More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1213 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 291 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  89.69 
 
 		 291 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  76.12 
 
 		 291 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  73.01 
 
 		 291 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  71.97 
 
 		 291 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  71.97 
 
 		 291 aa  427  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  71.28 
 
 		 291 aa  423  1e-117  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  67.82 
 
 		 290 aa  409  1e-113  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  51.38 
 
 		 293 aa  279  4e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  50.34 
 
 		 293 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 301 aa  259  5.0000000000000005e-68  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  48.41 
 
 		 327 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5804  AraC family transcriptional regulator  45.32 
 
 		 305 aa  247  2e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  46.35 
 
 		 311 aa  238  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  46.04 
 
 		 346 aa  238  6.999999999999999e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 311 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 311 aa  238  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  44.64 
 
 		 324 aa  236  4e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  44.29 
 
 		 305 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  44.29 
 
 		 305 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  45.62 
 
 		 291 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  45.62 
 
 		 315 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  45.62 
 
 		 315 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  45.62 
 
 		 315 aa  232  5e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  45.62 
 
 		 315 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  45.62 
 
 		 332 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 678 aa  225  8e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  43.12 
 
 		 306 aa  220  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0725  AraC family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 311 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.576949 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2555  AraC family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 311 aa  219  5e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0708  AraC family transcriptional regulator  45.26 
 
 		 311 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 251 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  41.85 
 
 		 288 aa  212  7e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 304 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  39.5 
 
 		 289 aa  204  9e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 293 aa  201  9.999999999999999e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  37.59 
 
 		 322 aa  192  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  37.63 
 
 		 287 aa  187  1e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  35.84 
 
 		 291 aa  186  5e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2337  AraC family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 289 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000580503  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2932  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 293 aa  176  5e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5208  AraC family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 314 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2934  helix-turn-helix domain-containing protein  36.15 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0219137  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  34.35 
 
 		 287 aa  160  3e-38  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  34.59 
 
 		 287 aa  159  3e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 287 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  34.59 
 
 		 287 aa  159  4e-38  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1881  transcriptional regulator, AraC family  34.26 
 
 		 305 aa  159  7e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.831794  normal  0.0117859 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4318  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00219342 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  31.28 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  32.09 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5000  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 305 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5860  AraC family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 305 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.499461  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2981  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 305 aa  105  8e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3244  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 301 aa  104  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5093  AraC family transcriptional regulator  30.88 
 
 		 301 aa  103  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.467029 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 312 aa  101  2e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1472  AraC family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 292 aa  100  3e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.327977  normal  0.780269 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  30.49 
 
 		 294 aa  99.8  4e-20  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  40.85 
 
 		 318 aa  100  4e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  41.96 
 
 		 299 aa  96.7  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1673  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 314 aa  96.3  6e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.310754 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  32.38 
 
 		 331 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 306 aa  94.7  2e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  33.18 
 
 		 318 aa  94  3e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  45.19 
 
 		 305 aa  93.2  4e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 361 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 277 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  47.31 
 
 		 278 aa  93.2  5e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  49.47 
 
 		 302 aa  92.8  6e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6198  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 285 aa  92.8  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 294 aa  92.4  7e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 284 aa  92  9e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0716  AraC family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193737 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1543  transcriptional regulator, AraC family  35.15 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  48.42 
 
 		 284 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  38.03 
 
 		 295 aa  90.5  3e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  40.38 
 
 		 296 aa  90.5  3e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  40 
 
 		 336 aa  90.9  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  29 
 
 		 300 aa  90.1  4e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  45.92 
 
 		 279 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2577  transcriptional regulator, AraC family  31.65 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.996426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  30.59 
 
 		 319 aa  89.7  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  42.06 
 
 		 322 aa  89.7  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4687  AraC family transcriptional regulator  40.28 
 
 		 287 aa  89.4  7e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  28.25 
 
 		 304 aa  89.4  7e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0628  AraC family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 319 aa  89  8e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.000338841  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 299 aa  89  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2986  transcriptional regulator, AraC family  42.2 
 
 		 148 aa  89  8e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  42.55 
 
 		 291 aa  89  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  45.16 
 
 		 304 aa  89  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 301 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 301 aa  89  9e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  34.71 
 
 		 312 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>