More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_2669 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 188 aa  387  1e-107  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3201  AraC family transcriptional regulator  44.94 
 
 		 182 aa  125  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0116989 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  42.21 
 
 		 180 aa  114  6.9999999999999995e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  41.18 
 
 		 196 aa  109  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  35.03 
 
 		 202 aa  99.8  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 223 aa  100  2e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  38.36 
 
 		 272 aa  98.6  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  42.45 
 
 		 299 aa  95.5  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  38.85 
 
 		 289 aa  94.7  7e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  42.86 
 
 		 297 aa  94.7  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  40.37 
 
 		 294 aa  92.8  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  43.64 
 
 		 305 aa  91.7  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  39.5 
 
 		 296 aa  90.5  1e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 209 aa  89  3e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  36.62 
 
 		 301 aa  89.4  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3305  two component transcriptional regulator, AraC family  31.93 
 
 		 513 aa  89.4  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  39.62 
 
 		 318 aa  88.6  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 312 aa  88.2  6e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 287 aa  88.2  6e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  38.32 
 
 		 282 aa  87.4  1e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  33.74 
 
 		 346 aa  85.9  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  38.76 
 
 		 312 aa  85.5  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  47.83 
 
 		 295 aa  85.5  5e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  39.67 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 274 aa  83.6  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  39.25 
 
 		 306 aa  84  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  41.32 
 
 		 303 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  39.45 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  37.6 
 
 		 293 aa  82.8  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  35.45 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 293 aa  82.4  0.000000000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 327 aa  82.4  0.000000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  40.87 
 
 		 291 aa  81.3  0.000000000000009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 304 aa  80.5  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 301 aa  80.9  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 322 aa  80.5  0.00000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  37.38 
 
 		 288 aa  80.1  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  37 
 
 		 1201 aa  79.3  0.00000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 294 aa  79.3  0.00000000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  33.6 
 
 		 331 aa  79  0.00000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2043  transcriptional regulator, AraC family  37.69 
 
 		 330 aa  79.3  0.00000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.437  normal  0.109712 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 316 aa  79  0.00000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4074  helix-turn-helix domain-containing protein  32.65 
 
 		 300 aa  78.6  0.00000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4441  transcriptional regulator, AraC family  32.65 
 
 		 300 aa  78.6  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.440571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  33.87 
 
 		 309 aa  78.2  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 291 aa  78.2  0.00000000000007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5246  transcriptional regulator, AraC family  39.81 
 
 		 331 aa  78.2  0.00000000000007  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.893549 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  77.8  0.00000000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 134 aa  77.8  0.00000000000009  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  36.84 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 306 aa  77.4  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 307 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 287 aa  77.8  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0816  AraC family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  38.79 
 
 		 120 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  39.8 
 
 		 292 aa  77  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 319 aa  77  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001016  transcriptional regulator AraC/XylS family  34.62 
 
 		 270 aa  77  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0540486  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 311 aa  76.6  0.0000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07095  hypothetical protein  34.62 
 
 		 270 aa  76.3  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2066  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 338 aa  76.3  0.0000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.623235  normal  0.45327 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  34.34 
 
 		 291 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  38.74 
 
 		 289 aa  76.3  0.0000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 291 aa  75.5  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 324 aa  75.9  0.0000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 316 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 311 aa  75.1  0.0000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4229  transcriptional regulator, AraC family  37.62 
 
 		 278 aa  75.5  0.0000000000005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4555  transcriptional regulator, AraC family  32.5 
 
 		 315 aa  75.1  0.0000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.897307 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 336 aa  75.1  0.0000000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0818  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 293 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1501  transcriptional regulator  39.8 
 
 		 347 aa  75.1  0.0000000000006  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  28.37 
 
 		 250 aa  75.1  0.0000000000006  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1219  transcriptional regulator  37.5 
 
 		 329 aa  75.1  0.0000000000006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 291 aa  74.7  0.0000000000007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 322 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  33.33 
 
 		 274 aa  74.7  0.0000000000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  37.14 
 
 		 306 aa  74.3  0.0000000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  38.14 
 
 		 300 aa  73.6  0.000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 299 aa  73.6  0.000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  30.65 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  38.66 
 
 		 368 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  38.38 
 
 		 293 aa  73.9  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 353 aa  73.9  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 308 aa  73.9  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0919  two component AraC family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 356 aa  73.6  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 316 aa  73.2  0.000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 303 aa  73.2  0.000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  25.35 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  37.07 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2577  transcriptional regulator, AraC family  33.8 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.996426  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 204 aa  73.6  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>