More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1138 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 295 aa  588  1e-167  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  32.76 
 
 		 322 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  33.79 
 
 		 292 aa  160  3e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  31.51 
 
 		 296 aa  148  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  32.18 
 
 		 298 aa  147  3e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  32.53 
 
 		 294 aa  144  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  33.92 
 
 		 306 aa  142  5e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  28.37 
 
 		 291 aa  141  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  34.6 
 
 		 293 aa  140  1.9999999999999998e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 299 aa  90.9  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  37.5 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 308 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0094  transcriptional regulator, AraC family  29.63 
 
 		 185 aa  85.5  0.000000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 295 aa  84.7  0.000000000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 353 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 263 aa  81.6  0.00000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6041  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.331066 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  33.8 
 
 		 272 aa  78.6  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0079  transcriptional regulator, AraC family  28.46 
 
 		 187 aa  77.8  0.0000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.294253  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 196 aa  77.4  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  36.8 
 
 		 301 aa  77.8  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  35.35 
 
 		 255 aa  77.4  0.0000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 143 aa  77  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  43.48 
 
 		 305 aa  77  0.0000000000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2475  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 255 aa  77  0.0000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 275 aa  76.6  0.0000000000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2274  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 307 aa  76.6  0.0000000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.348217  normal  0.470943 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  47.56 
 
 		 97 aa  76.3  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  34.23 
 
 		 250 aa  75.1  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0908  hypothetical protein  38.74 
 
 		 255 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  41.18 
 
 		 305 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  33.1 
 
 		 297 aa  75.5  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2613  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 255 aa  75.1  0.000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3175  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 306 aa  74.3  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 322 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  40.22 
 
 		 304 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1196  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3318  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.877504 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3174  helix-turn-helix domain-containing protein  31.82 
 
 		 287 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 287 aa  73.9  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5126  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 357 aa  73.9  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  32.73 
 
 		 270 aa  73.2  0.000000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  32.1 
 
 		 316 aa  73.6  0.000000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 294 aa  73.6  0.000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3214  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 360 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5153  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 360 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0553  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 255 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.169968  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3502  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 355 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3201  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 182 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0116989 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  31.41 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5071  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 357 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.509382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 209 aa  72.8  0.000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4548  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 357 aa  72.4  0.000000000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  28.93 
 
 		 308 aa  72.8  0.000000000007  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 279 aa  72.4  0.000000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  42.59 
 
 		 306 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02019  transcription regulator protein  33.85 
 
 		 387 aa  71.6  0.00000000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  32.21 
 
 		 289 aa  70.9  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  29.13 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 304 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2326  transcriptional regulator, AraC family  30.88 
 
 		 295 aa  71.6  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0937352 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 270 aa  70.9  0.00000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  34.31 
 
 		 300 aa  70.9  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3053  transcriptional regulator, AraC family  30.56 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3689  AraC family transcriptional regulator  28.48 
 
 		 303 aa  71.2  0.00000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 301 aa  71.2  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  33.56 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  28.3 
 
 		 265 aa  71.2  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 		 301 aa  70.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2118  HTH-type transcriptional regulator  31.36 
 
 		 328 aa  70.5  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3088  AraC family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 296 aa  70.9  0.00000000003  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.530109  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  40.74 
 
 		 180 aa  70.5  0.00000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 299 aa  70.5  0.00000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0071  transcriptional regulator, AraC family  29.1 
 
 		 308 aa  70.5  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.462194  normal  0.509071 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 299 aa  70.1  0.00000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1956  transcriptional regulator  33.85 
 
 		 396 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.976768  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0397  AraC/XylS family transcription factor  33.85 
 
 		 396 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7634  transcriptional regulator AraC family  31.43 
 
 		 304 aa  70.1  0.00000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.63081  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 307 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1864  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 410 aa  70.1  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.191613  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3335  AraC family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 361 aa  70.5  0.00000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.519645 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  32.82 
 
 		 289 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4832  transcriptional regulator  33.59 
 
 		 393 aa  70.1  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.304205  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5187  AraC family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 317 aa  69.3  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2736  AraC family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 154 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.66637 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  40.21 
 
 		 291 aa  69.3  0.00000000007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  34.4 
 
 		 345 aa  69.3  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3129  AraC family transcriptional regulator  33.02 
 
 		 299 aa  69.3  0.00000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0484  transcriptional regulator  33.08 
 
 		 356 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6833  transcriptional regulator, AraC family  37.37 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.540277 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 245 aa  68.6  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>