More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_0361 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_0361  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 245 aa  511  1e-144  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1157  AraC family transcriptional regulator  52.26 
 
 		 248 aa  289  3e-77  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2310  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 256 aa  154  2e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.141971  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4131  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 260 aa  152  4e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696726  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4602  AraC family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 279 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0287774  normal  0.364439 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1287  AraC family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 260 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.400393 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4130  putative transcriptional regulator  33.05 
 
 		 265 aa  145  4.0000000000000006e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0516  PAS sensor protein  29.96 
 
 		 255 aa  143  2e-33  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1839  AraC family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01433  transcriptional regulator  31.74 
 
 		 242 aa  137  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.738294  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47910  putative transcriptional regulator  33.18 
 
 		 224 aa  137  2e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00926121  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4668  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 264 aa  134  9e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.622787 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5196  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 264 aa  134  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.82206  normal  0.599062 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4671  AraC family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 279 aa  132  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3416  AraC family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 279 aa  132  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0904858  normal  0.667905 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4563  transcriptional regulator, AraC family  31.36 
 
 		 255 aa  131  9e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0238722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2063  AraC family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 311 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0878  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 256 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.776666  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1415  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.172682  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1891  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 294 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0477  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.555067  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1669  PAS fold-4 domain protein  32.14 
 
 		 261 aa  130  2.0000000000000002e-29  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3003  transcriptional regulator, AraC family  29.07 
 
 		 240 aa  130  2.0000000000000002e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00723875 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0885  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2199  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0574  AraC family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 290 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.389496  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02106  transcriptional regulator AraC/xylS family  29.09 
 
 		 241 aa  129  3e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4961  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0263791 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3060  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5307  AraC family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 264 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0914956 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0341  AraC family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 264 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.729431 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2498  AraC family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 245 aa  124  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1220  AraC family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 267 aa  122  4e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.21436  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2851  transcriptional regulator with PAS/PAC sensors, AraC family  26.7 
 
 		 256 aa  109  4.0000000000000004e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.595855 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 289 aa  85.5  7e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1003  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 		 289 aa  82.4  0.000000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3765  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 385 aa  82  0.000000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0713818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1223  transcriptional regulator, AraC family  41.3 
 
 		 284 aa  81.3  0.00000000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0726394  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1596  transcriptional regulator, AraC family  37.25 
 
 		 287 aa  79.7  0.00000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 345 aa  79  0.00000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  35.71 
 
 		 291 aa  77  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  39.53 
 
 		 299 aa  77  0.0000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1687  AraC family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 345 aa  76.6  0.0000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0447832  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1434  AraC family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 312 aa  75.9  0.0000000000005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.458798  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3170  transcriptional regulator, AraC family  33 
 
 		 332 aa  75.9  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.777646  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  31.73 
 
 		 288 aa  75.9  0.0000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 324 aa  75.9  0.0000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0600  two component transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 546 aa  75.9  0.0000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.58 
 
 		 290 aa  75.9  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1299  transcriptional regulator, AraC family  32.67 
 
 		 334 aa  75.9  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  34.62 
 
 		 324 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  34.62 
 
 		 324 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 324 aa  75.5  0.0000000000008  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0937  transcriptional regulator, AraC family  27.43 
 
 		 291 aa  75.5  0.0000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.440102  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4719  AraC family transcriptional regulator  36.79 
 
 		 317 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3203  transcriptional regulator  38.83 
 
 		 343 aa  74.7  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123314  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  38.33 
 
 		 281 aa  74.3  0.000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3942  AraC family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 336 aa  74.7  0.000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.466068  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1778  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  33.66 
 
 		 325 aa  74.7  0.000000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.545321  normal  0.0235367 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3035  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  38.04 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2752  transcriptional regulator, AraC family  42.11 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.612701  hitchhiker  0.00970108 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  32.67 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3777  transcriptional regulator, AraC family  39.58 
 
 		 294 aa  73.9  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.15946 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2113  two component transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 		 538 aa  74.3  0.000000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.141697  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1268  transcriptional regulator, AraC family  36.45 
 
 		 300 aa  73.9  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3056  transcriptional regulator, AraC family  29.37 
 
 		 344 aa  73.6  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.351096  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2576  AraC-like transcriptional regulator  35.04 
 
 		 313 aa  73.6  0.000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.289552 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3646  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 275 aa  72.8  0.000000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0774  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.04 
 
 		 384 aa  72.4  0.000000000006  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1173  cupin 2 domain-containing protein  30.77 
 
 		 316 aa  72.4  0.000000000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3202  AraC family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.647622  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3906  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  31.9 
 
 		 409 aa  72.4  0.000000000007  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0498  transcriptional regulator  43.18 
 
 		 316 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3941  AraC-like transcriptional regulator  32.77 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0722182  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4893  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 		 340 aa  72.4  0.000000000007  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1355  transcriptional regulator, AraC family  35.58 
 
 		 303 aa  72.4  0.000000000007  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.000000118066  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3556  transcriptional regulator  34.31 
 
 		 319 aa  72  0.000000000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.253425 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2058  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2738  AraC-type transcriptional regulator domain protein  32.77 
 
 		 330 aa  71.2  0.00000000001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1794  AraC family transcriptional regulator  33 
 
 		 338 aa  71.6  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112719  hitchhiker  0.00342809 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2141  two component AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 260 aa  71.2  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2157  two component AraC family transcriptional regulator  37.25 
 
 		 250 aa  71.2  0.00000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0322408 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3720  transcriptional regulator, AraC family  35.14 
 
 		 296 aa  71.2  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.44403  normal  0.422333 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  30.48 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  36.08 
 
 		 288 aa  71.2  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3987  AraC family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 326 aa  71.2  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  29.3 
 
 		 290 aa  71.2  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  0.0000000000361988 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  28.68 
 
 		 286 aa  71.2  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3869  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  32.08 
 
 		 298 aa  71.2  0.00000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.604271  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0853  two component transcriptional regulator, AraC family  34.78 
 
 		 509 aa  71.2  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2550  two component transcriptional regulator, AraC family  23.58 
 
 		 502 aa  71.6  0.00000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4910  AraC family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 388 aa  71.2  0.00000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.45379  normal  0.327083 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4482  AraC family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 326 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.821893 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1831  transcriptional regulator ArgR  40.45 
 
 		 351 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3566  helix-turn-helix, AraC type  40.45 
 
 		 351 aa  70.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.139016  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4287  AraC family transcriptional regulator  40.45 
 
 		 326 aa  71.2  0.00000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1619  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  34.41 
 
 		 286 aa  70.9  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0667714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0128  putative PAS/PAC sensor protein  26.7 
 
 		 433 aa  70.9  0.00000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2282  putative transcriptional regulator  31.25 
 
 		 294 aa  70.5  0.00000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0156  AraC family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 386 aa  70.5  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>