More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_3110 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013037  Dfer_3110  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
189 aa  387  1e-107  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1512  transcriptional regulator, AraC family  59.04 
 
 
188 aa  231  4.0000000000000004e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.064462  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6599  transcriptional regulator, AraC family  50.79 
 
 
193 aa  182  3e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00255  putative regulatory protein  51.61 
 
 
187 aa  181  5.0000000000000004e-45  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1500  AraC family transcriptional regulator  50.56 
 
 
192 aa  179  2.9999999999999997e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000826989  normal  0.0270775 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0190  helix-turn-helix domain-containing protein  53.11 
 
 
186 aa  177  7e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.55176  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0244  transcriptional regulator, AraC family  48.13 
 
 
187 aa  174  5e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1936  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  46.56 
 
 
188 aa  171  6.999999999999999e-42  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.0105063 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1062  AraC family transcriptional regulator  43.62 
 
 
193 aa  168  4e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.504746 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6819  transcriptional regulator, AraC family  47.87 
 
 
188 aa  164  9e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.632991 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6889  transcriptional regulator, AraC family  44.02 
 
 
200 aa  159  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4951  transcriptional regulator, AraC family  45.21 
 
 
187 aa  155  5.0000000000000005e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3326  AraC family transcriptional regulator  45.95 
 
 
190 aa  154  6e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6868  transcriptional regulator, AraC family  45.5 
 
 
197 aa  148  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431853  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3544  AraC family transcriptional regulator  39.34 
 
 
186 aa  137  7.999999999999999e-32  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000242227  normal  0.0918221 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11748  putative regulatory protein  42.02 
 
 
188 aa  134  9e-31  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6643  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 
194 aa  131  5e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.367926 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2318  helix-turn-helix domain-containing protein  38.12 
 
 
183 aa  127  1.0000000000000001e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  38.27 
 
 
278 aa  69.3  0.00000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1007  transcriptional regulator, AraC family  31.93 
 
 
298 aa  65.5  0.0000000005  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 
384 aa  64.3  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  25.77 
 
 
537 aa  64.3  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  36.23 
 
 
300 aa  63.9  0.000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6873  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.31 
 
 
196 aa  64.3  0.000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  39.24 
 
 
530 aa  63.9  0.000000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  35.37 
 
 
295 aa  63.2  0.000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  32.56 
 
 
531 aa  63.2  0.000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  39.44 
 
 
299 aa  63.5  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  36.23 
 
 
300 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3095  AraC family transcriptional regulator  26.12 
 
 
313 aa  61.2  0.000000008  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  36.26 
 
 
365 aa  61.2  0.000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2786  AraC family transcriptional regulator  34.57 
 
 
411 aa  60.5  0.00000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.173826  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5635  transcriptional regulator, AraC family  30.83 
 
 
282 aa  60.5  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0154737  normal  0.936217 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  33.8 
 
 
291 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2770  helix-turn-helix domain-containing protein  32.11 
 
 
328 aa  60.8  0.00000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0888  AraC family transcriptional regulator  35.06 
 
 
369 aa  60.5  0.00000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 
309 aa  60.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  32.91 
 
 
298 aa  60.8  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  37.18 
 
 
519 aa  60.1  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  31.51 
 
 
291 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3644  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 
306 aa  60.1  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 
302 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  30.21 
 
 
306 aa  60.1  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 
302 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1518  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 
288 aa  59.3  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 
97 aa  58.9  0.00000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1066  transcriptional regulator, AraC family  25.96 
 
 
299 aa  58.9  0.00000004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1993  transcriptional regulator, AraC family  33.77 
 
 
508 aa  58.9  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.04683  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0313  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.15 
 
 
311 aa  58.9  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.593516  normal  0.0908723 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3135  transcriptional regulator, AraC family  35.09 
 
 
307 aa  58.5  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.91659  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1405  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 
305 aa  58.9  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.099769  normal  0.282714 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4836  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 
300 aa  58.9  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.335383  hitchhiker  0.00000110136 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  36.71 
 
 
306 aa  58.5  0.00000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  32.88 
 
 
291 aa  58.9  0.00000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
291 aa  58.5  0.00000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 
291 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1859  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 
306 aa  58.2  0.00000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1633  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 
386 aa  58.2  0.00000007  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  26.96 
 
 
291 aa  58.2  0.00000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0293  two component AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 
532 aa  58.2  0.00000008  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2111  transcriptional regulator, AraC family  36.25 
 
 
304 aa  57.8  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0317919  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 
760 aa  57.8  0.00000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 
291 aa  57.8  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2123  two component AraC family transcriptional regulator  37.14 
 
 
414 aa  57.4  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.331776  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1111  AraC family transcriptional regulator  29.76 
 
 
506 aa  57.4  0.0000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.0000128485  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1572  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  36.76 
 
 
387 aa  57  0.0000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  27.5 
 
 
306 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5616  transcriptional regulator, AraC family  37.97 
 
 
306 aa  57.4  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5664  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
305 aa  56.6  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.169654  normal  0.914485 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1284  AraC family transcriptional regulator  26.97 
 
 
168 aa  56.2  0.0000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2635  transcriptional regulator, AraC family  32.91 
 
 
285 aa  57  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.82539 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  31.88 
 
 
287 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 
306 aa  57  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 
546 aa  56.6  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4168  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 
329 aa  56.6  0.0000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal  0.28666 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4692  helix-turn-helix domain-containing protein  37.04 
 
 
304 aa  56.2  0.0000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.873868  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 
287 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1481  transcriptional regulator, AraC family  25 
 
 
321 aa  57  0.0000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  31.88 
 
 
287 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  31.88 
 
 
287 aa  56.6  0.0000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 
312 aa  57  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4017  transcriptional regulator, AraC family  36.14 
 
 
306 aa  56.6  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.176614  hitchhiker  0.00151279 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  30.26 
 
 
291 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  28.12 
 
 
282 aa  56.2  0.0000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0315  transcriptional regulator, AraC family  25.93 
 
 
168 aa  55.8  0.0000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3282  two component AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 
535 aa  56.2  0.0000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4324  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 
302 aa  56.2  0.0000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal  0.0331702 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 
223 aa  55.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2577  transcriptional regulator, AraC family  25.32 
 
 
298 aa  55.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.996426  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4319  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 
306 aa  55.8  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.414094  normal  0.0857311 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 
308 aa  55.8  0.0000004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2643  transcriptional regulator, AraC family  39.24 
 
 
305 aa  55.5  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0795381 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3816  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 
302 aa  55.5  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000942469  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3115  helix-turn-helix domain-containing protein  34.18 
 
 
412 aa  55.5  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2529  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 
312 aa  55.1  0.0000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.252181  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  26 
 
 
322 aa  55.5  0.0000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 
331 aa  55.5  0.0000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2914  AraC family transcriptional regulator  25.16 
 
 
318 aa  55.1  0.0000006  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  27.03 
 
 
306 aa  55.1  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1308  helix-turn-helix domain-containing protein  35 
 
 
306 aa  55.1  0.0000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>