More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3129 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
299 aa  610  9.999999999999999e-175  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  82.61 
 
 
301 aa  508  1e-143  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  54.05 
 
 
331 aa  325  7e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  92.86 
 
 
154 aa  295  5e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  53.74 
 
 
361 aa  295  8e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  52.38 
 
 
316 aa  293  2e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  30.41 
 
 
303 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  30.33 
 
 
307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  28.45 
 
 
304 aa  116  3.9999999999999997e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  30.68 
 
 
296 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  27.68 
 
 
294 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  33.48 
 
 
309 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  33.17 
 
 
291 aa  104  2e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  30.25 
 
 
296 aa  102  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  36.96 
 
 
322 aa  101  2e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  30.53 
 
 
289 aa  99.8  5e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  37.18 
 
 
287 aa  99  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  26.25 
 
 
299 aa  98.6  1e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
316 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 
293 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  37.21 
 
 
322 aa  95.5  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  30.69 
 
 
293 aa  94  3e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  26.74 
 
 
299 aa  94  3e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  35.56 
 
 
294 aa  93.2  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  32.12 
 
 
513 aa  92.8  6e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  27.32 
 
 
293 aa  92.8  6e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  42.27 
 
 
261 aa  92.4  7e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  29.49 
 
 
305 aa  91.7  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  27.62 
 
 
296 aa  91.7  1e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  26.76 
 
 
304 aa  91.7  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  30.92 
 
 
301 aa  91.3  2e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  35.17 
 
 
305 aa  90.9  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  28.63 
 
 
293 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  36.31 
 
 
293 aa  90.9  2e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
311 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
294 aa  88.2  1e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  38.06 
 
 
292 aa  88.2  1e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  36.54 
 
 
319 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  34.58 
 
 
296 aa  88.6  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  32.37 
 
 
289 aa  87.8  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  29.89 
 
 
295 aa  87.8  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  42.42 
 
 
281 aa  88.2  2e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
311 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  30 
 
 
311 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3277  AraC family transcriptional regulator  43 
 
 
339 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  42.16 
 
 
291 aa  87  3e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  35.97 
 
 
299 aa  87.4  3e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  34.81 
 
 
337 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  29.55 
 
 
311 aa  87  3e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 
337 aa  87.4  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 
291 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 
261 aa  87  4e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  39.39 
 
 
339 aa  86.7  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  26.44 
 
 
353 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1100  AraC family transcriptional regulator  34.81 
 
 
334 aa  86.3  6e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0397278 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  26.75 
 
 
294 aa  85.9  8e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  26.39 
 
 
308 aa  85.5  9e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4336  AraC family transcriptional regulator  28.65 
 
 
311 aa  85.5  9e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4119  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 
262 aa  85.1  0.000000000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.840918  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  32.39 
 
 
300 aa  85.1  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1270  transcriptional regulator  35.56 
 
 
334 aa  85.5  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.314543  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  35.51 
 
 
324 aa  84.3  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  36.45 
 
 
305 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  24.25 
 
 
296 aa  84.3  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 
291 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  36.45 
 
 
305 aa  84.7  0.000000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  25.24 
 
 
287 aa  84.7  0.000000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0774  AraC family transcriptional regulator  41.44 
 
 
278 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000960474 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  33.12 
 
 
311 aa  84.7  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  37.74 
 
 
290 aa  84  0.000000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  33.65 
 
 
282 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6995  AraC/XylS family transcriptional regulator  39.18 
 
 
255 aa  84  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00467693 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  37 
 
 
291 aa  83.6  0.000000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5151  AraC family transcriptional regulator  36.08 
 
 
316 aa  83.2  0.000000000000005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.479428  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  35.86 
 
 
287 aa  83.2  0.000000000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  39.39 
 
 
289 aa  83.2  0.000000000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  35.85 
 
 
133 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 
337 aa  82.8  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 
112 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  30.71 
 
 
286 aa  82.4  0.000000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2444  transcriptional regulator  33.58 
 
 
331 aa  82.4  0.000000000000009  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0668048  hitchhiker  0.000772272 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  38.2 
 
 
533 aa  82.4  0.000000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 
306 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 
327 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  28.57 
 
 
304 aa  82  0.00000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 
312 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  32.14 
 
 
312 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  33.96 
 
 
297 aa  81.6  0.00000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  34.34 
 
 
1201 aa  81.3  0.00000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0490  transcriptional regulator  38.38 
 
 
364 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0937  transcriptional regulator, AraC family  46.84 
 
 
291 aa  81.3  0.00000000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.127184  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
295 aa  81.3  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6166  putative transcriptional regulator  38 
 
 
367 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.165565  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52740  transcriptional regulator ArgR  39 
 
 
329 aa  80.9  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71070  AraC family transcriptional regulator  38 
 
 
367 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4621  transcriptional regulator ArgR  39 
 
 
329 aa  81.3  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0318  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 
368 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.120478 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4708  helix-turn-helix, AraC type:ThiJ/PfpI  38.38 
 
 
367 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4910  AraC family transcriptional regulator  38.38 
 
 
368 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00942326 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  34.78 
 
 
303 aa  80.9  0.00000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.295664 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>