More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4394 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_4394  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 266 aa  530  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.140673 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  77.07 
 
 		 266 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  77.07 
 
 		 266 aa  403  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 278 aa  154  1e-36  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1509  transcriptional regulator AraC family  36.36 
 
 		 284 aa  141  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  37.93 
 
 		 284 aa  133  3e-30  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  37.98 
 
 		 275 aa  131  1.0000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 284 aa  130  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  33.72 
 
 		 271 aa  130  3e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 		 277 aa  129  3e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 278 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 278 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  34.01 
 
 		 278 aa  129  4.0000000000000003e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 281 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 281 aa  129  6e-29  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 278 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 277 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 285 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  35.69 
 
 		 288 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 277 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 		 277 aa  125  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 273 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 276 aa  125  6e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 285 aa  125  6e-28  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 279 aa  124  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  36.06 
 
 		 303 aa  124  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4318  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 272 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103262  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4280  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 281 aa  125  1e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.682937 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 278 aa  124  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3237  AraC family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 281 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601996 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1732  AraC family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 281 aa  122  4e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 278 aa  122  5e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 279 aa  122  6e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4183  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 282 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.806695 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 274 aa  122  8e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 312 aa  122  8e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4086  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 281 aa  122  8e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3705  AraC family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 282 aa  122  8e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  32.03 
 
 		 275 aa  122  8e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  34.83 
 
 		 276 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 279 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  28.46 
 
 		 278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 276 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 281 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1791  transcriptional regulator, AraC family  36.33 
 
 		 277 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 278 aa  119  6e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  31.64 
 
 		 275 aa  118  7.999999999999999e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0954  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 290 aa  118  9e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.809333  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1383  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 290 aa  118  9e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.108127  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  36.33 
 
 		 264 aa  118  9.999999999999999e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0342  transcriptional regulatory protein  35.87 
 
 		 432 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.606755  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 280 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0424  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 432 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0220  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 432 aa  116  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.15358  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1878  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 432 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0305888  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1793  AraC family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 432 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  35.96 
 
 		 278 aa  116  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  35.66 
 
 		 355 aa  115  7.999999999999999e-25  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 280 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  30.12 
 
 		 280 aa  114  1.0000000000000001e-24  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 278 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  30.87 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 275 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 275 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 303 aa  113  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2462  AraC family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 267 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  35.89 
 
 		 271 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1262  AraC family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 290 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 277 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  34.13 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 278 aa  109  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 278 aa  108  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3844  helix-turn-helix domain-containing protein  28.74 
 
 		 257 aa  108  6e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.290293  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2165  transcriptional regulator, AraC family  31.78 
 
 		 318 aa  107  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2399  transcriptional regulator, AraC family  31.34 
 
 		 277 aa  107  2e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 274 aa  107  3e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1137  transcriptional regulator, AraC family  32.4 
 
 		 270 aa  106  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4202  transcriptional regulator, AraC family  35.41 
 
 		 247 aa  106  4e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.30723 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7070  transcriptional regulator AraC family  29.23 
 
 		 283 aa  106  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5781  AraC family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 267 aa  104  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273852 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 276 aa  104  1e-21  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 273 aa  103  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 276 aa  104  2e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  31.18 
 
 		 284 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 279 aa  103  3e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3802  AraC family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 264 aa  103  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00614706 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 285 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  25.19 
 
 		 280 aa  103  3e-21  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6122  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 280 aa  103  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0193396  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 260 aa  103  4e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 279 aa  102  5e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>