More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2973 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 127 aa  263  8e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  65.32 
 
 		 126 aa  182  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 143 aa  110  6e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  42.74 
 
 		 305 aa  107  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 299 aa  105  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 306 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 306 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 306 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  43.36 
 
 		 304 aa  104  5e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 301 aa  103  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 301 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 301 aa  103  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 302 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  42.73 
 
 		 302 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  40.57 
 
 		 318 aa  101  4e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  42.59 
 
 		 272 aa  100  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  42.59 
 
 		 297 aa  100  7e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  39.47 
 
 		 306 aa  97.4  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 304 aa  94.4  5e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  35.65 
 
 		 308 aa  93.6  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 308 aa  93.6  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  35.65 
 
 		 306 aa  93.6  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  40.78 
 
 		 301 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  35.77 
 
 		 305 aa  90.5  7e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 134 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 307 aa  89.7  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  43.75 
 
 		 120 aa  89.4  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  43.4 
 
 		 302 aa  88.6  3e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 300 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 384 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 123 aa  86.3  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 300 aa  86.3  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 223 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  37.4 
 
 		 291 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  33.94 
 
 		 180 aa  84.7  4e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 273 aa  82  0.000000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4587  AraC family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 291 aa  81.6  0.000000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.213128  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  36.28 
 
 		 294 aa  81.6  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  35.65 
 
 		 296 aa  81.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0085  transcriptional regulator, AraC family  36.19 
 
 		 296 aa  81.3  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0195711 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4605  AraC family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 291 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  33.33 
 
 		 291 aa  80.5  0.000000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 311 aa  79.7  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3201  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 182 aa  79.3  0.00000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0116989 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 311 aa  79  0.00000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1148  transcriptional regulator, AraC family  31.13 
 
 		 309 aa  79  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4464  helix-turn-helix domain-containing protein  36.22 
 
 		 291 aa  79.3  0.00000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  36.79 
 
 		 112 aa  79.3  0.00000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 294 aa  78.2  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 284 aa  78.2  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 281 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1732  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 		 288 aa  77.8  0.00000000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0803469 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 281 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1207  putative transcriptional regulator  39.77 
 
 		 293 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0859  AraC family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 291 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.775109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 202 aa  76.6  0.00000000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 291 aa  76.6  0.0000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1140  AraC family transcriptional regulator  27.42 
 
 		 258 aa  76.6  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6955  transcriptional regulator, AraC family  36.54 
 
 		 346 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.737934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 279 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  37.5 
 
 		 293 aa  76.3  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  33.33 
 
 		 295 aa  76.3  0.0000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 277 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  37.23 
 
 		 316 aa  75.5  0.0000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  36.73 
 
 		 284 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 276 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2093  AraC family transcriptional regulator  38.04 
 
 		 287 aa  75.1  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.369123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 277 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 312 aa  74.7  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  34.58 
 
 		 336 aa  74.3  0.0000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  29.82 
 
 		 289 aa  73.6  0.0000000000008  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  33.86 
 
 		 275 aa  73.6  0.0000000000009  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 304 aa  73.6  0.0000000000009  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 293 aa  73.6  0.0000000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  39.53 
 
 		 280 aa  73.2  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  73.2  0.000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13470  AraC family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 293 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0899227  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  38.37 
 
 		 306 aa  72.8  0.000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  33.64 
 
 		 312 aa  72.8  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  39.05 
 
 		 306 aa  73.2  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  35.56 
 
 		 322 aa  72  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5332  AraC family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 301 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2507  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 291 aa  72.4  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  33.7 
 
 		 294 aa  72.8  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  32.97 
 
 		 255 aa  72  0.000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 313 aa  71.2  0.000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 295 aa  70.9  0.000000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 285 aa  71.2  0.000000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  33.33 
 
 		 324 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  39.76 
 
 		 270 aa  70.9  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 196 aa  70.9  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 188 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 306 aa  70.5  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3238  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 290 aa  70.5  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.996927 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  33.33 
 
 		 275 aa  70.1  0.000000000009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>