa  69.3  0.00000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5360  transcriptional activator RhaR  21.46 
 
 		 312 aa  68.9  0.00000000008  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6599  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 		 193 aa  68.9  0.00000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3253  AraC family transcriptional regulator  23.68 
 
 		 289 aa  68.9  0.00000000009  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  25 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4299  transcriptional activator RhaR  21.84 
 
 		 312 aa  67.8  0.0000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0471375 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4386  transcriptional activator RhaR  22.52 
 
 		 312 aa  68.2  0.0000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.815414  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0844  AraC family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 298 aa  67.4  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0888  AraC family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 369 aa  67.8  0.0000000002  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2284  transcriptional regulator, AraC family  23.89 
 
 		 274 aa  67.4  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6978  Transcriptional regulator containing an amidase domain and an AraC-type DNA-binding HTH domain-like protein  22.9 
 
 		 302 aa  67.4  0.0000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.16745 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  26.83 
 
 		 291 aa  67.8  0.0000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2714  transcriptional regulator, AraC family  21.09 
 
 		 290 aa  67.8  0.0000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.50523  normal  0.456872 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 519 aa  67  0.0000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0591  AraC family transcriptional regulator  21.43 
 
 		 321 aa  66.6  0.0000000004  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4263  transcriptional activator RhaR  20.69 
 
 		 282 aa  66.6  0.0000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.814063 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1205  AraC family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 440 aa  66.2  0.0000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.909691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0464  AraC family transcriptional regulator  23.13 
 
 		 259 aa  66.2  0.0000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  32.18 
 
 		 180 aa  65.9  0.0000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  25.76 
 
 		 546 aa  65.9  0.0000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4444  transcriptional activator RhaR  20.88 
 
 		 282 aa  65.9  0.0000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3483  transcriptional regulator, AraC family  22.18 
 
 		 296 aa  65.9  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4292  transcriptional activator RhaR  20.69 
 
 		 282 aa  65.5  0.0000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0738  transcriptional activator RhaR  24.16 
 
 		 290 aa  65.1  0.000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0386443 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 245 aa  65.5  0.000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1388  AraC family transcriptional regulator  21.11 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00534804  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4087  two component transcriptional regulator, AraC family  30.08 
 
 		 350 aa  65.1  0.000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4378  transcriptional activator RhaR  20.69 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3753  transcriptional activator RhaR  24.16 
 
 		 290 aa  65.5  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.890732  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  28.57 
 
 		 202 aa  65.5  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4332  transcriptional activator RhaR  20.69 
 
 		 282 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0206667 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  28.68 
 
 		 412 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1106  AraC family transcriptional regulator  23.46 
 
 		 309 aa  64.7  0.000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 411 aa  64.3  0.000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 409 aa  64.3  0.000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  29.91 
 
 		 409 aa  64.3  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 519 aa  64.3  0.000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 409 aa  63.9  0.000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1731  AraC family transcriptional regulator  23.4 
 
 		 302 aa  63.9  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.533642 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0388  transcriptional regulator, AraC family  23.55 
 
 		 290 aa  63.9  0.000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.75747  normal  0.230203 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3841  transcriptional activator RhaR  23.79 
 
 		 290 aa  63.2  0.000000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1633  AraC family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 386 aa  63.5  0.000000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  24.71 
 
 		 278 aa  63.5  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  32.94 
 
 		 322 aa  63.2  0.000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  23.45 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  29.31 
 
 		 530 aa  62.8  0.000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 318 aa  63.2  0.000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  36.9 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  35.63 
 
 		 305 aa  62.8  0.000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 506 aa  62.8  0.000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  23.37 
 
 		 324 aa  62.8  0.000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  22.71 
 
 		 266 aa  62.8  0.000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  31.76 
 
 		 291 aa  62.4  0.000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 299 aa  62.4  0.000000007  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0385  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 766 aa  62.8  0.000000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  22.26 
 
 		 290 aa  62.4  0.000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0383  transcriptional regulator, AraC family  22.27 
 
 		 299 aa  62.8  0.000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.28252 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  24.09 
 
 		 298 aa  62.4  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2134  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  22.66 
 
 		 306 aa  62.4  0.000000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0572  AraC family transcriptional regulator  24.33 
 
 		 300 aa  62.4  0.000000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  30.51 
 
 		 323 aa  62  0.000000009  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  25.19 
 
 		 294 aa  62.4  0.000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1809  transcriptional regulator, AraC family  29.13 
 
 		 273 aa  62  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000729156  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2782  transcriptional regulator, AraC family  20.5 
 
 		 293 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0157891 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  24.17 
 
 		 291 aa  61.6  0.00000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1066  transcriptional regulator, AraC family  23.64 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4951  transcriptional regulator, AraC family  39.13 
 
 		 187 aa  61.6  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  22.26 
 
 		 266 aa  61.6  0.00000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0074  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  24.56 
 
 		 309 aa  61.6  0.00000001  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  23.97 
 
 		 290 aa  61.6  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1512  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 188 aa  61.6  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.064462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  29.76 
 
 		 298 aa  61.6  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4013  AraC family transcriptional regulator  22.61 
 
 		 297 aa  62  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>