More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5244 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 		 134 aa  272  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  99.17 
 
 		 120 aa  244  2e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  91.38 
 
 		 123 aa  215  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  48.62 
 
 		 318 aa  107  7.000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1960  AraC family transcriptional regulator  47.93 
 
 		 143 aa  103  6e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  43.9 
 
 		 306 aa  101  3e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 304 aa  101  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 301 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  41.03 
 
 		 297 aa  101  4e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 301 aa  101  4e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 301 aa  100  5e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  41.67 
 
 		 272 aa  100  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 306 aa  97.4  5e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 306 aa  97.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  40.71 
 
 		 306 aa  97.8  5e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  44.55 
 
 		 126 aa  95.9  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  38.84 
 
 		 305 aa  95.5  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  37.82 
 
 		 302 aa  92.8  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 302 aa  92.4  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 299 aa  92.8  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  42.06 
 
 		 301 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  43.93 
 
 		 296 aa  92  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  41.12 
 
 		 294 aa  91.7  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  39.81 
 
 		 308 aa  91.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 306 aa  91.7  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 308 aa  91.3  4e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 304 aa  89.7  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 127 aa  89.4  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  37.01 
 
 		 180 aa  88.2  3e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  44.64 
 
 		 305 aa  87.8  4e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 300 aa  87.4  6e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 384 aa  85.1  3e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 300 aa  85.1  3e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3976  helix-turn-helix domain-containing protein  37.27 
 
 		 336 aa  85.1  3e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  42.06 
 
 		 292 aa  84  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 306 aa  83.6  9e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3415  AraC family transcriptional regulator  44.58 
 
 		 266 aa  82.8  0.000000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  37.5 
 
 		 298 aa  81.3  0.000000000000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5108  AraC family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 316 aa  80.5  0.000000000000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.310256  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  42.86 
 
 		 306 aa  79.7  0.00000000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  42.05 
 
 		 302 aa  78.6  0.00000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0180  AraC family transcriptional regulator  40.66 
 
 		 223 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 188 aa  77.8  0.00000000000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0932  AraC family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 291 aa  77.4  0.00000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  38.46 
 
 		 293 aa  77.4  0.00000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  42.68 
 
 		 97 aa  77.4  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3361  helix-turn-helix domain-containing protein  45 
 
 		 160 aa  77  0.00000000000009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0536  AraC family transcriptional regulator  44.23 
 
 		 304 aa  76.6  0.0000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  36.97 
 
 		 202 aa  76.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6617  transcriptional regulator, AraC family  35.45 
 
 		 287 aa  76.3  0.0000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.131937 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5694  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 319 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.730665  normal  0.260224 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4258  AraC family transcriptional regulator  36.45 
 
 		 327 aa  75.9  0.0000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0583  AraC family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 312 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.98908  normal  0.54842 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  40.23 
 
 		 291 aa  75.9  0.0000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1477  transcriptional regulator, AraC family  40.7 
 
 		 278 aa  75.5  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.000537918  unclonable  0.00000296813 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  40.65 
 
 		 284 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 281 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 316 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 281 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1365  AraC family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 353 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.122979  normal  0.036458 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  36.13 
 
 		 322 aa  74.3  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  39.06 
 
 		 284 aa  73.9  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1172  AraC family DNA-binding response regulator  37.5 
 
 		 250 aa  73.9  0.0000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.409048  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2935  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 276 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000000465121  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05505  putative transcription regulator protein  35.45 
 
 		 270 aa  73.9  0.0000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2573  AraC/XylS family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 270 aa  73.6  0.0000000000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1213  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1614  transcriptional regulator, AraC family  37.5 
 
 		 366 aa  72.8  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4732  helix-turn-helix domain-containing protein  35.85 
 
 		 293 aa  73.2  0.000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0052536 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1003  DNA-binding response regulator  36.36 
 
 		 250 aa  72.8  0.000000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0276  helix-turn-helix domain-containing protein  46.34 
 
 		 291 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2855  AraC family substrate binding transcriptional regulator  33.96 
 
 		 280 aa  72.4  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.222069  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1980  AraC family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 293 aa  72.4  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.949603 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 277 aa  72.4  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3921  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.892105 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0345  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 		 271 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0829  AraC family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 311 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0210284  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 204 aa  72.8  0.000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  42.5 
 
 		 112 aa  71.6  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1041  helix-turn-helix, AraC type:Arac protein, arabinose-binding/dimerisation  36.61 
 
 		 291 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.29946 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 307 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 279 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1650  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 316 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0798  AraC family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 311 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2387  AraC family transcriptional regulator  41.46 
 
 		 209 aa  71.6  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0159935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0805  AraC family transcriptional regulator  36.15 
 
 		 275 aa  71.2  0.000000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000161693  normal  0.19096 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1111  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 		 312 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1049  AraC family transcriptional regulator  39.77 
 
 		 276 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000110999  normal  0.626735 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0134  AraC family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 322 aa  70.9  0.000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  42.5 
 
 		 133 aa  71.2  0.000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5781  AraC family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 267 aa  71.2  0.000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00273852 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0709  AraC family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 292 aa  70.9  0.000000000006  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3801  transcriptional regulator, AraC family  42.31 
 
 		 278 aa  70.5  0.000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 299 aa  70.5  0.000000000007  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0648  helix-turn-helix domain-containing protein  32.41 
 
 		 354 aa  70.5  0.000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.369087 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3318  AraC family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 345 aa  70.1  0.000000000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5827  helix-turn-helix domain-containing protein  38.46 
 
 		 316 aa  69.7  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.112164  normal  0.283627 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2692  transcriptional regulator, AraC family  35.92 
 
 		 268 aa  69.7  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3557  AraC family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 269 aa  70.1  0.00000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>