More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Snas_3232 on replicon NC_013947
Organism: Stackebrandtia nassauensis DSM 44728



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 
296 aa  597  1e-170  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  63.85 
 
 
296 aa  393  1e-108  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  31.16 
 
 
303 aa  116  5e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  29.58 
 
 
307 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 
301 aa  95.9  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  33.51 
 
 
301 aa  95.9  7e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  33.51 
 
 
301 aa  95.9  7e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 
316 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 
299 aa  92.8  6e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  28.12 
 
 
353 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  27.14 
 
 
331 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  31.64 
 
 
304 aa  90.1  4e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  34.15 
 
 
296 aa  89.7  5e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  34.24 
 
 
299 aa  89.4  7e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0193  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 
327 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  32.47 
 
 
300 aa  89.4  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 
292 aa  89.4  7e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  35.44 
 
 
305 aa  87.8  2e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4687  AraC family transcriptional regulator  39.38 
 
 
287 aa  87.8  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  44.9 
 
 
281 aa  87.4  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  27.11 
 
 
309 aa  87  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  27.76 
 
 
304 aa  86.7  4e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  30.45 
 
 
322 aa  85.1  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  24.25 
 
 
299 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 
261 aa  84.3  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  36 
 
 
282 aa  84  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  28.72 
 
 
304 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 
274 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 
361 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  42.71 
 
 
255 aa  82.4  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  36.42 
 
 
281 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  37.42 
 
 
276 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  36.42 
 
 
281 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  35.62 
 
 
300 aa  80.5  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  42.42 
 
 
305 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  42.42 
 
 
305 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2175  AraC family transcriptional regulator  46.88 
 
 
281 aa  80.1  0.00000000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0644092  normal  0.0265794 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  38.98 
 
 
279 aa  80.1  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 
299 aa  80.1  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  34.15 
 
 
204 aa  80.1  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 
291 aa  79.7  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  30.67 
 
 
291 aa  79.3  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  38.98 
 
 
277 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  37.06 
 
 
277 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0102  two component transcriptional regulator, AraC family  27.22 
 
 
519 aa  79  0.00000000000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  32.87 
 
 
312 aa  79  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  41.41 
 
 
324 aa  79  0.0000000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 
288 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6861  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 
350 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.133867  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  27.36 
 
 
318 aa  78.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  41.49 
 
 
261 aa  77.8  0.0000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  40.21 
 
 
291 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  27.92 
 
 
301 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  32.4 
 
 
304 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 
295 aa  78.2  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 
327 aa  78.2  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2057  helix-turn-helix domain-containing protein  44.79 
 
 
291 aa  77.4  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3628  transcriptional regulator, AraC family  38.71 
 
 
156 aa  77  0.0000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 
285 aa  77  0.0000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2718  two component transcriptional regulator, AraC family  29.94 
 
 
259 aa  77  0.0000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  44.32 
 
 
289 aa  77  0.0000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 
291 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0874  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 
296 aa  76.3  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0628  AraC family transcriptional regulator  24.79 
 
 
319 aa  76.3  0.0000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.000338841  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4455  transcriptional regulator, AraC family  43.69 
 
 
319 aa  76.3  0.0000000000006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0224  response regulator receiver protein  27.46 
 
 
537 aa  76.3  0.0000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  40.95 
 
 
291 aa  76.3  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  33.55 
 
 
368 aa  75.9  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  24.91 
 
 
301 aa  75.9  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6279  AraC family transcriptional regulator  38.18 
 
 
338 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.147886  normal  0.656807 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  36.87 
 
 
311 aa  75.9  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 
319 aa  75.9  0.0000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  30.19 
 
 
316 aa  75.5  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  31.98 
 
 
202 aa  75.5  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  30.65 
 
 
250 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3596  transcriptional regulator, AraC family  34.96 
 
 
301 aa  74.7  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000000994716  hitchhiker  0.0000611237 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  33.97 
 
 
278 aa  74.7  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  36.87 
 
 
311 aa  74.3  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  32.91 
 
 
293 aa  74.7  0.000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  34.88 
 
 
282 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  36.87 
 
 
311 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  31.51 
 
 
297 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  36.87 
 
 
311 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 
154 aa  74.3  0.000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 
262 aa  73.9  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  36.72 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  36.72 
 
 
315 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  39.18 
 
 
291 aa  73.9  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0064  helix-turn-helix, AraC type  27.72 
 
 
318 aa  73.9  0.000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.585972  normal  0.173321 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 
305 aa  73.9  0.000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1680  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 
319 aa  73.9  0.000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00886314  normal  0.186042 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  36.72 
 
 
315 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  36.72 
 
 
315 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  39.39 
 
 
291 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_03650  DNA-binding domain-containing protein, AraC-type  36.42 
 
 
338 aa  73.2  0.000000000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2212  AraC family transcriptional regulator  23.66 
 
 
302 aa  73.2  0.000000000005  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  36.72 
 
 
678 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 
278 aa  73.2  0.000000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  34.71 
 
 
250 aa  72.8  0.000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0868  transcriptional regulator, AraC family  44 
 
 
297 aa  72.8  0.000000000007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.670337  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>