More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5999 on replicon NC_010625
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010625  Bphy_5999  AraC family transcriptional regulator  100 
 
 
179 aa  369  1e-101  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5716  AraC family transcriptional regulator  44.9 
 
 
304 aa  86.7  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1480  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 
306 aa  86.3  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.237942  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6349  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 
306 aa  86.3  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0502154  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7015  AraC family transcriptional regulator  39.8 
 
 
306 aa  86.3  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0570551 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5342  AraC family transcriptional regulator  40.37 
 
 
276 aa  85.5  4e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.975436  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7037  AraC family transcriptional regulator  34.56 
 
 
301 aa  84.7  6e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.283867  normal  0.289972 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1458  AraC family transcriptional regulator  34.56 
 
 
301 aa  84.7  6e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6370  AraC family transcriptional regulator  34.56 
 
 
301 aa  84.7  6e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5610  AraC family transcriptional regulator  36.61 
 
 
302 aa  84.7  7e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00190409  normal  0.169642 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5827  AraC family transcriptional regulator  37.76 
 
 
302 aa  84.3  8e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6135  transcriptional regulator, AraC family  34.68 
 
 
305 aa  83.2  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2379  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 
304 aa  81.6  0.000000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0538221  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1980  RC149  36.73 
 
 
308 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.421398  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0588  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 
308 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0681  AraC family transcriptional regulator  36.73 
 
 
306 aa  80.5  0.00000000000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42360  transcriptional regulator, AraC family  38.95 
 
 
318 aa  79  0.00000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3327  AraC family transcriptional regulator  43 
 
 
279 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.414693  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1852  putative transcriptional regulator  43 
 
 
284 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.687343  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2830  helix-turn-helix domain-containing protein  39.08 
 
 
291 aa  77.8  0.00000000000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2383  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 
281 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.499508  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1895  AraC family transcriptional regulator  39.39 
 
 
277 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5475  transcriptional regulator, AraC family  37.89 
 
 
305 aa  77.4  0.0000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.59164  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3312  AraC family transcriptional regulator  38.68 
 
 
281 aa  77.4  0.0000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.403912 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21720  AraC family transcriptional regulator  42 
 
 
284 aa  77  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1524  transcriptional regulator, AraC family  40 
 
 
301 aa  77  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.753144  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2139  helix-turn-helix domain-containing protein  38.82 
 
 
294 aa  76.3  0.0000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.957349  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0624  AraC family transcriptional regulator  36.84 
 
 
299 aa  75.1  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3231  transcriptional regulator, AraC family  35.71 
 
 
250 aa  75.5  0.0000000000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3063  helix-turn-helix domain-containing protein  45.24 
 
 
306 aa  75.5  0.0000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.13528 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1989  AraC family transcriptional regulator  39 
 
 
277 aa  75.1  0.0000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.753386  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3520  helix-turn-helix domain-containing protein  43.9 
 
 
322 aa  75.1  0.0000000000005  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0589  AraC family transcriptional regulator  33.67 
 
 
300 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0810  AraC family transcriptional regulator  36.28 
 
 
306 aa  74.3  0.000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3418  AraC family transcriptional regulator  46.15 
 
 
97 aa  72.8  0.000000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0082  transcriptional regulator, AraC family  43.59 
 
 
292 aa  73.2  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.628575  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3475  helix-turn-helix domain-containing protein  38.75 
 
 
292 aa  72.8  0.000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0682  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 
300 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1981  AraC family transcriptional regulator  32.65 
 
 
384 aa  72.4  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.382238  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3329  hypothetical protein  43.9 
 
 
298 aa  72.8  0.000000000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.289343  normal  0.60626 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6717  transcriptional regulator, AraC family  35.79 
 
 
296 aa  72  0.000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.121518  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1665  transcriptional regulator, AraC family  33.67 
 
 
271 aa  71.2  0.000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.127281  normal  0.0761778 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1279  helix-turn-helix domain-containing protein  33.68 
 
 
306 aa  70.9  0.000000000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.665979 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0228  AraC family transcriptional regulator  36.27 
 
 
123 aa  69.7  0.00000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.654381 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3482  AraC family transcriptional regulator  33.93 
 
 
299 aa  70.1  0.00000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.675068  normal  0.589184 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1840  AraC family transcriptional regulator  39.51 
 
 
271 aa  69.3  0.00000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000248404 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3583  transcriptional regulator AraC family  37.04 
 
 
293 aa  69.3  0.00000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5244  AraC family transcriptional regulator  36.36 
 
 
134 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.592893  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0973  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 
300 aa  68.9  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000577914  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1857  helix-turn-helix domain-containing protein  33 
 
 
126 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0222434 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2973  AraC family transcriptional regulator  30.3 
 
