More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3418 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 97 aa  194  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  97.94 
 
 		 306 aa  192  2e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  75 
 
 		 298 aa  137  6e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  65.52 
 
 		 322 aa  119  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  64.63 
 
 		 291 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  51.22 
 
 		 304 aa  88.2  4e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 292 aa  87.8  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  47.56 
 
 		 308 aa  87.8  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 306 aa  87.8  5e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 308 aa  87.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  48.81 
 
 		 306 aa  87  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 306 aa  86.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 306 aa  86.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  50 
 
 		 306 aa  86.7  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  50 
 
 		 305 aa  86.7  1e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  49.4 
 
 		 302 aa  83.6  9e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  49.4 
 
 		 302 aa  83.6  9e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 223 aa  80.1  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  52.44 
 
 		 292 aa  79.3  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  50.62 
 
 		 301 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  44.05 
 
 		 294 aa  77.8  0.00000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  45.24 
 
 		 276 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  40.48 
 
 		 309 aa  77.8  0.00000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  41.67 
 
 		 120 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 134 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 123 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  48.78 
 
 		 305 aa  76.3  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  42.68 
 
 		 318 aa  76.6  0.0000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  47.56 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  50 
 
 		 302 aa  75.9  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  48.15 
 
 		 209 aa  75.5  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4074  helix-turn-helix domain-containing protein  48.05 
 
 		 300 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 384 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  39.77 
 
 		 336 aa  75.1  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  42.17 
 
 		 331 aa  75.5  0.0000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  47.56 
 
 		 300 aa  75.1  0.0000000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4441  transcriptional regulator, AraC family  48.05 
 
 		 300 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.440571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  47.5 
 
 		 202 aa  74.7  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  44.05 
 
 		 180 aa  74.7  0.0000000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 300 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4555  transcriptional regulator, AraC family  48 
 
 		 315 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.897307 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  45 
 
 		 300 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 296 aa  74.3  0.0000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0516  putative transcriptional regulator  45.57 
 
 		 264 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  40.48 
 
 		 272 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05420  putative transcriptional regulator  45.57 
 
 		 264 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 308 aa  73.6  0.0000000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  40.48 
 
 		 297 aa  73.6  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 304 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15370  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  37.5 
 
 		 415 aa  73.6  0.0000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4871  AraC family transcriptional regulator  44.16 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412804  normal  0.401729 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 322 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5999  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 		 179 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  46.25 
 
 		 276 aa  72  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  44.32 
 
 		 307 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  40 
 
 		 293 aa  72.8  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  40.24 
 
 		 271 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 279 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 282 aa  71.2  0.000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 299 aa  71.2  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 299 aa  70.9  0.000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  41.98 
 
 		 271 aa  70.5  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 281 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 281 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 260 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5726  transcriptional regulator, AraC family  42.68 
 
 		 286 aa  69.7  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  43.37 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3657  AraC family transcriptional regulator  45.45 
 
 		 430 aa  69.3  0.00000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.316455  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  39.51 
 
 		 294 aa  69.3  0.00000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  42.17 
 
 		 266 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  40.24 
 
 		 272 aa  69.3  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 282 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  43.02 
 
 		 284 aa  68.6  0.00000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 127 aa  68.2  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  33.73 
 
 		 286 aa  67.8  0.00000000004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 		 308 aa  67.8  0.00000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2855  AraC family transcriptional regulator  45.12 
 
 		 258 aa  67.4  0.00000000006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  38.27 
 
 		 277 aa  67.4  0.00000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 269 aa  67.4  0.00000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  31.71 
 
 		 250 aa  67.4  0.00000000006  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 313 aa  67.4  0.00000000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3022  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 269 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 344 aa  67  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  43.53 
 
 		 301 aa  67  0.00000000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 277 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 300 aa  67  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  41.86 
 
 		 284 aa  67  0.00000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 275 aa  67  0.00000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 300 aa  67  0.00000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 188 aa  66.2  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2344  AraC family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 247 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  39.76 
 
 		 278 aa  66.2  0.0000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  41.56 
 
 		 273 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3411  AraC family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  42.5 
 
 		 1201 aa  66.2  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2522  AraC family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 295 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 278 aa  66.6  0.0000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1118  AraC family transcriptional regulator  43.96 
 
 		 300 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>