More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2736 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 154 aa  314  3e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  92.86 
 
 		 299 aa  295  1e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  81.17 
 
 		 301 aa  257  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  64.05 
 
 		 316 aa  187  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  60.39 
 
 		 361 aa  181  3e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  54.19 
 
 		 331 aa  169  1e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 304 aa  104  4e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  38.69 
 
 		 309 aa  103  9e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  37.67 
 
 		 322 aa  102  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  36.71 
 
 		 296 aa  99  2e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  36.3 
 
 		 291 aa  98.6  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  34.97 
 
 		 294 aa  98.2  4e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 287 aa  97.4  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 316 aa  97.1  7e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 		 322 aa  95.9  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 293 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  36.69 
 
 		 303 aa  93.6  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  36.11 
 
 		 296 aa  92.8  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 307 aa  92.8  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  42.27 
 
 		 261 aa  91.3  4e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 299 aa  91.3  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 292 aa  90.1  9e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 319 aa  90.1  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  43 
 
 		 339 aa  88.2  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  40.57 
 
 		 293 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 305 aa  87.4  6e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 281 aa  87  7e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  35.04 
 
 		 293 aa  87  8e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  36.23 
 
 		 513 aa  87  8e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 293 aa  87  8e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 291 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 291 aa  86.3  1e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 261 aa  86.3  1e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  42.16 
 
 		 291 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  33.77 
 
 		 293 aa  86.3  1e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  37.31 
 
 		 296 aa  85.5  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 299 aa  85.9  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 299 aa  86.3  2e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  37.38 
 
 		 305 aa  85.1  3e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 291 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 311 aa  85.1  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  37.38 
 
 		 305 aa  85.1  3e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 311 aa  84.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  84.7  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 311 aa  84.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  40.4 
 
 		 337 aa  84.3  5e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3104  response regulator receiver protein  36.51 
 
 		 266 aa  84.3  5e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 337 aa  84.3  5e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  36.62 
 
 		 295 aa  84.3  6e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  35.51 
 
 		 324 aa  84.3  6e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 286 aa  84.3  6e-16  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 290 aa  84  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  35.17 
 
 		 287 aa  84  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  39.39 
 
 		 339 aa  83.6  8e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 311 aa  83.6  9e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 255 aa  83.2  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 		 301 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  39.33 
 
 		 533 aa  83.2  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 334 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 262 aa  83.6  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 282 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 		 306 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  33.81 
 
 		 312 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 289 aa  82  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 327 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  34.31 
 
 		 331 aa  82  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  46.07 
 
 		 291 aa  81.6  0.000000000000003  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  34.91 
 
 		 133 aa  82  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  40.4 
 
 		 334 aa  82  0.000000000000003  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 112 aa  81.6  0.000000000000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  32.39 
 
 		 300 aa  81.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 278 aa  81.6  0.000000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 294 aa  81.6  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 289 aa  81.3  0.000000000000004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2917  transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 		 118 aa  81.3  0.000000000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.932782  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  36.04 
 
 		 346 aa  80.9  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 		 316 aa  80.9  0.000000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2664  AraC family transcriptional regulator  37 
 
 		 368 aa  80.5  0.000000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0165303  normal  0.567946 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 294 aa  80.5  0.000000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  31.3 
 
 		 297 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  34.56 
 
 		 308 aa  80.5  0.000000000000008  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  36 
 
 		 353 aa  80.5  0.000000000000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  29.22 
 
 		 311 aa  80.5  0.000000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 290 aa  80.1  0.000000000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4621  transcriptional regulator ArgR  38 
 
 		 329 aa  79.7  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  38.78 
 
 		 250 aa  80.1  0.00000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 337 aa  79.7  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2638  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 282 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0872  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 274 aa  79.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1602  transcriptional regulator  34.58 
 
 		 330 aa  79.3  0.00000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52740  transcriptional regulator ArgR  38 
 
 		 329 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3089  helix-turn-helix domain-containing protein  32.85 
 
 		 297 aa  79.3  0.00000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.830597 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  30.19 
 
 		 318 aa  78.6  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 299 aa  78.2  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 303 aa  78.6  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  31.13 
 
 		 272 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  36.96 
 
 		 340 aa  78.6  0.00000000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  39 
 
 		 367 aa  78.6  0.00000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>