More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_2324 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009512  Pput_2324  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 282 aa  578  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3439  AraC family transcriptional regulator  95.39 
 
 		 282 aa  547  1e-155  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2497  AraC family transcriptional regulator  86.49 
 
 		 260 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.190674  normal  0.610858 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2434  AraC family transcriptional regulator  77.13 
 
 		 273 aa  414  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  53.01 
 
 		 277 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2505  transcriptional regulator, AraC family  50.38 
 
 		 277 aa  263  3e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.470919  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1385  AraC family transcriptional regulator  49.25 
 
 		 272 aa  248  9e-65  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.791872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  47.39 
 
 		 281 aa  236  3e-61  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4318  AraC family transcriptional regulator  46.64 
 
 		 272 aa  236  4e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.103262  normal  0.531817 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1688  AraC family transcriptional regulator  48.53 
 
 		 280 aa  236  5.0000000000000005e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3237  AraC family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 281 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601996 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4280  AraC family transcriptional regulator  46.1 
 
 		 281 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.682937 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4086  AraC family transcriptional regulator  45.72 
 
 		 281 aa  228  8e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1732  AraC family transcriptional regulator  45.56 
 
 		 281 aa  228  1e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3705  AraC family transcriptional regulator  44.73 
 
 		 282 aa  224  8e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4183  AraC family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 282 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.43701  normal  0.806695 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  42.7 
 
 		 285 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1212  transcriptional regulator, AraC-family  34.93 
 
 		 280 aa  165  9e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0043  AraC family transcriptional regulator  39.55 
 
 		 266 aa  164  2.0000000000000002e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  36.9 
 
 		 271 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 273 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  37.08 
 
 		 271 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2799  AraC family transcriptional regulator  38.58 
 
 		 269 aa  149  3e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0653395  normal  0.0991111 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  41.51 
 
 		 269 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3022  AraC family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 269 aa  146  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 308 aa  141  9.999999999999999e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1047  transcriptional regulator, AraC family  34.57 
 
 		 273 aa  136  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.859066 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2167  AraC family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 261 aa  133  3e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.241927  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0479  AraC family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 279 aa  127  3e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109362 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2399  transcriptional regulator, AraC family  30.27 
 
 		 277 aa  125  5e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2911  transcriptional regulator, AraC family  28.2 
 
 		 277 aa  123  3e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2300  AraC family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 274 aa  122  8e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.457981  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4856  negative transcriptional regulator of cel operon  31.23 
 
 		 271 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4782  negative transcriptional regulator of cel operon  31.23 
 
 		 271 aa  122  9e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0663748  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4141  helix-turn-helix domain-containing protein  28.57 
 
 		 278 aa  119  3.9999999999999996e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0000207295  hitchhiker  0.0000292463 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1551  transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 281 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  32.35 
 
 		 278 aa  112  5e-24  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0918  transcriptional regulator, AraC family  33.09 
 
 		 283 aa  111  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.473523  normal  0.595819 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1762  AraC/XylS family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 278 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4183  AraC family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 264 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.928352  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3138  AraC family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 279 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.606385 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0731  AraC family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 285 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0743378  normal  0.147127 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4705  AraC family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 264 aa  109  6e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.974796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2388  AraC family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 278 aa  108  7.000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.262251  unclonable  0.0000340178 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001441  L-rhamnose operon transcriptional activator RhaR  27.46 
 
 		 275 aa  108  7.000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3802  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 264 aa  108  1e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00614706 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2527  AraC family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 278 aa  108  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1187  transcriptional regulator, AraC-family  29.15 
 
 		 278 aa  107  2e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 266 aa  107  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1599  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000366861  normal  0.399443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1562  AraC family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7070  transcriptional regulator AraC family  30 
 
 		 283 aa  106  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0091  AraC family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 278 aa  106  4e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06279  hypothetical protein  26.23 
 
 		 275 aa  106  5e-22  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1801  AraC family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 278 aa  105  6e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2781  transcriptional regulator, AraC family  28.28 
 
 		 271 aa  105  6e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.109963 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1568  AraC family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 278 aa  105  7e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  31.58 
 
 		 269 aa  105  7e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2594  AraC family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 278 aa  105  8e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2453  AraC family transcriptional regulator  31.08 
 
 		 279 aa  105  1e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  unclonable  0.00000000000537916  normal  0.591211 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2693  AraC family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 278 aa  105  1e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0617  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 273 aa  104  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0294699 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2950  transcriptional regulator, AraC family  31.82 
 
 		 268 aa  103  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0105763  normal  0.912836 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  32.51 
 
 		 268 aa  103  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1460  AraC family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 278 aa  103  3e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 300 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0236  AraC/XylS family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 277 aa  103  4e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 300 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2371  AraC family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 263 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0360277  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 284 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 276 aa  100  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5582  transcriptional regulator, AraC family  29.34 
 
 		 272 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 276 aa  100  3e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3068  AraC family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 276 aa  99.8  4e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.210951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0693  AraC family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 276 aa  99.8  4e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3564  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 264 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.682974  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5480  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 264 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.280485 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4803  AraC family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 264 aa  99  8e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2348  AraC family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 277 aa  98.2  1e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 279 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4394  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 266 aa  96.7  4e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.140673 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0007  AraC family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 272 aa  96.3  5e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4319  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 259 aa  95.9  6e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.15706 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4209  transcriptional regulator, AraC family  31.15 
 
 		 275 aa  96.3  6e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0776695  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4452  AraC family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 275 aa  95.5  9e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.686924 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 276 aa  95.1  1e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6120  transcriptional regulator, AraC family  30.37 
 
 		 284 aa  95.1  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0688  transcriptional regulator, AraC family  25.74 
 
 		 280 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  32.37 
 
 		 284 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  27.08 
 
 		 276 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2430  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 276 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3265  AraC family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 276 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.60832  normal  0.647045 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0382  AraC family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 274 aa  93.6  3e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0667  AraC family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 280 aa  93.6  3e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3359  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 285 aa  93.2  4e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3689  AraC family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 280 aa  93.6  4e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0698  AraC family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 280 aa  93.2  4e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4288  transcriptional regulator, AraC family  31.85 
 
 		 273 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.170174 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5008  AraC family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 285 aa  93.2  4e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.896385 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0321  transcriptional regulator, AraC family  33.47 
 
 		 264 aa  93.2  4e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>