More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2469 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 361 aa  721    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  65.03 
 
 		 316 aa  384  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  53.74 
 
 		 299 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  55.76 
 
 		 301 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  51.1 
 
 		 331 aa  276  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  60.39 
 
 		 154 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  33.58 
 
 		 303 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  31.43 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  33.86 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  33.51 
 
 		 316 aa  110  3e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 296 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  39.73 
 
 		 296 aa  110  5e-23  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  29.49 
 
 		 304 aa  110  5e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 299 aa  103  6e-21  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 312 aa  102  8e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 304 aa  102  1e-20  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4617  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.107807 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 322 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 319 aa  99.8  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0983  helix-turn-helix domain-containing protein  34.87 
 
 		 295 aa  99  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  33.81 
 
 		 291 aa  98.2  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  38.55 
 
 		 322 aa  98.2  2e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  26.6 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 299 aa  95.9  9e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 292 aa  94.7  2e-18  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  31.22 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  34.11 
 
 		 346 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 327 aa  94.4  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 293 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 291 aa  94  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 290 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 291 aa  93.6  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  32.2 
 
 		 291 aa  93.2  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 296 aa  93.2  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  34.86 
 
 		 300 aa  92.4  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 291 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5804  AraC family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 305 aa  91.7  2e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  33.01 
 
 		 291 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  32.12 
 
 		 300 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  90.9  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  40.78 
 
 		 282 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3232  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 296 aa  90.5  4e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0599312  hitchhiker  0.0000105754 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 301 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  32.99 
 
 		 278 aa  90.5  4e-17  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6795  transcriptional regulator, AraC family  42.39 
 
 		 306 aa  90.1  6e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.312804  hitchhiker  0.00000309577 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  37.78 
 
 		 291 aa  89  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0659  AraC family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 290 aa  88.2  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3162  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 285 aa  88.6  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 291 aa  87.8  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  38.69 
 
 		 287 aa  87.4  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  31.21 
 
 		 294 aa  87.8  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  30.77 
 
 		 292 aa  87.8  3e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 305 aa  87.4  4e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51400  transcriptional regulator AraC family  52.38 
 
 		 310 aa  87  4e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  29.09 
 
 		 294 aa  86.7  5e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  32.39 
 
 		 301 aa  86.7  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0560  AraC family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 281 aa  86.7  6e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000376127 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2693  helix-turn-helix domain-containing protein  40.62 
 
 		 261 aa  86.7  6e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.129803  normal  0.168058 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 305 aa  86.7  6e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0608  AraC family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 305 aa  86.3  7e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 314 aa  86.3  8e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 305 aa  86.3  8e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  36.25 
 
 		 305 aa  86.3  8e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  36.13 
 
 		 293 aa  86.3  8e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 305 aa  85.9  9e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1525  HTH-type transcriptional regulator  33.82 
 
 		 339 aa  85.9  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.199497 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  31.93 
 
 		 305 aa  85.5  0.000000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  29.76 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6285  transcriptional regulator, AraC family  37.31 
 
 		 287 aa  85.1  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.671161  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  33.93 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2090  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 261 aa  84.7  0.000000000000002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00753492 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  37.86 
 
 		 274 aa  84.7  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4104  transcriptional regulator, AraC family  41.84 
 
 		 250 aa  84.7  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  35.56 
 
 		 293 aa  85.1  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0574  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0798057  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3933  AraC family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 311 aa  84.7  0.000000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  36.3 
 
 		 293 aa  84.3  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 295 aa  84.3  0.000000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  34.73 
 
 		 308 aa  84.3  0.000000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 311 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 312 aa  84  0.000000000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 353 aa  83.6  0.000000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  32.59 
 
 		 272 aa  83.6  0.000000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4236  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 285 aa  83.6  0.000000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.457979 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  38.24 
 
 		 305 aa  82.8  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0540  transcriptional regulator, AraC family  35.35 
 
 		 289 aa  83.2  0.000000000000007  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.516999  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1583  two component AraC family transcriptional regulator  37.36 
 
 		 533 aa  82.8  0.000000000000009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.160886  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  38.78 
 
 		 291 aa  82  0.00000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2922  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 337 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1567  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 337 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.226821  normal  0.377129 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>