More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4951 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4951  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 187 aa  382  1e-105  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1936  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  52.41 
 
 		 188 aa  194  8.000000000000001e-49  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0105063 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0244  transcriptional regulator, AraC family  54.59 
 
 		 187 aa  192  3e-48  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00255  putative regulatory protein  54.05 
 
 		 187 aa  191  4e-48  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0190  helix-turn-helix domain-containing protein  53.59 
 
 		 186 aa  184  9e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.55176  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1512  transcriptional regulator, AraC family  46.81 
 
 		 188 aa  174  7e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.064462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6819  transcriptional regulator, AraC family  48.11 
 
 		 188 aa  172  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.632991 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6599  transcriptional regulator, AraC family  47.59 
 
 		 193 aa  168  4e-41  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6868  transcriptional regulator, AraC family  47.57 
 
 		 197 aa  164  5e-40  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.431853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1500  AraC family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 192 aa  157  1e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000826989  normal  0.0270775 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1062  AraC family transcriptional regulator  44.92 
 
 		 193 aa  155  3e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.504746 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3326  AraC family transcriptional regulator  46.45 
 
 		 190 aa  155  4e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3110  transcriptional regulator, AraC family  45.21 
 
 		 189 aa  155  5.0000000000000005e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.567517 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6889  transcriptional regulator, AraC family  40.68 
 
 		 200 aa  137  7.999999999999999e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2318  helix-turn-helix domain-containing protein  39.67 
 
 		 183 aa  134  6.0000000000000005e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6643  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 194 aa  129  4.0000000000000003e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.367926 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3544  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 186 aa  127  1.0000000000000001e-28  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000242227  normal  0.0918221 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11748  putative regulatory protein  39.46 
 
 		 188 aa  125  5e-28  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0399  response regulator receiver protein  40.82 
 
 		 365 aa  71.2  0.000000000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  41.76 
 
 		 309 aa  68.6  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6873  Helix-turn-helix, AraC domain protein  28.92 
 
 		 196 aa  68.6  0.00000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 384 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 300 aa  66.6  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 300 aa  67  0.0000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  39.24 
 
 		 331 aa  64.3  0.000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  42.19 
 
 		 299 aa  63.2  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  35.14 
 
 		 537 aa  63.2  0.000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 293 aa  62.8  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 306 aa  62.4  0.000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2033  transcriptional regulator, AraC family  26.72 
 
 		 267 aa  62.8  0.000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3979  two component transcriptional regulator, AraC family  35.87 
 
 		 348 aa  61.6  0.000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  40.58 
 
 		 259 aa  61.6  0.000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4136  transcriptional regulator, AraC family  39.13 
 
 		 278 aa  61.6  0.000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.322145  normal  0.588482 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  41.77 
 
 		 513 aa  61.2  0.000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 291 aa  61.2  0.000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 291 aa  60.5  0.00000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  38.55 
 
 		 316 aa  60.8  0.00000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3397  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  60.8  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.00000000136095  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 327 aa  60.5  0.00000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  30.93 
 
 		 318 aa  60.1  0.00000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  29.35 
 
 		 324 aa  60.1  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 301 aa  60.1  0.00000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6523  transcriptional regulator, AraC family  32.93 
 
 		 306 aa  59.7  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.399934 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1138  two component transcriptional regulator, AraC family  33.68 
 
 		 519 aa  59.7  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  31.88 
 
 		 346 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 301 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  39.68 
 
 		 301 aa  59.7  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  36.62 
 
 		 291 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3095  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 313 aa  59.3  0.00000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.570459 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  31.08 
 
 		 291 aa  59.7  0.00000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0142  transcriptional regulator, AraC family  26.49 
 
 		 760 aa  59.3  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  34.69 
 
 		 308 aa  59.3  0.00000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  30.77 
 
 		 295 aa  59.7  0.00000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  29.36 
 
 		 261 aa  59.3  0.00000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 223 aa  59.3  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1958  response regulator receiver protein  35 
 
 		 530 aa  58.5  0.00000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000471781  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  31.33 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6111  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 		 305 aa  58.5  0.00000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.863833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  25.44 
 
 		 318 aa  58.2  0.00000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  39.13 
 
 		 296 aa  58.2  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0579  two component AraC family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 531 aa  58.2  0.00000007  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 306 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 293 aa  58.2  0.00000007  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 306 aa  58.2  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4591  two component transcriptional regulator, AraC family  37.18 
 
 		 265 aa  57.8  0.00000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  30.11 
 
 		 306 aa  58.2  0.00000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0944  two component transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 539 aa  57.8  0.00000009  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3627  DNA gyrase inhibitor  33.33 
 
 		 300 aa  57.8  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000240584  hitchhiker  0.00747313 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 304 aa  57  0.0000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0401  transcriptional regulator, AraC family  44.62 
 
 		 310 aa  57.4  0.0000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  26.61 
 
 		 291 aa  57.4  0.0000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3162  AraC family transcriptional regulator  26.61 
 
 		 285 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  36.59 
 
 		 293 aa  56.6  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4328  transcriptional regulator, AraC family  29.01 
 
 		 310 aa  56.6  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.11303 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  41.27 
 
 		 306 aa  56.6  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 299 aa  56.2  0.0000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 305 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2506  transcriptional regulator, AraC family  23.76 
 
 		 303 aa  56.6  0.0000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.707887  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  39.71 
 
 		 282 aa  56.6  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0623  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.18 
 
 		 150 aa  56.6  0.0000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.464134  normal  0.0376434 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1572  AraC-type DNA-binding protein, response regulator  29.75 
 
 		 387 aa  56.2  0.0000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  25.22 
 
 		 305 aa  57  0.0000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0108  helix-turn-helix domain-containing protein  48.94 
 
 		 347 aa  57  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 302 aa  56.6  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2329  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 773 aa  56.2  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4415  AraC family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 303 aa  56.6  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.0031509  normal  0.543799 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  34.25 
 
 		 295 aa  55.8  0.0000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6086  transcriptional regulator, AraC family  31.91 
 
 		 288 aa  55.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.993456 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 338 aa  55.8  0.0000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 97 aa  56.2  0.0000003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 287 aa  55.8  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3467  AraC family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 323 aa  55.8  0.0000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 293 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 332 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 315 aa  55.8  0.0000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>