More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3976 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 336 aa  696    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  45.06 
 
 		 318 aa  234  2.0000000000000002e-60  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  44.76 
 
 		 297 aa  227  3e-58  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  44.35 
 
 		 272 aa  222  9e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 305 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  34.89 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 301 aa  150  3e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 301 aa  149  4e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 307 aa  145  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 306 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  38.29 
 
 		 308 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  38.29 
 
 		 308 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  35.32 
 
 		 305 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 306 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 304 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 302 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  32.26 
 
 		 304 aa  126  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  31.28 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  35.47 
 
 		 306 aa  110  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3977  helix-turn-helix domain-containing protein  29.09 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 384 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 312 aa  96.3  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  34.55 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 291 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  39.32 
 
 		 287 aa  90.5  4e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 291 aa  90.1  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 287 aa  89.7  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  36.96 
 
 		 291 aa  89  1e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 322 aa  89  1e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 291 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  32.08 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 299 aa  88.2  2e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  36.88 
 
 		 312 aa  87.4  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  40.91 
 
 		 294 aa  86.7  5e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  35.03 
 
 		 296 aa  86.7  6e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 251 aa  86.3  7e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0867  AraC family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 315 aa  86.3  7e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.0000394258  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2701  AraC family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 315 aa  86.3  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.137316  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1909  AraC family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 315 aa  86.3  7e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.190572  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 296 aa  85.9  9e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2046  AraC family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 291 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0173792  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 291 aa  85.9  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3164  AraC family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 332 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0245945  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3203  AraC family transcriptional regulator  38.39 
 
 		 315 aa  85.5  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.10279  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  44.86 
 
 		 292 aa  85.5  0.000000000000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 134 aa  85.1  0.000000000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  37.27 
 
 		 120 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  45.28 
 
 		 266 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 291 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  37.72 
 
 		 180 aa  84.3  0.000000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 		 282 aa  84  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 311 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 311 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  37.96 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  39.82 
 
 		 274 aa  83.2  0.000000000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 319 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  36.23 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  37.01 
 
 		 288 aa  82  0.00000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3218  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 678 aa  82  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.000051538  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 293 aa  82  0.00000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  37.84 
 
 		 126 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  30.97 
 
 		 292 aa  81.3  0.00000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  31.06 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  28.08 
 
 		 331 aa  81.3  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 290 aa  81.6  0.00000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 		 202 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 305 aa  81.6  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 303 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0973  transcriptional regulator, AraC family  40.34 
 
 		 260 aa  81.3  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  31.06 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  31.06 
 
 		 287 aa  81.3  0.00000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 304 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 304 aa  80.1  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 223 aa  80.1  0.00000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  36.75 
 
 		 298 aa  79.7  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 123 aa  79.7  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  40.43 
 
 		 278 aa  78.2  0.0000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5466  helix-turn-helix-domain containing protein AraC type  33.85 
 
 		 199 aa  77.8  0.0000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 295 aa  77.4  0.0000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  30.49 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  77  0.0000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2469  AraC family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 361 aa  76.6  0.0000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 143 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4978  transcriptional regulator, AraC family  34.21 
 
 		 318 aa  76.3  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.327567  normal  0.11746 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  40 
 
 		 271 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 196 aa  75.5  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 97 aa  75.1  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  26.34 
 
 		 316 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>