More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_0082 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 292 aa  604  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  34.11 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  29.37 
 
 		 304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  39.46 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 301 aa  103  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 287 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 299 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 296 aa  100  3e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  37.02 
 
 		 293 aa  99  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5912  AraC family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  29.12 
 
 		 319 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  48.57 
 
 		 306 aa  96.7  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 292 aa  96.7  4e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 301 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 301 aa  96.3  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  31.8 
 
 		 287 aa  95.9  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 316 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 316 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  31.01 
 
 		 318 aa  92.4  8e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  28.64 
 
 		 299 aa  92.4  9e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4111  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.596036  normal  0.240547 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4223  transcriptional regulator, AraC family  31.03 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  35.06 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  25 
 
 		 304 aa  90.9  3e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 290 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0816  AraC family transcriptional regulator  30.9 
 
 		 319 aa  90.1  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  33.53 
 
 		 312 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  40.16 
 
 		 299 aa  89.4  6e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  41.61 
 
 		 306 aa  89  8e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 308 aa  89  9e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  33.54 
 
 		 331 aa  88.2  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  32.37 
 
 		 300 aa  89  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  24.03 
 
 		 309 aa  88.2  1e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 361 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  33.76 
 
 		 304 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  32.47 
 
 		 295 aa  87  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 318 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  34.18 
 
 		 298 aa  85.9  7e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  32.05 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 291 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  36.57 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3162  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 285 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 322 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  41.75 
 
 		 282 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  39.42 
 
 		 322 aa  84  0.000000000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 353 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 306 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 312 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5804  AraC family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  29.95 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 278 aa  82.4  0.000000000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 302 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  30.73 
 
 		 278 aa  82  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 305 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  28.8 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 274 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  28.75 
 
 		 297 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  42.34 
 
 		 288 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  30.97 
 
 		 336 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  33.33 
 
 		 284 aa  80.5  0.00000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 301 aa  80.5  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  28.75 
 
 		 272 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 305 aa  80.5  0.00000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  38.35 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  36.92 
 
 		 292 aa  80.1  0.00000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  28.83 
 
 		 280 aa  79.7  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 291 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 301 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  40 
 
 		 1355 aa  79.7  0.00000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  52.44 
 
 		 97 aa  79.3  0.00000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  29.11 
 
 		 306 aa  79.3  0.00000000000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 327 aa  79.3  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  39.2 
 
 		 202 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 271 aa  79.3  0.00000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 307 aa  79  0.00000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  43.62 
 
 		 160 aa  79  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  30.13 
 
 		 308 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 291 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 314 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  35.26 
 
 		 315 aa  78.6  0.0000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 204 aa  78.6  0.0000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5487  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 		 275 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  41.44 
 
 		 291 aa  77.8  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>