More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1524 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 301 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  40.78 
 
 		 318 aa  200  1.9999999999999998e-50  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 299 aa  195  8.000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  38.23 
 
 		 305 aa  192  8e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  40.31 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 301 aa  186  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  36.08 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  35.77 
 
 		 272 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  39.3 
 
 		 307 aa  169  4e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  34.89 
 
 		 336 aa  157  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  36.72 
 
 		 306 aa  147  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 306 aa  146  4.0000000000000006e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  31.37 
 
 		 308 aa  139  7e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 308 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 304 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  36.5 
 
 		 304 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3977  helix-turn-helix domain-containing protein  32.26 
 
 		 301 aa  125  6e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 304 aa  120  3.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  35.96 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 292 aa  114  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 322 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  34.13 
 
 		 303 aa  106  4e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 300 aa  106  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 384 aa  105  7e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  33.66 
 
 		 296 aa  105  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  38.04 
 
 		 292 aa  103  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  31.55 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 319 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  47.75 
 
 		 306 aa  103  5e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 307 aa  102  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  34.16 
 
 		 287 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  33.02 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  30.46 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  45.63 
 
 		 294 aa  101  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 299 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  35.4 
 
 		 282 aa  98.2  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  28.11 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  38.58 
 
 		 292 aa  97.1  3e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 312 aa  95.9  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  35.17 
 
 		 300 aa  95.5  9e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  32.16 
 
 		 304 aa  95.1  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  29.96 
 
 		 294 aa  95.1  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 126 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 295 aa  93.6  4e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 304 aa  93.2  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 353 aa  93.6  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  43.86 
 
 		 316 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  42.72 
 
 		 322 aa  92.4  8e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 134 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  45.71 
 
 		 120 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  40.78 
 
 		 127 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  40.78 
 
 		 293 aa  90.9  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  37.31 
 
 		 293 aa  91.3  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  41.35 
 
 		 180 aa  90.1  4e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  90.1  5e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 143 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 188 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 123 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 316 aa  88.2  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  29.9 
 
 		 293 aa  87.4  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  47.42 
 
 		 268 aa  88.2  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  32.69 
 
 		 289 aa  87  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 361 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  28.93 
 
 		 294 aa  86.3  6e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 299 aa  85.9  8e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 287 aa  85.5  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 296 aa  85.5  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  40.19 
 
 		 274 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  30.39 
 
 		 322 aa  84.3  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  45.36 
 
 		 268 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  35.9 
 
 		 273 aa  84.3  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  41.94 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2262  AraC family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 257 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.302077  normal  0.0338598 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  41.51 
 
 		 202 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  43.02 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  47.62 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  40.19 
 
 		 308 aa  83.2  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 279 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  29.17 
 
 		 291 aa  82.4  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  30.15 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 223 aa  82.4  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  40.19 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 		 305 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4906  AraC family transcriptional regulator  43.14 
 
 		 256 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.209639  hitchhiker  0.0012176 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  33.14 
 
 		 278 aa  81.6  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  28.72 
 
 		 331 aa  81.6  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>