More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0180 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 223 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  63.28 
 
 		 202 aa  215  4e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  39.62 
 
 		 180 aa  117  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  40.74 
 
 		 272 aa  101  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  37.04 
 
 		 309 aa  100  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  44.23 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 188 aa  100  3e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  42.22 
 
 		 297 aa  99.8  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  43.27 
 
 		 296 aa  99  5e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 299 aa  99  6e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  40.87 
 
 		 308 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 306 aa  98.6  7e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 308 aa  98.2  9e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3201  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 182 aa  97.1  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0116989 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  42.06 
 
 		 306 aa  96.3  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 196 aa  95.5  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  41.67 
 
 		 318 aa  95.5  6e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 306 aa  95.1  8e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 306 aa  95.1  8e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  38.68 
 
 		 312 aa  94.7  9e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 299 aa  94.7  9e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 306 aa  94.7  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 		 296 aa  94  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 302 aa  93.6  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 302 aa  93.2  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 209 aa  92.4  4e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 316 aa  92.4  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 322 aa  91.7  8e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 312 aa  91.3  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4138  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 311 aa  90.9  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  40.52 
 
 		 287 aa  90.9  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 304 aa  90.5  2e-17  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 316 aa  90.5  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 304 aa  90.1  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  43.27 
 
 		 293 aa  90.1  3e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 274 aa  90.1  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 295 aa  89.4  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  38.68 
 
 		 133 aa  89.4  4e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 287 aa  89.4  5e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 		 112 aa  89  5e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 299 aa  89  6e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 282 aa  88.6  7e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  40.18 
 
 		 294 aa  88.2  9e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  43.02 
 
 		 305 aa  86.7  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 304 aa  87.4  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5122  transcriptional regulator AraC family  35.29 
 
 		 314 aa  87  2e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.962416  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  32.69 
 
 		 331 aa  87.4  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  31.21 
 
 		 293 aa  86.7  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 285 aa  86.7  3e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  45.35 
 
 		 143 aa  85.9  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  43.27 
 
 		 293 aa  86.3  4e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  37.86 
 
 		 292 aa  85.9  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 293 aa  85.9  4e-16  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  31.45 
 
 		 294 aa  85.9  4e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  42.71 
 
 		 306 aa  85.9  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 127 aa  85.1  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 319 aa  84.7  9e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5909  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.678896 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  30.28 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6879  transcriptional regulator, AraC family  40.62 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0489024  normal  0.393248 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 306 aa  84.7  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 291 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  42.31 
 
 		 293 aa  84  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  31 
 
 		 250 aa  83.2  0.000000000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  33.85 
 
 		 305 aa  83.2  0.000000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  41.12 
 
 		 298 aa  82.8  0.000000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  36.19 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 294 aa  82.8  0.000000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2139  transcriptional regulator, AraC family  25.77 
 
 		 282 aa  82.4  0.000000000000005  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.669919  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  37.96 
 
 		 301 aa  82.4  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  36.79 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  40.74 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000005  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 304 aa  82  0.000000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  33.96 
 
 		 300 aa  82  0.000000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  41.84 
 
 		 291 aa  82  0.000000000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 278 aa  82  0.000000000000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0125  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 288 aa  81.6  0.000000000000008  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 291 aa  81.6  0.000000000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  37.82 
 
 		 322 aa  81.6  0.000000000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  38.68 
 
 		 288 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  39.42 
 
 		 291 aa  81.3  0.00000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 678 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 311 aa  81.3  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 315 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 97 aa  80.1  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 311 aa  80.1  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 250 aa  80.5  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  35.71 
 
 		 368 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  43.18 
 
 		 123 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 332 aa  80.5  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 315 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  45.45 
 
 		 306 aa  80.5  0.00000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>