More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3520 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  100 
 
 		 322 aa  658    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  63.29 
 
 		 291 aa  380  1e-104  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  54.03 
 
 		 298 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  51.53 
 
 		 306 aa  297  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1138  helix-turn-helix domain-containing protein  32.76 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  32.78 
 
 		 296 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  30.38 
 
 		 292 aa  142  5e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  31.44 
 
 		 294 aa  142  7e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  32.09 
 
 		 293 aa  135  7.000000000000001e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  65.52 
 
 		 97 aa  119  6e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 306 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 306 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 306 aa  99  1e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  42.96 
 
 		 308 aa  95.9  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 308 aa  95.9  8e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  42.96 
 
 		 306 aa  95.9  9e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  41.51 
 
 		 306 aa  93.2  5e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  42.72 
 
 		 301 aa  92.4  9e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  31.36 
 
 		 272 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  31.36 
 
 		 297 aa  89.7  7e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  43.27 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  37.01 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  36.76 
 
 		 304 aa  88.2  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 302 aa  86.3  6e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  39.05 
 
 		 302 aa  86.3  7e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 384 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2054  two component transcriptional regulator, AraC family  31.52 
 
 		 1201 aa  84.3  0.000000000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.695732  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 318 aa  84.7  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 300 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  34.74 
 
 		 300 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 299 aa  83.6  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2413  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 		 305 aa  82.4  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 299 aa  82  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 306 aa  82  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 223 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 188 aa  80.5  0.00000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  38.74 
 
 		 180 aa  78.2  0.0000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54190  proline utilization regulator  40.54 
 
 		 250 aa  77.8  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4074  helix-turn-helix domain-containing protein  34.43 
 
 		 300 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4441  transcriptional regulator, AraC family  34.43 
 
 		 300 aa  77  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.440571  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  31.67 
 
 		 300 aa  77  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3201  AraC family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 182 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0116989 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4739  proline utilization regulator  41.75 
 
 		 250 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.284133  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 316 aa  76.3  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 295 aa  75.9  0.0000000000009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  34.45 
 
 		 120 aa  74.7  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2180  helix-turn-helix domain-containing protein  41.57 
 
 		 281 aa  74.7  0.000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.971115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5999  AraC family transcriptional regulator  43.9 
 
 		 179 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 134 aa  74.3  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4555  transcriptional regulator, AraC family  38.46 
 
 		 315 aa  73.9  0.000000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.897307 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  35.24 
 
 		 250 aa  73.6  0.000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  33.94 
 
 		 301 aa  73.6  0.000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  25.46 
 
 		 299 aa  73.2  0.000000000005  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1537  transcriptional regulator, AraC family  36.31 
 
 		 282 aa  73.2  0.000000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164062  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 299 aa  72.8  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2413  transcriptional regulator, AraC family  36.45 
 
 		 322 aa  72.4  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.333457  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1754  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 		 308 aa  72.4  0.000000000009  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  30.73 
 
 		 202 aa  72  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2369  transcriptional regulator  25.75 
 
 		 368 aa  72  0.00000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1600  helix-turn-helix domain-containing protein  37.86 
 
 		 356 aa  72.4  0.00000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.114816 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4788  AraC family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 344 aa  70.9  0.00000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.139915  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2390  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 196 aa  71.2  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.245348  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  43.43 
 
 		 276 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  39.76 
 
 		 307 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0431  transcriptional regulator, AraC family  37.72 
 
 		 320 aa  71.6  0.00000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1747  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 		 231 aa  71.6  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.49476  normal  0.0537138 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1485  helix-turn-helix domain-containing protein  33.79 
 
 		 306 aa  71.2  0.00000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.232503  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3996  helix-turn-helix domain-containing protein  27.23 
 
 		 289 aa  71.6  0.00000000002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4871  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 308 aa  71.2  0.00000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.412804  normal  0.401729 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5215  helix-turn-helix domain-containing protein  33.66 
 
 		 331 aa  70.5  0.00000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 123 aa  70.9  0.00000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3740  helix-turn-helix domain-containing protein  28.74 
 
 		 301 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.436963  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  43.3 
 
 		 302 aa  70.1  0.00000000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  43.21 
 
 		 209 aa  70.1  0.00000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  39.42 
 
 		 336 aa  70.1  0.00000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0816  AraC family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 319 aa  70.1  0.00000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5245  AraC family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 312 aa  70.1  0.00000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1549  transcriptional regulator, AraC family  35.85 
 
 		 316 aa  70.1  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0143415  hitchhiker  0.00302933 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0168  AraC/XylS family transcriptional regulator  40 
 
 		 287 aa  70.1  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000293268  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1318  AraC family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 294 aa  69.7  0.00000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.761239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0227  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 324 aa  69.7  0.00000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.583389 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6513  transcriptional regulator, AraC family  34.95 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4042  helix-turn-helix domain-containing protein  39.6 
 
 		 263 aa  69.7  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3869  AraC family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  34.71 
 
 		 274 aa  69.3  0.00000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6068  AraC family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 287 aa  69.3  0.00000000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2907  transcriptional regulator, AraC family  27.39 
 
 		 289 aa  69.3  0.00000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0560618  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5155  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 348 aa  69.3  0.00000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.976904 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  31.07 
 
 		 294 aa  68.6  0.0000000001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1250  AraC family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 263 aa  68.9  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1225  AraC family transcriptional regulator  37.12 
 
 		 249 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.615855  normal  0.0441463 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 127 aa  68.9  0.0000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 353 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5245  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 328 aa  68.2  0.0000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.608948  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 316 aa  68.2  0.0000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1405  AraC family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 251 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000697123  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 322 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>