More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5215 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 331 aa  672    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 299 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  52.7 
 
 		 301 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  52.99 
 
 		 316 aa  280  3e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  51.1 
 
 		 361 aa  260  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  54.19 
 
 		 154 aa  169  5e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 307 aa  151  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  30.33 
 
 		 303 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  31.94 
 
 		 309 aa  136  4e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 316 aa  123  5e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  29.43 
 
 		 296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  27.93 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  30.5 
 
 		 318 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 299 aa  104  2e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  27.05 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 353 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 299 aa  102  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  25.68 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 312 aa  100  4e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 293 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 319 aa  99  9e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 296 aa  99  9e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 293 aa  97.4  3e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 322 aa  97.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  32.1 
 
 		 272 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  32.72 
 
 		 297 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 274 aa  96.3  6e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  32.86 
 
 		 291 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  43 
 
 		 513 aa  94.7  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  32.19 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  29.68 
 
 		 289 aa  95.1  2e-18  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 292 aa  94  3e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 		 327 aa  94  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 301 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 301 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  35.21 
 
 		 291 aa  92.4  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  33.12 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 289 aa  92.4  1e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 304 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 301 aa  92.4  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 322 aa  91.7  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  30.38 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  39.42 
 
 		 133 aa  91.3  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  27.14 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 112 aa  90.9  3e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 290 aa  90.5  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 		 288 aa  90.1  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  30.29 
 
 		 293 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  42.42 
 
 		 1201 aa  89.7  6e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 		 294 aa  89.7  6e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 311 aa  89.4  8e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 315 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 315 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2221  transcriptional regulator  48.45 
 
 		 330 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 315 aa  89  1e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  32.91 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 291 aa  88.2  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  28.64 
 
 		 293 aa  88.2  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 311 aa  87.8  2e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 292 aa  88.2  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  34.29 
 
 		 287 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  25.84 
 
 		 315 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  34.81 
 
 		 312 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  37.86 
 
 		 282 aa  87.4  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 223 aa  87.4  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 291 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 316 aa  86.3  7e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 291 aa  85.9  8e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  39.25 
 
 		 293 aa  86.3  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  28.1 
 
 		 346 aa  85.9  9e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 301 aa  85.9  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 251 aa  85.9  9e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3977  helix-turn-helix domain-containing protein  28.42 
 
 		 301 aa  85.5  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2101  putative DNA-binding protein  30.06 
 
 		 286 aa  85.5  0.000000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.326102  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  32.59 
 
 		 291 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  29.59 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 338 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0328  transcriptional regulator, AraC family  33.88 
 
 		 323 aa  84  0.000000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3156  two component transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 		 515 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.949308  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 287 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  29.29 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  27.55 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 202 aa  83.6  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  41.35 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000006  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4744  transcriptional regulator, AraC family  40.82 
 
 		 157 aa  83.2  0.000000000000006  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.235772  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 281 aa  83.2  0.000000000000006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  39.6 
 
 		 367 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  27.67 
 
 		 286 aa  82.8  0.000000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  39.6 
 
 		 367 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>