More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5487 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5487  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 275 aa  567  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.341172 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6896  AraC family transcriptional regulator  76.28 
 
 		 275 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.770331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5912  AraC family transcriptional regulator  46.91 
 
 		 281 aa  242  5e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 295 aa  84  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 202 aa  82  0.000000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  25.94 
 
 		 304 aa  81.6  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  32.19 
 
 		 294 aa  80.5  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  32.1 
 
 		 300 aa  80.1  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  28.32 
 
 		 287 aa  80.1  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  39.42 
 
 		 294 aa  79  0.00000000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  38.38 
 
 		 312 aa  79  0.00000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 299 aa  78.6  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  33.54 
 
 		 296 aa  78.2  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 312 aa  77.8  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  33.87 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 303 aa  77.8  0.0000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  29.8 
 
 		 292 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  32.41 
 
 		 308 aa  77.4  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  31.94 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 223 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 274 aa  76.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 294 aa  74.7  0.000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 282 aa  74.7  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  26.15 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  24.89 
 
 		 309 aa  74.3  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 353 aa  74.3  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  26.26 
 
 		 296 aa  73.9  0.000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  29.19 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 290 aa  73.2  0.000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  27.84 
 
 		 278 aa  73.2  0.000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 319 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  34.58 
 
 		 292 aa  72.4  0.000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  34.43 
 
 		 298 aa  72.4  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 291 aa  72  0.000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 305 aa  72  0.000000000009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4562  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 409 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00627934  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4578  AraC family transcriptional regulator  35.05 
 
 		 409 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0591899  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4969  transcriptional regulator, AraC family  35.05 
 
 		 409 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 327 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  29.6 
 
 		 318 aa  71.2  0.00000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 316 aa  70.5  0.00000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  31.25 
 
 		 250 aa  70.5  0.00000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 154 aa  70.1  0.00000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  32.29 
 
 		 250 aa  70.1  0.00000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  30.72 
 
 		 303 aa  69.7  0.00000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 331 aa  69.3  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 301 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 301 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 301 aa  68.9  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  32.23 
 
 		 301 aa  68.6  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  31.5 
 
 		 291 aa  68.9  0.00000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  28.15 
 
 		 308 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 306 aa  68.6  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 308 aa  68.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4394  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 266 aa  68.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.140673 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 281 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 112 aa  68.2  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 281 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  30 
 
 		 301 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  29.46 
 
 		 332 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  37.11 
 
 		 266 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9084  transcriptional regulator AraC family  27.44 
 
 		 315 aa  67.8  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 277 aa  67.8  0.0000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4522  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 313 aa  67.8  0.0000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0983647  decreased coverage  0.00465183 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  23.04 
 
 		 285 aa  67.4  0.0000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  31.19 
 
 		 316 aa  67.4  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  36.56 
 
 		 282 aa  68.2  0.0000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0820  HTH-type transcriptional regulator, AraC-family  29.58 
 
 		 259 aa  68.2  0.0000000002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  35.11 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  35.11 
 
 		 291 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 299 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 361 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 276 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0685  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 344 aa  67.4  0.0000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.787747  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 249 aa  67  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  32.38 
 
 		 133 aa  67  0.0000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  37.11 
 
 		 266 aa  67.4  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  34 
 
 		 288 aa  66.6  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1435  transcriptional regulator, AraC family  37.76 
 
 		 324 aa  66.6  0.0000000004  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.215963  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  35.14 
 
 		 255 aa  66.6  0.0000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5399  transcriptional regulator  38.38 
 
 		 321 aa  66.2  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.654414  hitchhiker  0.00149287 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  32.48 
 
 		 287 aa  66.2  0.0000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0991  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 315 aa  66.2  0.0000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0397421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 278 aa  65.9  0.0000000006  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1482  transcriptional regulator, AraC family  26.25 
 
 		 345 aa  65.9  0.0000000006  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0861  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 344 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  29.63 
 
 		 324 aa  65.9  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0323  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 344 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  35.71 
 
 		 250 aa  65.9  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0865  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 344 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 322 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3004  transcriptional regulator  38.83 
 
 		 319 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000291789  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  31.54 
 
 		 322 aa  65.9  0.0000000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2455  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 344 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0069  DJ-1/PfpI family protein/transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 344 aa  65.9  0.0000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>