More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VC0395_A2573 on replicon NC_009457
Organism: Vibrio cholerae O395



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  100 
 
 
270 aa  555  1e-157  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002090  transcriptional regulator AraC/XylS family  59.62 
 
 
265 aa  338  5.9999999999999996e-92  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  59.62 
 
 
279 aa  337  9e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2462  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
267 aa  178  9e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.177963  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  39.05 
 
 
280 aa  176  3e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  38.97 
 
 
280 aa  176  5e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  38.97 
 
 
280 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  38.32 
 
 
280 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0766  AraC/XylS family transcriptional regulator  37.68 
 
 
273 aa  171  1e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3367  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 
276 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0586  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 
276 aa  170  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3537  AraC family transcriptional regulator  38.43 
 
 
276 aa  170  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0693  AraC family transcriptional regulator  37.04 
 
 
276 aa  169  4e-41  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3654  putative transcriptional regulator  35.79 
 
 
274 aa  169  4e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.232111  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43580  putative transcriptional regulator  34.32 
 
 
274 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.417491  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1463  AraC family transcriptional regulator  36.94 
 
 
279 aa  162  6e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  36.3 
 
 
270 aa  159  3e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 
278 aa  157  2e-37  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  38.34 
 
 
279 aa  155  8e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2795  AraC family transcriptional regulator  34.36 
 
 
275 aa  149  4e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1551  AraC/XylS family transcriptional regulator  34.28 
 
 
275 aa  145  5e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0639275  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  34.92 
 
 
277 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  35.43 
 
 
276 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  33.85 
 
 
284 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
281 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 
281 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  33.46 
 
 
284 aa  136  5e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1357  transcriptional regulator, AraC family  33.85 
 
 
277 aa  134  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.193095  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  32.4 
 
 
277 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2442  AraC family transcriptional regulator  32.58 
 
 
278 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.314191 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  33.2 
 
 
278 aa  130  3e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2540  AraC family transcriptional regulator  33.59 
 
 
275 aa  126  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  31.64 
 
 
280 aa  126  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  30.62 
 
 
283 aa  126  5e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  32.68 
 
 
275 aa  125  6e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  31.27 
 
 
275 aa  125  6e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  31.13 
 
 
279 aa  124  2e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  31.27 
 
 
277 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  30.08 
 
 
276 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  31.08 
 
 
278 aa  120  1.9999999999999998e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  31.09 
 
 
274 aa  120  1.9999999999999998e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  30.12 
 
 
275 aa  120  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2237  putative transcriptional regulator  30.32 
 
 
278 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 
278 aa  119  7.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1137  transcriptional regulator, AraC family  30.2 
 
 
270 aa  118  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  29.06 
 
 
279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26330  AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 
278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.643276  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  30.63 
 
 
275 aa  116  3e-25  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  28.8 
 
 
278 aa  115  6.9999999999999995e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1393  transcriptional regulator, AraC family  31.75 
 
 
277 aa  115  7.999999999999999e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4315  AraC family transcriptional regulator  32.52 
 
 
270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.627035  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  30.2 
 
 
278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2887  transcriptional regulator, AraC family  31.64 
 
 
264 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.700128 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 
278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3613  transcriptional regulator, AraC family  32.81 
 
 
278 aa  113  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.522508  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  30.04 
 
 
278 aa  113  3e-24  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  25.86 
 
 
303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  28.09 
 
 
276 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 
300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  25.18 
 
 
300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  28.74 
 
 
285 aa  110  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 
306 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  25.85 
 
 
306 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  27.46 
 
 
306 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1791  transcriptional regulator, AraC family  31.87 
 
 
277 aa  108  9.000000000000001e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2552  transcriptional regulator, AraC family  28.06 
 
 
288 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.974489  normal  0.68822 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  26.56 
 
 
280 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3634  AraC family transcriptional regulator  26.67 
 
 
300 aa  107  2e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.480226  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0806  transcriptional regulator, AraC family  28.35 
 
 
355 aa  107  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.311156 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 
274 aa  106  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  28.97 
 
 
278 aa  106  5e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2287  transcriptional regulator, AraC family  27.71 
 
 
300 aa  105  7e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 
278 aa  105  8e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  28.96 
 
 
277 aa  105  9e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2537  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 
312 aa  105  1e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  26.21 
 
 
281 aa  104  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  28 
 
 
271 aa  104  1e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  25.9 
 
 
276 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 
285 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4098  AraC family transcriptional regulator  25.19 
 
 
280 aa  103  2e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00424275 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 
285 aa  104  2e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2749  putative transcriptional regulator  28.35 
 
 
271 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  25.52 
 
 
299 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 
278 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1385  AraC family transcriptional regulator  29.46 
 
 
272 aa  103  3e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.791872  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  27.49 
 
 
278 aa  103  3e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5279  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 
285 aa  103  4e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2167  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 
261 aa  102  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.06 
 
 
278 aa  102  5e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2811  transcriptional regulator, AraC family  27.03 
 
 
303 aa  102  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4318  AraC family transcriptional regulator  25.78 
 
 
272 aa  102  8e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103262  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0320  AraC family transcriptional regulator  24.91 
 
 
281 aa  101  1e-20  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.996721  hitchhiker  0.0000353353 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3402  AraC protein, arabinose-binding/dimerisation  28.46 
 
 
281 aa  100  2e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  27.05 
 
 
277 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3237  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 
281 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.601996 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  32.14 
 
 
278 aa  100  2e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6118  putative transcriptional regulator  28.24 
 
 
266 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70530  AraC family transcriptional regulator  29.02 
 
 
266 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204165  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4280  AraC family transcriptional regulator  25.29 
 
 
281 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.682937 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3705  AraC family transcriptional regulator  25.1 
 
 
282 aa  100  3e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>