 
127 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.947385  normal  0.597443 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0210  AraC family transcriptional regulator  35.37 
 
 
274 aa  68.6  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3417  AraC family transcriptional regulator  35.9 
 
 
299 aa  68.6  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.138414  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5154  helix-turn-helix domain-containing protein  36.84 
 
 
120 aa  68.6  0.00000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4210  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 
299 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000000259018  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29260  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 
297 aa  68.2  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1056  AraC family transcriptional regulator  33.91 
 
 
306 aa  68.2  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000221071  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3971  putative transcriptional regulator  33.68 
 
 
272 aa  67.8  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.347316  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2883  AraC family transcriptional regulator  33.68 
 
 
307 aa  67.8  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.858803 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0977  AraC family transcriptional regulator  33.62 
 
 
300 aa  67  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00000786642  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1762  transcriptional regulator, AraC family  33.33 
 
 
155 aa  66.2  0.0000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.00442451  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2719  AraC family transcriptional regulator  31.53 
 
 
276 aa  66.2  0.0000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.894112  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0577  AraC family transcriptional regulator  32.73 
 
 
313 aa  66.2  0.0000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2669  AraC family transcriptional regulator  34.48 
 
 
188 aa  65.9  0.0000000003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.588575  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3975  helix-turn-helix domain-containing protein  32.98 
 
 
302 aa  65.9  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0517  helix-turn-helix domain-containing protein  34.21 
 
 
180 aa  65.5  0.0000000004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.970363 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0618  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 
306 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0105124  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4074  helix-turn-helix domain-containing protein  37.74 
 
 
300 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4441  transcriptional regulator, AraC family  37.74 
 
 
300 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.440571  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1097  AraC family transcriptional regulator  34.34 
 
 
306 aa  65.5  0.0000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.0000000022105  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4555  transcriptional regulator, AraC family  38.1 
 
 
315 aa  65.5  0.0000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.897307 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2401  transcriptional regulator, AraC family  35.8 
 
 
202 aa  65.5  0.0000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1853  transcriptional regulator, AraC family  34.94 
 
 
294 aa  65.1  0.0000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.801816 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5912  AraC family transcriptional regulator  41.98 
 
 
281 aa  65.1  0.0000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4214  transcriptional regulator, AraC family  37.08 
 
 
305 aa  65.5  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4324  transcriptional regulator, AraC family  37.08 
 
 
305 aa  65.5  0.0000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0282215 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4772  AraC family transcriptional regulator  33.64 
 
 
293 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54610  putative transcriptional regulator  33.64 
 
 
303 aa  65.1  0.0000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.53981  normal  0.0153543 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2634  AraC family transcriptional regulator  29.29 
 
 
204 aa  65.1  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05428  transcription regulator protein  36.36 
 
 
324 aa  64.7  0.0000000007  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0043  AraC family transcriptional regulator  33.7 
 
 
266 aa  64.7  0.0000000007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2723  AraC family transcriptional regulator  35.71 
 
 
273 aa  64.3  0.0000000008  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0671245 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1378  AraC family transcriptional regulator  31.78 
 
 
293 aa  64.3  0.0000000009  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.230612  normal  0.324624 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4513  transcriptional regulator, AraC family  32.52 
 
 
133 aa  64.3  0.0000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1906  AraC family transcriptional regulator  39.73 
 
 
308 aa  64.3  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1472  AraC family transcriptional regulator  35 
 
 
294 aa  63.9  0.000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.102681  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00346  AraC family transcriptional regulator  35.16 
 
 
279 aa  63.5  0.000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3022  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 
269 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.179069 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0027  AraC family transcriptional regulator  35.8 
 
 
299 aa  63.2  0.000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.618912  normal  0.0626425 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3739  helix-turn-helix domain-containing protein  23.08 
 
 
318 aa  63.5  0.000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.975676  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2165  AraC family transcriptional regulator  32.53 
 
 
277 aa  63.2  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2657  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 
269 aa  62.8  0.000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0758  AraC family transcriptional regulator  34.52 
 
 
299 aa  63.5  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4172  AraC family transcriptional regulator  39.76 
 
 
295 aa  63.2  0.000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0833223  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1551  AraC/XylS family transcriptional regulator  33.02 
 
 
275 aa  63.2  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0639275  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4645  transcriptional regulator, AraC family  34.44 
 
 
112 aa  63.2  0.000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0412729 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3855  AraC family transcriptional regulator  35.53 
 
 
285 aa  62.8  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0033  transcriptional regulator, AraC family  26.32 
 
 
281 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2206  AraC family transcriptional regulator  32 
 
 
303 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000287978  normal  0.709471 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4632  AraC family transcriptional regulator  33.04 
 
 
316 aa  62.4  0.000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.569454  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>